پلانٹ/جانوروں کے مکمل جینوم کی ترتیب
1۔سروس کے فوائد
1000 سے زیادہ پرجاتیوں کے لیے جینوم کی ترتیب میں وسیع تجربہ۔
800 سے زیادہ شائع شدہ کیسز جن میں 4000 سے زیادہ کے جمع اثر والے عنصر ہیں۔
تغیر کالنگ اور فنکشن تجزیہ پر جامع بائیو انفارمیٹکس تجزیہ۔
2. سروس کی تفصیلات
| پلیٹ فارم | کتب خانہ | تجویز کردہ سیق کی گہرائی | |
| Illumina | پیئ 150 | SNP کے لیے، InDel کالنگ ≥ 10x SV کے لیے، CNY کالنگ ≥ 30x
| |
| نانوپور
| 8 kb | SV کے لیے، CNY کالنگ ≥ 20x | |
| Pacbio | سی سی ایس | 15 kb | SNP, InDel, SV, CNY کالنگ ≥ 10x کے لیے |
3. نمونہ کی ضروریات
| پلیٹ فارم | Conc.(ng/μL)
| رقم (ng)
| طہارت
| اگروز جیل
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. بغیر یا محدود کے مرکزی بینڈ کو صاف کریں۔جیل پر انحطاط کا مشاہدہ کیا گیا۔ 2. کوئی یا محدود RNA یا پروٹین کی آلودگی
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| نانوپور
| ≥30 | ڈیٹا کی پیداوار پر منحصر ہے۔ 10μg/cell | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Pacbio | سی سی ایس | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. حیاتیاتی معلومات کا تجزیہ
5. سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
ڈی این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
ڈیٹا کی ترسیل
1) جینوم میپنگ کے اعدادوشمار
جدول 1 نقشہ سازی کے نتائج کے اعدادوشمار
شکل 1 داخل کرنے کے سائز اور پڑھنے کی کوریج کی تقسیم۔
2) متغیر کا پتہ لگانا
شکل 2 نمونوں کے درمیان SNP/INDEL/SV کے اعداد و شمار اور تشریح
شکل 3 جینوم کی وسیع تقسیم
3) تغیرات کی فنکشنل تشریح
| 2019 | فطرت مواصلات | مکمل جینوم ریسکیونسنگ سے پتہ چلتا ہے کہ براسیکا نیپس کی اصل اور جینیاتی لوکی اس کی بہتری میں ملوث ہے۔ |
| 2020 | پی این اے ایس | زرد مچھلی کی ارتقائی اصل اور پالنے کی تاریخ |
| 2021 | پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل | دو کاشت شدہ جوٹ پرجاتیوں کے حوالہ جینوم |
| 2021 | پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل | سبزیوں اور تیل کے بیجوں کے جینومک دستخط ایلوپولائپلائڈ براسیکاجونسیا اور جینیاتی لوکی جو گلوکوزینولیٹس کے جمع ہونے کو کنٹرول کرتے ہیں |
| 2019 | مالیکیولر پلانٹ | ریپسیڈ ایکسیسیشن کے عالمی سطح پر مجموعہ کی مکمل جینوم ریسکینسنگ ان کے ایکوٹائپ ڈائیورجن کی جینیاتی بنیاد کو ظاہر کرتی ہے۔ |
| 2022 | باغبانی کی تحقیق | جینوم وسیع ایسوسی ایشن کا تجزیہ تربوز کے بیج کے سائز کے قدرتی تغیرات میں مالیکیولر بصیرت فراہم کرتا ہے۔ |
| 2021 | جرنل آف تجرباتی نباتیات | جینوم وائڈ ایسوسی ایشن کا مطالعہ GhSAD1 کی مختلف قسموں کی نشاندہی کرتا ہے جو کپاس میں سرد رواداری فراہم کرتا ہے |
| 2021 | جرنل آف تجرباتی نباتیات | جینوم وائڈ ایسوسی ایشن اسٹڈی اور ٹرانسکرپٹوم موازنہ ناول کیو ٹی ایل اور امیدوار جینوں کو ظاہر کرتا ہے جو ریپسیڈ میں پنکھڑیوں کے سائز کو کنٹرول کرتے ہیں۔ |
