GENOM EVOLUTSIYASI
Qiyosiy genom tahlillari transpozon vositachiligida genom kengayishini va paxtada 3D genomik katlamaning evolyutsion arxitekturasini ta'kidlaydi.
Nanoporlarni tartiblash |Hi-C |PacBio sequencing |Illumina |RNK ketma-ketligi |3 D genom arxitekturasi |Transpozon |Qiyosiy genomika
Ushbu tadqiqotda Biomarker Technologies Nanopore sekvensiyasi, Hi-C va tegishli bioinformatik tahlil bo'yicha texnik yordam ko'rsatdi.
Abstrakt
Transposable element (TE) kuchaytirilishi genom hajmining kengayishi va evolyutsiyasi vositachisi bo'lgan harakatlantiruvchi kuch sifatida tan olingan, ammo 3D genomik arxitekturani shakllantirish oqibatlari o'simliklarda ko'p jihatdan noma'lumligicha qolmoqda.Bu erda biz genom o'lchami uch baravar bo'lgan uchta turdagi paxta uchun mos yozuvlar darajasidagi genom yig'ilishlari haqida xabar beramiz, xususanGossypium rotundifolium(K2),G. daraxtzor(A2) vaG. raimondii(D5), Oxford Nanopore Technologies yordamida.Qiyosiy genom tahlillari genom o'lchamidagi katta farqlarga (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) hissa qo'shadigan naslga xos TE kuchaytirilishining tafsilotlarini hujjatlashtiradi va genomlar orasidagi nisbatan saqlanib qolgan gen tarkibi va sinteniya munosabatlarini ko'rsatadi.Sintenik genlarning taxminan 17% faol ("A") va faol bo'lmagan ("B") bo'linmalar o'rtasida xromatin holati o'zgarishini aniqladik va TE kuchaytirilishi gen mintaqalarida (~ 7000 gen) A bo'linmasining ulushini oshirish bilan bog'liq edi. ) D5 ga nisbatan K2 va A2 da.Uch genom orasida topologik assotsiatsiyalanuvchi domen (TAD) chegaralarining atigi 42 foizi saqlanib qolgan.Bizning ma'lumotlarimiz naslga xos TAD chegaralarini shakllantirishdan keyin TE ning yaqinda kuchayishini nazarda tutadi.Ushbu tadqiqot o'simliklardagi yuqori tartibli xromatin tuzilishi evolyutsiyasida transpozon vositachiligida genom kengayishining roliga oydinlik kiritadi.
Genom yig'ilishining asosiy statistik ma'lumotlari
Rasm.G. rotundifolium (K2) ning genom birikmasi va xususiyatlari tavsifi
Yangiliklar va muhim voqealar Biomarker Technologies bilan so'nggi muvaffaqiyatli ishlarni baham ko'rish, yangi ilmiy yutuqlar va tadqiqot davomida qo'llaniladigan mashhur texnikalarni qo'lga kiritishni maqsad qilgan.
Yuborilgan vaqt: 2022 yil 05-yanvar