Yuqori o'tkazuvchanlik genotiplash, ayniqsa, katta populyatsiyada, genetik assotsiatsiyani o'rganishdagi asosiy qadam bo'lib, u funktsional genlarni kashf qilish, evolyutsion tahlil va boshqalar uchun genetik asosni ta'minlaydi. Butun genomni chuqur qayta sekvensiyalash o'rniga, genomning sekvensiyasini qisqartirish (RRGS) ) har bir namunadagi ketma-ketlik xarajatlarini minimallashtirish, shu bilan birga genetik markerni topishda oqilona samaradorlikni saqlash uchun joriy etilgan.Bunga, odatda, qisqartirilgan vakillik kutubxonasi (RRL) deb nomlangan berilgan o'lcham oralig'ida cheklash fragmentini ajratib olish orqali erishiladi.Spesifik-lokusli kuchaytirilgan fragmentlar ketma-ketligi (SLAF-Seq) de novo SNP kashfiyoti va katta populyatsiyalarning SNP genotipi uchun o'z-o'zidan ishlab chiqilgan strategiyadir.
Texnik ish jarayoni
SLAF va mavjud RRL usullari
SLAF ning afzalliklari
Yuqori genetik markerni topish samaradorligi– Yuqori mahsuldorlikni sekvensiyalash texnologiyasi bilan birgalikda SLAF-Seq mos yozuvlar genomi bilan yoki uningsiz turli tadqiqot loyihalari talablarini bajarish uchun butun genom ichida topilgan yuz minglab teglarga erishishi mumkin.
Moslashtirilgan va moslashuvchan eksperimental dizayn- Turli tadqiqot maqsadlari yoki turlari uchun turli fermentativ hazm qilish strategiyalari mavjud, shu jumladan bitta ferment, ikki ferment va ko'p fermentli hazm qilish.Optimal ferment dizaynini ta'minlash uchun ovqat hazm qilish strategiyasi silikada oldindan baholanadi.
Enzimatik hazm qilishda yuqori samaradorlik- Oldindan ishlab chiqilgan enzimatik hazm qilish xromosomada SLAFlarni yanada teng taqsimlashni ta'minlaydi.Fragmentlarni yig'ish samaradorligi 95% dan yuqori bo'lishi mumkin.
Takroriy ketma-ketlikdan saqlaning– SLAF-Seq ma’lumotlarida takrorlanuvchi ketma-ketlik ulushi 5% dan pastgacha kamayadi, ayniqsa bug‘doy, makkajo‘xori va boshqalar kabi takrorlanuvchi elementlarning yuqori darajasiga ega turlarda.
O'z-o'zidan ishlab chiqilgan bioinformatik ish oqimi- BMK yakuniy mahsulotning ishonchliligi va aniqligini ta'minlash uchun SLAF-Seq texnologiyasiga qo'llaniladigan integratsiyalangan bioinformatika ish oqimini ishlab chiqdi.
SLAFni qo'llash
Genetik aloqa xaritasi
Xrizantema (Chrysanthemum x morifolium Ramat).
Jurnal: Bog'dorchilik tadqiqotlari nashr etilgan: 2020.7
GWAS
Soya urug'laridagi izofavone tarkibi bilan bog'liq nomzod genini genom bo'ylab assotsiatsiya va bog'lanish xaritasi yordamida aniqlash
Jurnal: O'simlik jurnali nashr etilgan: 2020.08
Evolyutsion genetika
Populyatsiyaning genomik tahlili va de novo yig'ilishi evolyutsion o'yin sifatida begona o'tli guruchning kelib chiqishini ochib beradi.
Jurnal: Molekulyar o'simlik nashr etilgan: 2019.5
Ommaviy segregant tahlili (BSA)
Sulfotransferazani kodlaydigan GmST1 soya mozaik virusi G2 va G3 shtammlariga qarshilik ko'rsatadi.
Jurnal: O'simlik, hujayra va atrof-muhit nashr etilgan: 2021.04
Malumot
Sun X, Liu D, Chjan X va boshqalar.SLAF-Seq: keng ko'lamli de novo SNP kashfiyoti va genotiplashning yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi [J] yordamida samarali usuli.Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K va boshqalar.Xrizantemada (Xrizantema × morifolium Ramat.) yuqori zichlikli genetik xaritani tuzish va gul tipidagi belgilarni nazorat qiluvchi joylashishlarni aniqlash.Hortic Res.2020;7:108.
Vu D, Li D, Zhao X va boshqalar.Soya urug'laridagi izoflavon tarkibi bilan bog'liq bo'lgan nomzod genini genom bo'ylab assotsiatsiya va bog'lanish xaritasi yordamida aniqlash.Zavod J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L va boshqalar.Populyatsiya genomik tahlili va De Novo assambleyasi evolyutsion o'yin sifatida begona o'tli guruchning kelib chiqishini ochib beradi.Mol zavodi.2019;12(5):632-647.Mol zavodi.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z va boshqalar.Sulfotransferaza kodlovchi GmST1 soya mozaikasi virusi G2 va G3 shtammlariga qarshilik ko'rsatadi.O'simlik hujayralari muhiti.2021;10.1111/bet.14066
Xabar vaqti: 2022 yil 04-yanvar