Non-reference asoslangan mRNK Sequencing-Illumina
Xususiyatlari
● Har qanday referent genomdan mustaqil,
● Ma'lumotlardan transkriptlarning tuzilishi va ifodasini tahlil qilish uchun foydalanish mumkin
● O'zgaruvchan kesish saytlarini aniqlang
Xizmat afzalliklari
● BMKCloud asosidagi natijalarni yetkazib berish: Natijalar BMKCloud platformasi orqali maʼlumotlar fayli va interaktiv hisobot sifatida taqdim etiladi, bu esa standart bioinformatika tahlili asosida murakkab tahlil natijalarini foydalanuvchilarga qulay oʻqish va moslashtirilgan maʼlumotlarni qazib olish imkonini beradi.
● Sotishdan keyingi xizmatlar: Sotishdan keyingi xizmatlar loyiha tugaganidan keyin 3 oy davomida amal qiladi, jumladan, loyihalarni kuzatish, muammolarni bartaraf etish, savollar va javoblar va boshqalar.
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
| Kons.(ng/ml) | Miqdori (mkg) | Tozalik | Butunlik |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar uchun: RIN≥6,5; Hayvonlar uchun: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
To'qima: Og'irligi (quruq): ≥1 g
*5 mg dan kichik to'qimalar uchun muzlatilgan (suyuq azotda) to'qima namunasini yuborish tavsiya etiladi.
Hujayra suspenziyasi: hujayralar soni = 3×107
* Muzlatilgan hujayra lizatini jo'natishni tavsiya qilamiz.Agar bu hujayra 5×10 dan kichik bo'lsa5, suyuq azotda muzlatilgan flesh tavsiya etiladi.
Qon namunalari:
PA × genBloodRNATube;
6 ml LTRIzol va 2 ml qon (TRIzol: Qon = 3: 1)
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish:
2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
Yuk tashish:
1.Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
2.RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Bioinformatika
1.mRNK(denovo) Yig'ilish printsipi
Trinity tomonidan o'qishlar K-mer deb nomlanuvchi kichikroq bo'laklarga bo'linadi.Keyinchalik bu K-merlar kontiglarga kengaytiriladigan urug'lar sifatida ishlatiladi, so'ngra kontig qoplamalariga asoslangan komponentlar.Nihoyat, De Bruijn bu erda komponentlardagi transkriptlarni tanib olish uchun qo'llanildi.
mRNK (De novo) Uchbirlikning umumiy ko'rinishi
2.mRNK (De novo) Genlarni ifodalash darajasining taqsimlanishi
RNK-Seq gen ifodasini yuqori sezgir baholashga erisha oladi.Odatda, FPKM ifodasi transkriptlarining aniqlanadigan diapazoni 10^-2 dan 10^6 gacha o'zgarib turadi.
mRNK (De novo) Har bir namunada FPKM zichligini taqsimlash
3.mRNK (De novo) GO DEGlarni boyitish tahlili
GO (Gene Ontology) ma'lumotlar bazasi - bu gen va gen mahsulotlari funktsiyalarining standart lug'atini o'z ichiga olgan tuzilgan biologik izoh tizimi.U bir nechta darajalarni o'z ichiga oladi, bu erda daraja qanchalik past bo'lsa, funktsiyalar shunchalik aniqroq bo'ladi.
Ikkinchi darajadagi DEGlarning mRNK (De novo) GO tasnifi
BMK ishi
Piyozda (Allium cepa L.) lampochkaning shishishi va rivojlanishi davrida saxaroza almashinuvining transkriptom tahlili
Nashr etilgan: o'simlikshunoslikdagi chegaralar， 2016
Ketma-ketlik strategiyasi
Illumina HiSeq2500
Namuna yig'ish
Ushbu tadqiqotda Utah Yellow Sweet Spain navi "Y1351" ishlatilgan.To'plangan namunalar soni
Lampochka shishishidan (DAS) 15-kun (diametri 2 sm va og'irligi 3-4 g), 30-DAS (diametri 5 sm va og'irligi 100-110 g) va 40-chi DASda ~ 3 (diametri 7 sm va). 260-300 gramm).
Asosiy natijalar
1. Venn diagrammasida barcha uch juft rivojlanish bosqichida jami 146 DEG aniqlangan.
2. "Uglevodlarni tashish va metabolizm" faqat 585 unigen bilan ifodalangan (ya'ni, izohlangan COG ning 7%).
3. GO ma'lumotlar bazasiga muvaffaqiyatli izohlangan unigenlar lampochkaning rivojlanishining uch xil bosqichi uchun uchta asosiy toifaga bo'lingan."Biologik jarayon" asosiy toifasida eng ko'p ifodalanganlar "metabolik jarayon", keyin esa "hujayra jarayoni" edi."Molekulyar funktsiya" ning asosiy toifasida eng ko'p ifodalangan ikkita toifa "bog'lanish" va "katalitik faollik" edi.
 Ortologik guruhlar klasterlarining gistogrammasi (COG) tasnifi |  Uchta rivojlanish bosqichida lampochkalardan olingan unigenlar uchun gen ontologiyasi (GO) tasnifi gistogrammasi |
 Venn diagrammasi piyoz piyozi rivojlanishining har qanday ikki bosqichida differentsial tarzda ifodalangan genlarni ko'rsatadi |
Malumot
Chjan C, Zhang H, Zhan Z va boshqalar.Piyoz (Allium cepa L.) [J] da lampochkaning shishishi va rivojlanishi davrida saxaroza metabolizmining transkriptom tahlili.O'simliklar fanidagi chegaralar, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
