Mahsulotlar

To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi-nanopora

RNK ketma-ketligi keng qamrovli transkriptom tahlili uchun bebaho vosita bo'ldi.Shubhasiz, an'anaviy qisqa o'qish ketma-ketligi bu erda juda ko'p muhim rivojlanishga erishdi.Shunga qaramay, u ko'pincha to'liq uzunlikdagi izoformani identifikatsiyalash, miqdorni aniqlash, PCR tarafkashligida cheklovlarga duch keladi.

Nanopor sekvensiyasi o'zini boshqa ketma-ketlik platformalaridan ajratib turadi, chunki nukleotidlar DNK sintezisiz to'g'ridan-to'g'ri o'qiladi va o'nlab kilobazalarda uzoq o'qish hosil qiladi.Bu to'liq metrajli transkriptlarni to'g'ridan-to'g'ri o'qish va izoform darajasidagi tadqiqotlardagi muammolarni hal qilish imkonini beradi.

Platforma:Nanopor promethION

Kutubxona:cDNK-PCR

Biz bilan bog'lanish

Xizmat tafsilotlari

Namoyish natijalari

Case Study

Xizmat afzalliklari

● Pastki ketma-ketlik

● To'liq uzunlikdagi cDNK molekulalarini ochish

● Bir xil miqdordagi transkriptlarni qamrab olish uchun kamroq ma'lumot talab qilinadi

● Bir gen uchun bir nechta izoformlarni aniqlash

● Izoform darajasida ifoda miqdorini aniqlash

Xizmat spetsifikatsiyalari

Kutubxona

Platforma

Tavsiya etilgan maʼlumotlar hajmi (Gb)

Sifat nazorati

cDNK-PCR (Poly-A boyitilgan)

Nanopor PromethION P48

6 Gb/namuna (turlarga qarab)

Toʻliq uzunlik nisbati＞70%

O'rtacha sifat ko'rsatkichi: Q10

Bioinformatika tahlillari

●Xom ma'lumotlarni qayta ishlash

● Transkriptni aniqlash

● Muqobil birlashma

● Gen darajasida va izoform darajasida ifoda miqdorini aniqlash

● Differensial ifoda tahlili

● Funksiya izohi va boyitish (DEG va DET)

Namuna talablari va yetkazib berish

Namuna talablari:

Nukleotidlar:

Kons.(ng/ml)

Miqdori (mkg)

Tozalik

Butunlik

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q.

O'simliklar uchun: RIN≥7,0;

Hayvonlar uchun: RIN≥7,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi

To'qima: Og'irligi (quruq): ≥1 g

*5 mg dan kichik to'qimalar uchun muzlatilgan (suyuq azotda) to'qima namunasini yuborish tavsiya etiladi.

Hujayra suspenziyasi: hujayralar soni = 3×10⁶- 1×10⁷

* Muzlatilgan hujayra lizatini jo'natishni tavsiya qilamiz.Agar bu hujayra 5×10 dan kichik bo'lsa⁵, suyuq azotda muzlatilgan flesh tavsiya etiladi, bu mikro ekstraktsiya uchun afzaldir.

Qon namunalari: Hajmi≥1 ml

Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish

Idish: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)

Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......

Yuk tashish: 2, Quruq muz: Namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.

RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.

Xizmat ish oqimi

Nukleotidlar:

Namuna yetkazib berish

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Sotishdan keyingi xizmatlar

Xizmat ish oqimi

To'qima:

Tajriba dizayni

Namuna yetkazib berish

RNK ekstraktsiyasi

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Sotishdan keyingi xizmatlar

Oldingi: To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi - PacBio

Keyingisi: 10x Genomics Visium Spatial Transkriptom

1.Differensial ifoda tahlili -Vulkan syujeti

Differensial ekspressiya tahlili differensial ravishda ifodalangan genlarni (DEG) aniqlash uchun ikkala gen darajasida va differentsial aniqlash uchun izoform darajasida qayta ishlanishi mumkin.

3(1)

ifodalangan transkriptlar (DETs)

2.Ierarxik klasterning issiqlik xaritasi

3.Alternativ splaysing identifikatsiyasi va tasnifi

Besh turdagi muqobil birlashma hodisalari Astalavista tomonidan bashorat qilinishi mumkin.

4.Muqobil poli-adenilatsiya (APA) hodisalarini aniqlash va poli-A ning yuqori oqimida 50 bp da Motif

BMK ishi

Nanopora toʻliq uzunlikdagi transkriptomlar ketma-ketligi orqali muqobil splays identifikatsiyasi va izoform darajasidagi miqdorni aniqlash

Nashr etilgan:Tabiat bilan aloqalar, 2020

Ketma-ketlik strategiyasi:

Guruhlash: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E mutatsiyasi);3. Oddiy B-hujayralar

Sequencing strategiyasi: MinION 2D kutubxonasi ketma-ketligi, PromethION 1D kutubxonasi ketma-ketligi;bir xil namunalardan olingan qisqa muddatli ma'lumotlarni o'qish

Sequencing platformasi: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

Asosiy natijalar

1.Izoform darajasidagi muqobil qo'shish identifikatsiyasi

Uzoq o'qiladigan ketma-ketliklar mutant SF3B1 ni aniqlash imkonini beradi^K700E-izoform darajasida o'zgartirilgan ulanish joylari.35 ta alternativ 3′SS va 10 ta muqobil 5′SS SF3B1 oʻrtasida sezilarli darajada farqlanganligi aniqlandi.^K700Eva SF3B1^WT.35 ta o'zgartirishdan 33 tasi uzoq o'qilgan ketma-ketliklar tomonidan yangi kashf etilgan.

2.Izoform darajasidagi Alternativ Splicing miqdorini aniqlash

SF3B1 da intron tutilishi (IR) izoformlarining ifodasi^K700Eva SF3B1^WTSF3B1 da IR izoformlarining global pastga regulyatsiyasini ochib, nanopora ketma-ketliklari asosida miqdori aniqlandi.^K700E.

Malumot

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV va boshqalar.Surunkali limfotsitik leykemiyada SF3B1 mutatsiyasining to'liq uzunlikdagi transkript tavsifi saqlanib qolgan intronlarning [J] pastga regulyatsiyasini aniqlaydi.Tabiat bilan aloqa.