GWAS
Sarlavha: Butun genomning qayta sekvensiyasi Brassica napusning kelib chiqishi va uning takomillashuvida ishtirok etgan genetik lokuslarni ochib beradi
Jurnal: Tabiat bilan aloqa
NGS |WGS |Qayta tartiblash |GWAS |Transkriptom |RNAseq |Brassica napus |Evolyutsiya |Uy sharoitida tarbiyalash
Ushbu tadqiqotda Biomarker Technologies NGS sekvensiyasi bo'yicha xizmatlarni taqdim etdi, shuningdek, ketma-ketlik ma'lumotlari bo'yicha bioinformatika tahlili bo'yicha texnik yordam ko'rsatdi.
Fon
Brassica napus(raps) muhim moyli ekin boʻlib, poliploid turlari, evolyutsiyasi va seleksiya jarayonlarini oʻrganish uchun ajoyib model hisoblanadi.Biroq, yovvoyi turlar yoki xonakilashtirilgan donorlar ota-ona avlodlari bo'lganmi yoki kolza urug'ini xonakilashtirish va yaxshilashga hissa qo'shgan genlar hali ham noma'lum.
Materiallar va usullar
Materiallar:588B. napusUshbu tadqiqotda ishtirokchilar, jumladan, Osiyodan 466 ta, Yevropadan 102 ta, Shimoliy Amerikadan 13 ta va Avstraliyadan 7 ta ishtirok etishdi.O'sish odati yozuvlari asosida bu materiallar uchta ekotipga bo'lingan;bahor (86 qo'shilish), qish (74 qo'shilish) va yarim qish (428 qo'shilish).
Ketma-ketlik:O'rtacha taxminan.5× (3,37× dan 7,71× gacha)
Sequencing platformasi:Illumina Hiseq 4000
Ma'lumot ishlab chiqarish:4,03 Tb toza ma'lumot
SNP chaqiruvi:BWA + GATK.5 294 158 SNP va 1 307 151 InDels olindi.
Natijalar
B. napusning kelib chiqishi
B. napusSubgenom Evropa sholg'omining ajdodidan kelib chiqqan.Evropa sholg'omidan gen oqimi hodisasiB. napus Subgenom ~ 106-1170 yil oldin sodir bo'lgan.B. napusC subgenomi bu nasllarning umumiy ajdodidan kelib chiqqan bo'lishi mumkin.ning ajdodiB. napusto'rtta B. oleracea kenja turining umumiy ajdodidan bo'linib, yaqinda gen oqimi bilanB. napus~108–898 yil oldin.B. napusC subgenomi A subgenomga qaraganda murakkabroq kelib chiqishi bor.Ikkala subgenomda ham kuchli to'siq paydo bo'ldiB. napusevolyutsiya.Qish va yarim qishB. napusekotiplar 60 yil oldin ajralib ketgan, qish va bahor esaB. napus~416 yil oldin ajralib chiqqan va moyli va yog'siz o'simliklarB. napus~277 yil oldin ajralib chiqqan.
2-rasm 588 B. napus qo'shilish va 199 B. rapa qo'shilish populyatsiyasining tuzilishi.
3-rasm 588 ta B. napus qoʻshilishi va 119 ta B. oleracea qoʻshilishining populyatsiya tuzilishi
Tanlash signallari va genom bo'ylab assotsiatsiya tadqiqotlari.
Yaxshilanishning birinchi bosqichida (FSI) B. napus C subgenomida A subgenomiga qaraganda ko'proq genetik xilma-xillik yo'qolgan.FSI davrida yaxshilanishning ikkinchi bosqichiga (SSI) qaraganda kamroq genetik farqlash sodir bo'ldi.SSI-tanlash signali mintaqalaridagi genlar stressga chidamlilik, rivojlanish va metabolik yo'llar bilan boyitilgan.10 ta maqsadli belgi bilan sezilarli darajada bog'liq bo'lgan 60 ta joy, jumladan, 5 tasi urug'lik hosildorligi, 3 tasi silika uzunligi, 4 tasi yog'lilik va 48 tasi urug'lik sifati bilan bog'liq.
4-rasm. B. napusning SSI vaqtida tanlangan hududlarni genom bo'ylab skanerlash va izohlar
Transkriptom tahlili
Yog 'miqdori yuqori bo'lgan va er-xotin past navdan 11 ta to'qimalarning RNAseq ma'lumotlari va glyukozinolat biosintetik jarayoni bilan bog'liq bo'lgan kam yog'li va ikki marta yuqori navli aniqlangan genlar sezilarli darajada ko'p ifodalangan.
5-rasm. B. napus ekotipini yaxshilashda gullash vaqtini tartibga solishning umumiy ko'rinishi.
Munozara
Ushbu tadqiqot kelib chiqishi va takomillashuv tarixini tushunish uchun qimmatli manba bo'ldiB. napusmuhim agrotexnika kompleks belgilarining genetik asoslarini ajratib olishga yordam beradi.Qulay variantlar, tanlov signallari va nomzod genlar bilan bog'liq bo'lgan muhim SNPlar kelajakda, ayniqsa, yaqinda paydo bo'lgan allopoliploid ekinning va uning qarindoshlarining hosildorligi, urug'lik sifati, moy miqdori va moslashuvchanligini yaxshilashda katta hissa qo'shadi.
Malumot
Butun genomni qayta sekvensiyalash Brassica napus kelib chiqishi va uning takomillashuvida ishtirok etgan genetik lokuslarni ochib beradi[J].Tabiat bilan aloqa, 2019, 10(1).
Yangiliklar va muhim voqealar Biomarker Technologies bilan so'nggi muvaffaqiyatli ishlarni baham ko'rish, yangi ilmiy yutuqlar va tadqiqot davomida qo'llaniladigan mashhur texnikalarni qo'lga kiritishni maqsad qilgan.
Yuborilgan vaqt: 2022 yil 05-yanvar