پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq پلیٹ فارم، PE150
لائبریری کی قسم: 350bp insert cDNA لائبریری (چوٹی کی تقسیم پر منحصر ہے)
ترتیب سازی کی حکمت عملی: پیئرڈ اینڈ 150 bp
تجویز کردہ ڈیٹا کی رقم: 2 جی بی خام ڈیٹا/نمونہ
(1) ڈیٹا کوالٹی کنٹرول کی ترتیب: نیوکلیوٹائڈ کی تقسیم، بنیادی معیار کی تقسیم، rRNA تناسب کی تشخیص؛
(2) ترتیب کی سیدھ کا تجزیہ: سیدھ کے نتائج کے اعدادوشمار، ترتیب کی سنترپتی، ترتیب کی کوریج؛
(3) حوالہ جینوم تشریح (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG)؛
(4) اظہار کا تجزیہ: اظہار کی تقسیم (دو یا زیادہ نمونوں کے ساتھ)، نمونوں کے درمیان اظہار کا تجزیہ (وین تجزیہ، ارتباط کا تجزیہ، پی سی اے تجزیہ)؛
(5) امتیازی اظہار کا تجزیہ (دو یا زیادہ نمونوں کے ساتھ)؛
(6) جین سیٹ تجزیہ: وین تجزیہ، کلسٹر تجزیہ، فنکشن تشریح تجزیہ (COG، GO، KEGG)، فنکشن افزودگی تجزیہ (GO، KEGG)، فنکشن افزودگی کورڈل گراف، Ipath تجزیہ؛
(7) sRNA تجزیہ: sRNA پیشن گوئی، sRNA تشریح (دھماکا، sRNAMap، sRNATarBase، SIPHT، Rfam)، sRNA ثانوی ساخت کی پیشن گوئی، sRNA ہدف جین کی پیشن گوئی؛
(8) ٹرانسکرپٹ ڈھانچہ کا تجزیہ: اوپرون تجزیہ، نقل کی شروعات اور اختتامی سائٹس کی پیشن گوئی، UTR تشریح اور تجزیہ، پروموٹر کی ترتیب کی پیشن گوئی، SNP/InDel تجزیہ (SNP/InDel تشریح، SNP/InDel علاقائی تقسیم، SNP اعدادوشمار)۔