GENOM EVOLUTSIYASI
Genom De novo
Assambleya|Jinsni aniqlash Butun ketma-ketlik ishlari va qisman bioinformatika xizmatlari Biomarker Techonologies tomonidan taqdim etilgan.
Abstrakt
"Dengiz ajdaholarining o'ziga xos fenotipiga bargga o'xshash qo'shimchalar, tishsiz quvurli og'iz va urug'langan tuxumlarning ochiq "zo'rachada" inkubatsiyasini o'z ichiga olgan erkak homiladorligi kiradi.Biz oddiy dengiz ajdahosi (Phyllopteryx taeniolatus) va uning yaqin turlari, alligator trubkasi (Syngnathoides biaculeatus) ning erkak va urg'ochi genomlarini novo-ketmalashtirdik.Evolyutsion yangilikdan olingan transkripsiya profillari - bargga o'xshash qo'shimchalar, odatda fin rivojlanishida ishtirok etadigan genlar to'plami, shuningdek, to'qimalarni tiklash va immunitetni himoya qilish genlari uchun transkriptlarni boyitish bilan birga tanlanganligini ko'rsatadi.Barcha singnatidlarda yo'qolgan scpp5 uchun zebrafish mutantlarida faringeal tishlarning yo'qligi yoki deformatsiyalanganligi aniqlandi, bu scpp5 ning yo'qolishi singnatidlarda tishlarning yo'qolishiga hissa qo'shgan degan gipotezani tasdiqlaydi.Oddiy dengiz ajdahosi va alligator baliqlari tomonidan baham ko'rilgan erkaklarga xos amhr2y genini kodlaydigan taxminiy jinsni aniqlovchi lokus aniqlandi. ”
Materiallar va usullar:
Materiallar
Fbizning umumiy dengiz ajdarimiz (P. taeniolatus) va ikkita alligator trubkasi (S. biaculeatus) namunalar.Ikkita oddiy dengiz ajdahosi (bitta erkak va bitta urg'ochi) va ikkita alligator pipefish (bitta erkak va bitta urg'ochi) individuallari butun genom sekvensiyasi uchun ishlatilgan va yana ikkita erkak oddiy dengiz ajdahosi genomni qayta sekvensiyalash uchun ishlatilgan.
Genom ketma-ketligi strategiyasi
270/350 bp kutubxonasi (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) yoki Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000) .sequencing, va yana ikkita erkak umumiy seadragon individlari genomlarni qayta sekvensiyalash uchun ishlatilgan.
Transkriptoma ketma-ketligi
Fyoki oddiy dengiz ajdahosi, miya, ko'z, gill, jigar, yurak, buyrak, tutqich, ichak, mushak, fin, teri, bargga o'xshash qo'shimchalar, moyaklar va tuxumdonlar to'plangan.
Genom de novo yig'ish strategiyasi
Canu (Tuzatish) + WTDBG2 (Assembleya) + Pilon (Polsha) + Lachesis (Hi-C).
Asosiy natijalar
1-rasm. Oddiy dengiz ajdahosi (P. taeniolatus) va alligator quvur baliqlarining (S. biaculeatus) asosiy xususiyatlari va ularning filogenetik pozitsiyalari.
2-rasm. Oddiy dengiz ajdahosi (P. taeniolatus)dagi bargga o'xshash qo'shimchalarning morfologiyasi va genetik tuzilishi.
3-rasm. Oddiy dengiz ajdahosi (P. taeniolatus) va alligator trubkasi (S. biaculeatus)dagi taxminiy jinsni aniqlash geni.
4-rasm. Zebrafish scpp5 homozigot mutantlarida faringeal tish fenotiplari.
Yuborilgan vaqt: 2022 yil 08-yanvar