GENOM EVOLUTSIYASI, PANGENOMA
Pan-genom nima?
Yig'ilgan dalillar shuni ko'rsatadiki, turning turli shtammlari orasidagi tafovutlar juda katta bo'lishi mumkin.Bitta genom bitta turning genetik ma'lumotlarini to'liq tasavvur qilish uchun etarli emas.Pan-genom tadqiqotining maqsadi turning kengroq genomik grafigini olish va ko'plab shtammlarning genom de novo yig'ilishini o'tkazish orqali belgilar va genetik kodlar o'rtasidagi munosabatlarni dekodlashdan iborat bo'lib, bu o'zgarishlarni chuqurroq va kengroq qazib olish imkonini beradi.
Pan-genomni o'rganish tendentsiyalari
1-rasm Pan-genomning nashr etilgan ilmiy maqolalarining tendentsiyalari.
Eslatma: Rasmda Nature, Cell va Science jurnallarida chop etilgan maqolalar sarlavhalarini qidirish uchun kalit so'z sifatida "pan-genom" ni olish natijasi ko'rsatilgan.
a.Bir nechta namunalardagi o'qishlar mos yozuvlar bilan moslashtiriladi va tekislanmaganlari yangi kontiglarga yig'iladi.Ushbu yangi kontiglarni asl mos yozuvlar ketma-ketligiga qo'shish orqali pangenom ma'lumotnomasini yaratish mumkin.Taqsimlanadigan hududlar barcha o'qishlarni pangenomga qaytarish asosida aniqlanadi.
b.Ko'p sonli qo'shilishlar genomlarining yangi yig'ilishi, ajratiladigan genomik hududlarni aniqlash uchun butun genomlarni moslashtirish yondashuvlariga imkon beradi.
c.Pan-genom grafigi butun genom hizalanishidan yoki de novo grafik yig'ilishi orqali tuzilishi mumkin, bu grafik orqali noyob yo'llar sifatida ajratiladigan hududlarning variant ma'lumotlarini samarali saqlaydi.
Pan-genomni qanday qurish mumkin?
Shakl 2 Pan-genom yondashuvlarini taqqoslash1
a.Bir nechta namunalardagi o'qishlar mos yozuvlar bilan moslashtiriladi va tekislanmaganlari yangi kontiglarga yig'iladi.Ushbu yangi kontiglarni asl mos yozuvlar ketma-ketligiga qo'shish orqali pangenom ma'lumotnomasini yaratish mumkin.Taqsimlanadigan hududlar barcha o'qishlarni pangenomga qaytarish asosida aniqlanadi.
b.Ko'p sonli qo'shilishlar genomlarining yangi yig'ilishi, ajratiladigan genomik hududlarni aniqlash uchun butun genomlarni moslashtirish yondashuvlariga imkon beradi.
c.Pan-genom grafigi butun genom hizalanishidan yoki de novo grafik yig'ilishi orqali tuzilishi mumkin, bu grafik orqali noyob yo'llar sifatida ajratiladigan hududlarning variant ma'lumotlarini samarali saqlaydi.
Yaqinda nashr etilgan Pan-genomlar
● Zo'rlash pan-genomlari2
● Pomidor pan-genomlari 3
● Rays Pan -genom4
● Kungaboqar pan-genomi5
● Soya pan-genomi 6
● Rays pan-genomi7
● Arpa pan-genomi8
● Bug'doy pan-genomi9
● Sorghum Pan-genomi10
● Fitoplankton Pan-genomi11
Malumot
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edvards D. O'simlik pan-genomlari yangi ma'lumotnomadir.Nat o'simliklar.2020;6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Xu J va boshqalar.Sakkizta yuqori sifatli genomlar pan-genom arxitekturasini va Brassica napus ekotipining farqlanishini ochib beradi.Nat o'simliklar.2020;6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H va boshqalar.Pomidor pan-genomi yangi genlarni va meva ta'mini tartibga soluvchi noyob allelni ochib beradi.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H va boshqalar.Pan-genom tahlili madaniy va yovvoyi guruchdagi genomik o'zgaruvchanlik darajasini ta'kidlaydi [nashr qilingan tuzatish Nat Genetda paydo bo'ladi.2018 yil avgust;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M va boshqalar.Ayçiçek pan-genom tahlili shuni ko'rsatadiki, gibridizatsiya gen tarkibini va kasalliklarga chidamliligini o'zgartirgan.Nat o'simliklar.2019;5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P va boshqalar.Yovvoyi va madaniy soyaning pan-genomi.Hujayra.2020;182(1):162-176.e13.doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H va boshqalar.33 ta genetik jihatdan xilma-xil guruch birikmalarining pan-genom tahlili yashirin genomik o'zgarishlarni ochib beradi [bosmadan oldin onlayn nashr etilgan, 2021 yil 25-may].Hujayra.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G va boshqalar.Arpa pan-genomi mutatsiya naslchilikning yashirin merosini ochib beradi.Tabiat.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C va boshqalar.Bir nechta bug'doy genomlari zamonaviy naslchilikda global o'zgarishlarni ochib beradi.Tabiat.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J va boshqalar.Madaniy va yovvoyi jo'xori pan-genomidagi keng ko'lamli o'zgarishlar [bosmadan oldin onlayn nashr etilgan, 2021 yil 20-may].Nat o'simliklar.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Xan V va boshqalar.Fitoplankton pangenomi turli funktsiyalarning keng prokaryotik gorizontal gen transferini ochib beradi.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.29-aprel 2020-yilda chop etilgan. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Xabar vaqti: 2022 yil 04-yanvar