Qiyosiy genomika
Xizmat afzalliklari
● Eng ko'p talab qilinadigan sakkizta tahlilni o'z ichiga olgan keng qamrovli tahlillar to'plami
● Natijalarni batafsil va oson tushunarli talqin qilish bilan tahlil qilishda yuqori ishonchlilik
● Yaxshi ishlab chiqilgan nashrga tayyor raqamlar
● Yuqori malakali bioinformatika jamoasi turli shaxsiylashtirilgan tahlil talablarini bajaradi
● Tahlilning yuqori aniqligi bilan qisqaroq aylanish vaqti
● 900 dan ortiq to'plangan ta'sir faktoriga ega 90 dan ortiq muvaffaqiyatli ish bo'yicha boy tajriba
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Taxminiy aylanish vaqti | Turlar soni | Tahlillar |
| 30 ish kuni | 6 - 12 | Genlar oilasining klasterlanishi Genlar oilasining kengayishi va qisqarishi Filogenetik daraxt qurilishi Divergentsiya vaqtini hisoblash (qazilgan qazilmalarni kalibrlash talab qilinadi) LTR kiritish vaqti (o'simliklar uchun) Butun genomning ko'payishi (o'simliklar uchun) Selektiv bosim Sinteniya tahlili |
Bioinformatika tahlillari
● Genlar oilasi
● Filogenetika
● Divergentsiya vaqti
● Tanlangan bosim
● Sinteniya tahlili
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
Genom tartiblash va yig'ish uchun to'qima yoki DNK
To'qimalar uchun
| Turlar | To'qima | Tadqiqot | PacBio CCS |
| Hayvon | Viseral to'qima | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Mushak to'qimasi | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Sutemizuvchilar qoni | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Parranda/baliq qoni | |||
| O'simlik | Yangi barg | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Gulbarg/poya | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Ildiz / urug' | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Hujayralar | Madaniyatli hujayra | - | ≥ 1 x 108 |
Ma'lumotlar
Bir-biriga yaqin turlarning genom ketma-ketligi fayllari (.fasta) va izoh fayllari (.gff3)
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
*Bu yerda koʻrsatilgan demo natijalari Biomarker Technologies tomonidan chop etilgan genomlardan olingan
1.LTR kiritish vaqtini baholash: Rasmda boshqa turlarga nisbatan Weining javdar genomiga LTR-RTlarni kiritish vaqtlarida noyob bimodal taqsimot ko'rsatilgan.Eng so'nggi cho'qqi taxminan 0,5 million yil oldin paydo bo'lgan.
Li Guang va boshqalar,Tabiat genetikasi, 2021 yil
2. Chayote (Sechium edule) bo'yicha filogeniya va gen oilasi tahlili: Chayote va genlar oilasidagi boshqa 13 turni tahlil qilish orqali Chayote ilon qovoqchasi (Trichosanthes anguina) bilan eng yaqin aloqada ekanligi aniqlandi.27-45 Mya atrofida ilon qovoqidan olingan chayot va butun genomning ko'payishi (WGD) chayotada 25±4 Myada kuzatildi, bu kubibitaceaedagi uchinchi WGD hodisasidir.
Fu A va boshqalar,Bog'dorchilik bo'yicha tadqiqotlar, 2021 yil
3.Sinteniya tahlili: Meva rivojlanishidagi fitohormonlar bilan bog'liq ba'zi genlar chayot, ilon qovoq va qovoqda topilgan.Chayote va qovoq o'rtasidagi bog'liqlik chayot va ilon qovoq o'rtasidagi bog'liqlikdan bir oz yuqoriroqdir.
Fu A va boshqalar,Bog'dorchilik bo'yicha tadqiqotlar, 2021 yil
4.Gen oilasi tahlili: G.thurberi va G.davidsonii genomlarida genlar oilasining kengayishi va qisqarishi bo'yicha KEGG boyitish steroid biosintezi va brassinosteroid biosintezi bilan bog'liq genlar kengaytirilganligini ko'rsatdi.
Yang Z va boshqalar,BMC biologiyasi, 2021 yil
5.To'liq genom duplikatsiyasi tahlili: 4DTV va Ks taqsimot tahlili butun genom ko'payishi hodisasini ko'rsatdi.Tur ichidagi cho'qqilar takrorlanish hodisalarini ko'rsatdi.Turlararo cho'qqilar turlanish hodisalarini ko'rsatdi.Tahlil shuni ko'rsatdiki, boshqa uchta yaqin tur bilan solishtirganda, O. europaea yaqinda keng ko'lamli genlarni takrorlashdan o'tgan.
Rao G va boshqalar,Bog'dorchilik bo'yicha tadqiqotlar, 2021 yil
BMK ishi
Tirnoqsiz atirgul: namlik moslashuvi bilan bog'liq genomik tushunchalar
Nashr etilgan: Milliy ilmiy sharh, 2021 yil
Ketma-ketlik strategiyasi:
BasyenikiTikansiz' (R.Wichurainan) genom:
Taxminan93 X PacBio + taxminan.90 X Nanopor + 267 X Illumina
Asosiy natijalar
1.Yuqori sifatli R.wichuraiana genomi uzoq vaqt davomida oʻqiladigan ketma-ketlik texnikasi yordamida tuzilgan boʻlib, uning yigʻilishi 530.07 Mb (taxminiy genom hajmi oqim sitometriyasi boʻyicha taxminan 525.9 Mb va genom soʻrovi boʻyicha 525.5 edi； Heterozislik atrofida) 3.s.BUSCO tomonidan taxmin qilingan ball 93,9% ni tashkil etdi."Old blush" (haploOB) bilan solishtirganda, ushbu genomning sifati va to'liqligi bazaviy bir asosli aniqlik va LTR yig'ish indeksi (LAI = 20,03) bilan tasdiqlangan.R.wichuraiana genomida 32674 ta protein kodlovchi gen mavjud.
2. Qiyosiy genomika, transkriptomika, genetik populyatsiyaning QTL tahlilidan iborat bo'lgan ko'p omik qo'shma tahlil R. wichuraiana va Rosa chinensis o'rtasidagi hal qiluvchi turlanishni aniqladi.Bundan tashqari, QTLdagi tegishli genlarning ekspressiv o'zgarishi, ehtimol, novda tikish naqshlari bilan bog'liq bo'lishi mumkin edi.
Basye's Thornless va Rosa chinensis o'rtasidagi qiyosiy genomik tahlil, shu jumladan sinteniya tahlili, genlar oilasi klasteri, kengayish va qisqarish tahlillari atirgullarning muhim belgilari bilan bog'liq bo'lgan ko'p sonli o'zgarishlarni aniqladi.NAC va FAR1/FRS genlar oilasidagi noyob kengayish qora nuqtaga qarshilik bilan bog'liq bo'lishi mumkin edi.
BT va haploOB genomlari o'rtasidagi qiyosiy genomik tahlil.
Zhong, M. va boshqalar."Tiqishsiz atirgul: namlik moslashuvi bilan bog'liq genomik tushunchalar"Milliy ilmiy sharh, 2021;, nwab092.
