Mahsulotlar

DNK/RNK ketma-ketligi - PacBio Sequencer

PacBio sequencing platformasi uzoq o'qiladigan ketma-ketlik platformasi bo'lib, u uchinchi avlod Sequencing (TGS) texnologiyalaridan biri sifatida ham tanilgan.Asosiy texnologiya, yakka molekulali real vaqt rejimi (SMRT), uzunligi o'nlab kilo-baza bilan o'qishni yaratish imkonini beradi."Sintez bo'yicha ketma-ketlik" asosida yagona nukleotid rezolyutsiyasiga nol rejimli to'lqin qo'llanmasi (ZMW) erishiladi, bu erda faqat pastki qismdagi (molekula sintezi joyi) cheklangan hajm yoritiladi.Bundan tashqari, SMRT ketma-ketligi NGS tizimida ketma-ketlikka xos bo'lgan noto'g'rilikni oldini oladi, chunki kutubxonani qurish jarayonida PCR kuchaytirish bosqichlarining aksariyati talab qilinmaydi.

Platforma: davomi II, Revio

Biz bilan bog'lanish

Xizmat tafsilotlari

Namoyish natijalari

Xususiyatlari

PacBio sequencerida ikkita ketma-ketlik rejimi: Uzluksiz uzoq o'qish (CLR) va Circular Consensus Read (CCS)

Sequencing rejimi

Kutubxona hajmi

Nazariy ma'lumotlarHosildorlik (Har bir hujayra uchun)

Yagona asosliAniqlik

Ilovalar

CLR

20Kb, 30Kb va boshqalar.

80 Gb dan 130 Gb gacha

Taxminan85%

De novo, SV chaqiruvi va boshqalar.

CCS

15-20 Kb

14 dan 40 Gb/Uyaligacha (II davomi)

70 dan 110 Gb/Uyaligacha (Revio)

Namunalarga bog'liq

Taxminan99%

De novo, SNP/Indel/SV chaqiruvi, Iso-Seq,

Revio va Sequel II ning ishlashi va xususiyatlarini taqqoslash

Shartlar	Ikkinchi bosqich tizimi	Revio tizimi	Kattalashtirish; ko'paytirish
Yuqori zichlik	8 million ZMW	25 million ZMW	3x
Mustaqil bosqichlar	1	4	4x
Qisqaroq ishlash vaqtlari	30 soat	24 soat	1,25x
Yiliga 30X HiFi inson genomlari	88	1300	1umumiy 5x

Xizmat afzalliklari

● Har xil turdagi minglab yopiq loyihalar bilan PacBio sequencing platformasida 8 yildan ortiq tajriba.

● So‘nggi PacBio Sequencing platformalari bilan to‘liq jihozlangan, Revio yetarlicha ketma-ketlik o‘tkazuvchanligini kafolatlaydi.

● Tezroq oʻzgartirish vaqti, yuqori maʼlumotlar unumdorligi va aniqroq maʼlumotlar.

● PacBio-ga asoslangan yuzlab yuqori ta'sirli nashrlarda o'z hissasini qo'shgan.

Namuna talablari

Namuna turi

Miqdori

Konsentratsiya （Qubit®）

Ovoz balandligi

Tozalik

Boshqalar

Genomik DNK

Ma'lumotlarga bo'lgan talabga bog'liq

≥50 ng/ml

≥15ml

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5；
260 nm da aniq tepalik,ifloslanishlar yo'q

Konsentratsiyani Qubit va Qubit / Nanopor = 0,8-2,5 bilan o'lchash kerak.

Jami RNK

≥1,2 mkg

≥120 ng/ml

≥15ml

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5；ifloslanishlar yo'q

RIN qiymati ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Xizmatning ish jarayoni

Namuna tayyorlash

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Loyihani yetkazib berish

Oldingi: OEM ishlab chiqaruvchisi Mrna Sequencing Service - Uzoq kodlanmagan ketma-ketlik-Illumina - Biomarker

Keyingisi: Illumina va BGI

1.Ichki ma'lumotlarning rentabelligi

63 ta CCS hujayralaridan olingan ma'lumotlar (26 turdan)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	O'rtacha	Maks	Min	Median
Daromad - pastki o'qishlar (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimeraza N50	145 651	175 430	118,118	144 689
Qo'shimcha o'qishlar N50	17 509	23 924	12 485	17 584
CCS N50	14 490	19 034	9 876	14 747
O'rtacha uzunlik - Polimeraza	67 995	89 379	49 664	66 433
O'rtacha uzunlik - Subbreadlar	15 866	21 036	11 657	16 012
O'rtacha uzunlik - CCS	14 489	19 074	8575	14 655

16 ta CLR hujayralaridan olingan ma'lumotlar (76 turdan)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	O'rtacha	Maks	Min	Median
Daromad - pastki o'qishlar (Gb)	142.20	291.40	50,55	142.49
Polimeraza N50	39 456	121,191	15 389	35 231
Qo'shimcha o'qishlar N50	28 490	41 012	14 430	29 063
O'rtacha uzunlik - Polimeraza	22 063	48 886	8747	21 555
O'rtacha uzunlik - Subbreadlar	17 720	27 225	8293	17 779

2.Data QC – DemoMa'lumotlar rentabelligi bo'yicha statistik ma'lumotlar

Namuna	ccs O'qishlar soni	Jami ccs bazalari (bp)	ccs N50 o'qishi (bp)	ccs Oʻrtacha uzunlik (bp)	ccs Eng uzoq o'qish (bp)	subreads Bazalar (bp)	ccs darajasi (%)
PB_BMKxxx	3 444 159	54,164,122,586	15 728	15 726	36 110	863,326,330,465	6.27