Platforma | Kutubxona hajmi | Nazariy maʼlumotlar rentabelligi (Har bir hujayra uchun) | Yagona asosli aniqlik | Ilovalar |
Nanopor | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90 Gb/uyali | 85-92% | SV chaqiruvi, De novo, To'liq uzunlikdagi ketma-ketlik, Iso-Seq, Gen izohi, DNK metilatsiyasini aniqlash |
● Har xil turlar bilan minglab yopiq loyihalar bilan PacBio sequencing platformasida 5 yildan ortiq tajriba.
● BMKGENE ikki platformali RNK/DNK sertifikatiga ega Oksford Nanopore kompaniyasining rasmiy hamkori hisoblanadi.
● To'liq uskuna va etarli ketma-ketlik o'tkazuvchanligiga ega bo'lgan sekvenserlarning asosiy modellari mavjud.
● Nanopore platformasi asosida Denovoning 10 dan ortiq hayvon va o‘simlik tadqiqotlari xalqaro miqyosdagi mashhur jurnallarda chop etilgan.
Namuna turi | Miqdori | Konsentratsiya (Qubit ®) | Ovoz balandligi | Tozalik | Boshqalar |
Genomik DNK | Ma'lumotlarga bo'lgan talabga bog'liq | ≥20ng/ml | ≥15ml | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; 260 nm da aniq cho'qqi, ifloslanish yo'q | Konsentratsiyani Qubit va Qubit/Nanopore ≤ 2 bilan o'lchash kerak |
Jami RNK | ≥1,2 mkg | ≥100 mkg/ml | ≥15ml | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5; ifloslanish yo'q | RIN qiymati ≥7,5 |
DNK namunasining ma'lumotlar sifatini baholash
Jadval 1. Toza ma'lumotlar bo'yicha statistika.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1 218 239 | 26.37 | 1 121 736 | 25.90 | 28 014 | 15 764 | 23 090 | 143,181 | 9 |
RNK namunasining ma'lumotlar sifatini baholash
Jadval 1. Toza ma'lumotlar bo'yicha statistika.
Fayl nomi | ClientID | ReadNum | BaseNum | N50 | O'rtacha uzunlik | Maksimal uzunlik | O'rtacha Qscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8 947 708 | 4 047 230 083 | 398 | 452 | 129,227 | 12-savol |
Shakl 1. O'qish uzunligi taqsimoti
Shakl 2. Toza ma'lumotlarning sifat ball taqsimoti
Shakl 3. Toza ma'lumotlarning uzunligi va sifat ball taqsimoti