O'simlik/Hayvon De Novo genomlari ketma-ketligi
Xizmat afzalliklari
Sekvensiya platformalarini va bioinformatikani ishlab chiqishde novogenom yig'ilishi
(Amarasinghe SL va boshqalar,Genom biologiyasi, 2020)
● Yangi genomlarni yaratish va qiziqish turlari uchun mavjud mos yozuvlar genomlarini takomillashtirish.
● Yig'ishda yuqori aniqlik, uzluksizlik va to'liqlik
● Ketma-ketlik polimorfizmi, QTL, genlarni tahrirlash, naslchilik va boshqalar bo'yicha tadqiqotlar uchun fundamental resurs yaratish.
● Uchinchi avlod sekvensiya platformalarining to‘liq spektri bilan jihozlangan: bir martalik genom yig‘ish yechimi
● Turli xil xususiyatlarga ega turli xil genomlarni bajaradigan moslashuvchan ketma-ketlik va yig'ish strategiyalari
● Murakkab genom birikmalarida, jumladan poliploidlar, gigant genomlar va boshqalarda katta tajribaga ega yuqori malakali bioinformatika jamoasi.
● 900 dan ortiq jamlangan nashr etilgan ta'sir koeffitsienti bilan 100 dan ortiq muvaffaqiyatli holatlar
● Xromosoma darajasidagi genom yig'ish uchun 3 oygacha tez aylanish vaqti.
● Eksperimental tomondan ham, bioinformatikada ham bir qator patentlar va dasturiy ta'minot mualliflik huquqi bilan mustahkam texnik yordam.
Xizmat spetsifikatsiyalari
|
Tarkib
|
Platforma
|
O'qish uzunligi
|
Qoplash
|
| Genom tadqiqoti
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genom ketma-ketligi
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi o'qish
| ≥ 30X
|
| Salom C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Ish oqimi
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
| Turlar | To'qima | PacBio uchun | Nanopore uchun |
| Hayvonlar | Visseral organlar (jigar, taloq va boshqalar). | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Muskul | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Sutemizuvchilar qoni | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Baliq yoki qushlarning qoni | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| O'simliklar | Yangi barglar | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Gulbarg yoki poya | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Ildizlar yoki urug'lar | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Hujayralar | Hujayra madaniyati | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Ko'pgina namunalar uchun etanolda saqlamaslik tavsiya etiladi.
Namuna yorlig'i: Namunalar aniq etiketlangan bo'lishi va taqdim etilgan namunaviy ma'lumot shakli bilan bir xil bo'lishi kerak.
Yuk tashish: Quruq muz: namunalar avval qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
DNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
*Bu yerda koʻrsatilgan demo natijalari Biomarker Technologies tomonidan chop etilgan genomlardan olingan
1.Xromosoma darajasidagi genom yig'ilishi bo'yicha sirkoslarG. rotundifoliumNanopore sequencing platformasi tomonidan
Vang M va boshqalar,Molekulyar biologiya va evolyutsiya, 2021 yil
2. Weining javdar genom yig'ilishi va izohlash statistikasi
Li G va boshqalar,Tabiat genetikasi, 2021 yil
3.Genni bashorat qilishSechium eduleuchta bashorat qilish usulidan olingan genom:De novobashorat qilish, Gomologiyaga asoslangan bashorat va RNK-Seq ma'lumotlariga asoslangan bashorat
Fu A va boshqalar,Bog'dorchilik bo'yicha tadqiqotlar, 2021 yil
4.Uchta paxta genomidagi buzilmagan uzun terminal takrorlarini aniqlash
Vang M va boshqalar,Molekulyar biologiya va evolyutsiya, 2021 yil
5.Hi-C issiqlik xaritasiC. acuminatagenom bo'ylab har tomonlama o'zaro ta'sirlarni ko'rsatadigan genom.Hi-C shovqinlarining intensivligi kontiglar orasidagi chiziqli masofaga proportsionaldir.Ushbu issiqlik xaritasidagi toza to'g'ri chiziq xromosomalardagi kontiglarning juda aniq bog'langanligini ko'rsatadi.(Contig ankraj nisbati: 96,03%)
kang M va boshqalar,Tabiat aloqalari,2021 yil
BMK ishi
Yuqori sifatli genom yig'ilishi javdarning genomik xususiyatlarini va agronomik jihatdan muhim genlarni ta'kidlaydi
Nashr etilgan: Tabiat genetikasi, 2021 yil
Ketma-ketlik strategiyasi:
Genom yig'ilishi: 20 kb kutubxonali PacBio CLR rejimi (497 Gb, taxminan 63 ×)
Tartibni tuzatish: Illumina platformasida 270 bp DNK kutubxonasi (430 Gb, taxminan 54×) bilan NGS
Contigs ankraj: Illumina platformasida Hi-C kutubxonasi (560 Gb, taxminan 71×)
Optik xarita: (779,55 Gb, taxminan 99×) Bionano Irys-da
Asosiy natijalar
1. Weining javdar genomining yig'ilishi 7,74 Gb umumiy genom hajmi bilan nashr etildi (oqim sitometriyasi bo'yicha taxminiy genom hajmining 98,74%).Ushbu yig'ilishning iskala N50 1,04 Gb ga erishdi.Kontiglarning 93,67% 7 psevdo-xromosomaga muvaffaqiyatli biriktirilgan.Ushbu yig'ilish aloqa xaritasi, LAI va BUSCO tomonidan baholandi, bu esa barcha baholashlarda yuqori ball oldi.
2. Ushbu genom asosida qiyosiy genomika, genetik bog'lanish xaritasi, transkriptomika bo'yicha keyingi tadqiqotlar olib borildi.Bir qator belgilar bilan bog'liq genomik xususiyatlar aniqlandi, shu jumladan genom bo'ylab genlarning ko'payishi va ularning kraxmal biosintezi genlariga ta'siri;Murakkab prolamin lokuslarining jismoniy tashkil etilishi, erta sarlavha belgisi asosidagi gen ifodasi xususiyatlari va javdardagi uylashtirish bilan bog'liq bo'lgan taxminiy xromosoma hududlari va joylashuvi.
 Weining javdar genomining genomik xususiyatlari bo'yicha sirkos diagrammasi |  Javdar genomining evolyutsion va xromosoma sinteniyasi tahlillari |
Li, G., Vang, L., Yang, J.va boshqalar.Yuqori sifatli genom yig'ilishi javdarning genomik xususiyatlarini va agronomik jihatdan muhim genlarni ta'kidlaydi.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
