Ommaviy Segregant tahlili
Xizmat afzalliklari
Takagi va boshqalar, o'simlik jurnali, 2013 yil
● Aniq lokalizatsiya: fon shovqinini kamaytirish uchun 30+30 dan 200+200 gacha bo'lgan hajmlarni aralashtirish;sinonim bo'lmagan mutatantlar asosida nomzod mintaqani bashorat qilish.
● Keng qamrovli tahlil: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG va boshqalarni o'z ichiga olgan chuqur nomzod gen funksiyasi izohi.
● Tezroq aylanish vaqti: 45 ish kuni ichida geni tez lokalizatsiya qilish.
● Katta tajriba: BMK ekinlar, suv mahsulotlari, o'rmonlar, gullar, mevalar va boshqalar kabi turli turlarni qamrab olgan minglab xususiyatlarni mahalliylashtirishga hissa qo'shdi.
Xizmat spetsifikatsiyalari
Aholisi:
Qarama-qarshi fenotipli ota-onalarning nasllarini ajratish.
Masalan, F2 avlodi, Backcrossing (BC), Rekombinant inbred liniyasi (RIL)
Aralash hovuzi
Sifatli belgilar uchun: 30 dan 50 gacha (kamida 20) / ommaviy
Miqdoriy xususiyatlar uchun: butun populyatsiyada ekstremal fenotiplarga ega bo'lgan eng yaxshi 5% dan 10% gacha (kamida 30+30).
Tavsiya etilgan ketma-ketlik chuqurligi
Kamida 20X/ota-ona va 1X/avlod individual (masalan, 30+30 individualdan iborat nasl aralashtirish hovuzi uchun, ketma-ketlik chuqurligi har bir massa uchun 30X bo'ladi)
Bioinformatika tahlillari
● Butun genomni takrorlash
● Ma'lumotlarni qayta ishlash
● SNP/Indel chaqiruvi
● Nomzodning mintaqaviy skriningi
● Nomzod gen funksiyasi izohi
Namuna talablari va yetkazib berish
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
| gDNK namunasi | To'qima namunasi |
| Konsentratsiya: ≥30 ng/ml | O'simliklar: 1-2 g |
| Miqdori: ≥2 mkg (Hajmi ≥15 mkl) | Hayvonlar: 0,5-1 g |
| Soflik: OD260/280= 1,6-2,5 | To'liq qon: 1,5 ml |
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
1.Nomzod mintaqani aniqlash uchun Evklid masofasi (ED) bo'yicha assotsiatsiya tahlili bazasi.Quyidagi rasmda
X o'qi: Xromosoma soni;Har bir nuqta SNP ning ED qiymatini ifodalaydi.Qora chiziq o'rnatilgan ED qiymatiga mos keladi.Yuqori ED qiymati sayt va fenotip o'rtasidagi muhimroq aloqani ko'rsatadi.Qizil chiziqli chiziq muhim birlashma chegarasini anglatadi.
2.Assotsiatsiya tahlili SNP-indeksiga asoslangan
X o'qi: Xromosoma soni;Har bir nuqta SNP-indeks qiymatini ifodalaydi.Qora chiziq o'rnatilgan SNP indeks qiymatini bildiradi.Qiymat qanchalik katta bo'lsa, assotsiatsiya shunchalik muhim bo'ladi.
BMK ishi
Fnl7.1 asosiy ta'sirli miqdoriy belgi lokus bodringdagi meva bo'yni uzunligi bilan bog'liq kech embrionogenez ko'p miqdorda oqsilni kodlaydi.
Nashr etilgan: O'simliklar biotexnologiyasi jurnali, 2020
Ketma-ketlik strategiyasi:
Ota-onalar (Jin5-508, YN): 34 × va 20 × uchun butun genomni takrorlash.
DNK hovuzlari (50 ta uzun bo'yinli va 50 ta qisqa bo'yinli): 61 × va 52 × uchun resequencing
Asosiy natijalar
Ushbu tadqiqotda uzun bo'yinli bodring Jin5-508 va qisqa bo'yinli YNni kesib o'tish orqali ajratilgan populyatsiya (F2 va F2: 3) yaratilgan.Ikkita DNK hovuzi 50 ta o'ta uzun bo'yinli shaxslar va 50 ta o'ta qisqa bo'yinli shaxslar tomonidan qurilgan.Katta effektli QTL Chr07 da BSA tahlili va an'anaviy QTL xaritalash orqali aniqlandi.Nomzod hudud nozik xaritalash, genlarni ifodalash miqdorini aniqlash va transgenik tajribalar orqali yanada toraytirildi, bu esa bo'yin uzunligini nazorat qilishda asosiy gen CsFnl7.1 ni aniqladi.Bundan tashqari, CsFnl7.1 promotor hududidagi polimorfizm tegishli ifoda bilan bog'liqligi aniqlandi.Keyingi filogenetik tahlil shuni ko'rsatdiki, Fnl7.1 lokusu Hindistondan kelib chiqqan bo'lishi mumkin.
 Bodring bo'yni uzunligi bilan bog'liq nomzod mintaqani aniqlash uchun BSA tahlilida QTL-mapping |  Chr07 da aniqlangan bodring bo'yin uzunligi QTL ning LOD profillari |
Xu, X. va boshqalar."Fnl7.1 asosiy ta'sirli miqdoriy xususiyat lokusu bodringdagi meva bo'yni uzunligi bilan bog'liq kech embriogenezning mo'l-ko'l oqsilini kodlaydi."O'simliklar biotexnologiyasi jurnali 18.7(2020).
