GENOM EVOLUTSIYASI
tabiat
ALOQALAR
Genom ketma-ketligi global tarqalish yo'llarini ochib beradi va dengiz otlari evolyutsiyasida konvergent genetik moslashuvlarni taklif qiladi.
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Genetik xilma-xillik |Demografik tarix |Gen oqimi
Pacbio sekvensiyasi, genom de novo yig'ish va annotatsiya xizmatlari Biomarker Technologies tomonidan taqdim etilgan.
Eng muhimlar
1. 15,5 Mb kontig N50 bo'lgan yuqori sifatli xromosoma darajasidagi dengiz oti (Hippocampus erectus) genomi olindi.
2.Dunyo bo'ylab 21 turdagi dengiz otlarining jami 358 ta genomlari o'zgartirildi.
3.Dengiz otlari kech oligotsenda rivojlangan va undan keyingi global kolonizatsiya yoʻllari aniqlangan va okean oqimlari va paleotemporal dengiz yoʻllarining oʻzgaruvchan dinamikasi bilan bogʻlangan.
4. Takrorlanuvchi "suyakli tikanlar" adaptiv fenotipining genetik asosi asosiy rivojlanish genida mustaqil almashtirishlar bilan bog'liq.
5. Okean oqimlari orqali rafting yomon tarqalishni qoplaydi va tez moslashish yangi yashash joylarini mustamlaka qilishni osonlashtiradi.
Yutuqlar
1-rasm 358 ta dengiz oti namunalarining genetik xilma-xilligi va filogenetik munosabatlari
a22 xromosoma bo'ylab 21 turdagi dengiz otlarining nukleotid xilma-xilligi (p) bilan namuna olingan dengiz otlari uchun geografik namuna olish joylari.b 358 dengiz otining genom bo'yicha SNPlari bilan qurilgan qo'shni daraxt.(a) dagi joylashuv pin belgilari va (b) dagi filial foni bir-biriga mos keladi.
2-rasm Dengiz otlarining kolonizatsiyasi va demografik tarixi
a21 dengiz oti turlari uchun filogenetik daraxt va divergentsiya vaqtini baholash.Tarmoq chizig'ining qalinligi populyatsiya sonining taxminlariga mos keladi (Ne) va ranglar turli nasllarni ko'rsatadi.I–III belgilar kalibrlash nuqtalarini bildiradi.b–d Divergentsiya vaqti, tarqalish, vikariatsiya hodisalari va okean oqimlari (oq o'qlar) asosida dengiz otlarining bashorat qilingan mustamlaka yo'llari (rangli o'qlar).b Hind-Avstraliya arxipelagi dengiz otlari dunyo bo'ylab 18–23 million yil davomida xilma-xil bo'lib tarqalgunga qadar Hippocampus jinsining kelib chiqish markazi (qizil belgi) bo'lgan.c Dengiz otlari dastlab Tefyan dengiz yo'li orqali Atlantika okeanini mustamlaka qilishdi, u yopilgandan keyin (7-13 mil. davomida terminal hodisasi) bu Tethian nasl-nasabini Hind okeanidagi qardosh nasldan ajratdi.Ikkinchisi, keyinchalik Arab dengizida tez diversifikatsiya qilindi (sariq belgi), dengiz otlarini diversifikatsiya qilishning ikkinchi markazini tashkil etdi.d Atlantika okeanining ikkinchi dengiz oti mustamlaka qilish hodisasi Hind okeanidan taxminan 5 million yil davomida Janubiy Afrikaning uchidan o'tib, nihoyat Sharqiy Tinch okeaniga hali ham ochiq Panama dengiz yo'li orqali taxminan 3,6 million million yilga yetib keldi.
3-rasm Genlar oqimi va samarali populyatsiya hajmining o'zgarishi
aJanubiy Atlantika okeanida yashovchi turlar orasida gen oqimi aniqlandi.Gen oqimi oq chiziqlar yaqinida G-PhoCS tomonidan chiqarilgan migratsiya tezligi sifatida ko'rsatilgan.O'qlarning qalinligi va yo'nalishi mos ravishda gen oqimining tezligi va yo'nalishiga mos keladi.b PSMC tomonidan samarali populyatsiya hajmining o'zgarishi.X o'qi hozirgi vaqtdan oldingi yillardagi vaqtni, y o'qi esa samarali populyatsiya hajmini ifodalaydi.Grafiklar, asosan, har xil tarqalish hududlariga ega bo'lgan turlarning har biri uchun geografik taqsimotiga ko'ra tuzilgan.c Dengiz sathining so'nggi 1 million yildagi o'zgarishi metr33.Sariq chiziq oxirgi global muzliklararo cho'qqini, ko'k rang esa oxirgi muzlikning maksimal davrini ko'rsatadi.
4-rasm Umurtqalarning evolyutsiyasi.
aChapda, dengiz otlarida tikanlarning mustaqil evolyutsiyasini aks ettiruvchi turlar daraxti.Filial uzunligi har bir saytdagi almashtirishlar sonini ko'rsatadi.To'rtta tikanli dengiz oti ko'k rang bilan ta'kidlangan.Qalinroq shoxchalar bmp3 geni uchun nosinonimdan sinonimga almashtirishning yuqori tezligiga mos keladi (dN/dS).Bmp3 geni uchun kanonik va umumlashtirilgan McDonald va Kreitman testi (MKT) bir-biridan farq qiluvchi tikanli va tiklanmaydigan xususiyatlarga ega bo'lgan, fon ranglari bilan ta'kidlangan, ahamiyatlilik darajalari mos ravishda ko'k va qizil shrift bilan p qiymati bilan ko'rsatilgan uchta juft singl turlari uchun o'tkazildi.To'g'ri, bmp3 oqsilidagi aminokislotalarning o'rnini bosish, tikanli dengiz otlaridagi polimorf va qo'zg'almas almashtirishlar mos ravishda qizil va ko'k doiralar bilan ko'rsatilgan.b tikanli dengiz otlarida bmp3 da dN/dS qiymatlarining tikanli bo'lmagan turlarga nisbatan taqsimlanishi.c bmp3 tomonidan kodlangan oqsil uchun rekonstruksiya qilingan filogenetik daraxtdagi mustaqil evolyutsiya.d Hippocampus erectusda bmp3 ning to'liq o'rnatilgan in situ gibridlanishi.
Malumot
Li C va boshqalar.Genom ketma-ketligi global tarqalish yo'llarini ochib beradi va dengiz otlari evolyutsiyasida konvergent genetik moslashuvlarni taklif qiladi.Nat Commun.2021 yil 17-fevral;12(1):1094.
Yangiliklar va muhim voqealar Biomarker Technologies bilan so'nggi muvaffaqiyatli ishlarni baham ko'rish, yangi ilmiy yutuqlar va tadqiqot davomida qo'llaniladigan mashhur texnikalarni qo'lga kiritishni maqsad qilgan.
Yuborilgan vaqt: 2022 yil 06-yanvar