جی ڈبلیو اے ایس
عنوان: مکمل جینوم کی ترتیب سے پتہ چلتا ہے کہ براسیکا نیپس کی اصل اور جینیاتی لوکی اس کی بہتری میں ملوث ہے۔
جرنل: نیچر کمیونیکیشنز
NGS |WGS |ریسیونسینگ |GWAS |ٹرانسکرپٹوم |RNAseq |براسیکا نیپس |ارتقاء |گھریلو
اس مطالعہ میں، بائیو مارکر ٹیکنالوجیز نے NGS کی ترتیب پر خدمات فراہم کیں، ساتھ ہی ڈیٹا کو ترتیب دینے پر بائیو انفارمیٹکس تجزیہ پر تکنیکی مدد فراہم کی۔
پس منظر
براسیکا نیپس(ریپسیڈ) تیل کے بیجوں کی ایک اہم فصل ہے اور پولی پلائیڈ قیاس آرائی، ارتقاء اور انتخاب کے عمل کی تحقیقات کے لیے ایک بہترین نمونہ ہے۔تاہم، چاہے جنگلی پرجاتیوں یا پالنے والے عطیہ دہندگان والدین کے پیشوا اور جین تھے جنہوں نے پالنے اور ریپسیڈ میں بہتری میں حصہ ڈالا تھا، یہ ابھی تک نامعلوم ہے۔
مواد اور طریقے
مواد:588بی ناپساس مطالعے میں الحاق شامل تھے، جن میں ایشیا سے 466، یورپ سے 102، شمالی امریکہ سے 13، اور آسٹریلیا سے 7 شامل تھے۔ترقی کی عادت کے ریکارڈ کی بنیاد پر، ان مواد کو تین ایکو ٹائپس میں تقسیم کیا گیا تھا۔موسم بہار (86 الحاق)، موسم سرما (74 الحاق)، اور نیم موسم سرما (428 الحاق)۔
ترتیب:اوسط تقریباً5× (3.37× سے 7.71× تک)
ترتیب پلیٹ فارم:Illumina Hiseq 4000
ڈیٹا کی پیداوار:4.03 Tb صاف ڈیٹا
SNP کالنگ:BWA + GATK۔5,294,158 SNPs اور 1,307,151 InDels حاصل کیے گئے۔
نتائج
بی نیپس کی اصلیت
بی ناپسایک ذیلی جینوم یورپی شلجم کے آباؤ اجداد سے تیار ہوا۔یورپی شلجم سے جین کے بہاؤ کا واقعہبی ناپوایک ذیلی جینوم ~ 106–1170 سال پہلے واقع ہوا تھا۔بی ناپسسی سبجینوم ان نسبوں کے مشترکہ اجداد سے تیار ہو سکتا ہے۔کا آباؤ اجدادبی ناپسچار B. oleracea ذیلی نسلوں کے مشترکہ اجداد سے تقسیم، حالیہ جین کے بہاؤ کے ساتھبی ناپس~ 108-898 سال پہلے۔بی ناپسC سبجینوم کی اصل A سبجینوم سے زیادہ پیچیدہ ہے۔کے دوران دونوں دو ذیلی جینوم میں ایک مضبوط رکاوٹ پیدا ہوئی۔بی ناپسارتقاءموسم سرما اور نیم موسم سرمابی ناپسایکوٹائپس ~ 60 سال پہلے مختلف ہوگئیں، جبکہ موسم سرما اور بہاربی ناپس~ 416 سال پہلے، اور تیل کے بیجوں اور غیر تیل کے بیجوں کو تبدیل کیا گیا تھا۔بی ناپس~ 277 سال پہلے ہٹ گیا۔
تصویر 2 آبادی کا ڈھانچہ 588 B. napus Accessions اور 199 B. rapa الحاق۔
تصویر 3 آبادی کا ڈھانچہ 588 B. napus Accessions اور 119 B. oleracea Accessions
سلیکشن سگنلز اور جینوم وائیڈ ایسوسی ایشن اسٹڈیز۔
بہتری کے پہلے مرحلے (FSI) کے دوران، A سبجینوم کے مقابلے B. napus C سبجینوم میں زیادہ جینیاتی تنوع ختم ہو گیا۔FSI کے دوران بہتری کے دوسرے مرحلے (SSI) کے مقابلے میں کم جینیاتی تفریق واقع ہوئی۔ایس ایس آئی سلیکشن سگنل والے علاقوں میں جین تناؤ رواداری، نشوونما اور میٹابولک راستوں میں افزودہ تھے۔60 لوکی نمایاں طور پر 10 ٹارگٹ خصلتوں سے وابستہ ہیں، جن میں 5 کا تعلق بیج کی پیداوار سے، 3 کی لمبائی سلیقے سے، 4 تیل کی مقدار سے، اور 48 بیج کے معیار سے۔
تصویر 4 بی نیپس کے ایس ایس آئی کے دوران جینوم وسیع اسکیننگ اور منتخب علاقوں کی تشریحات
ٹرانسکرپٹوم تجزیہ
زیادہ تیل والے مواد اور ڈبل کم کھیتی سے 11 ٹشوز کے RNAseq ڈیٹا اور کم تیل والے مواد اور ڈبل ہائی cultivar شناخت شدہ جین گلوکوزینولیٹ بائیو سنتھیٹک عمل سے متعلق نمایاں طور پر زیادہ نمائندگی کرتے تھے۔
تصویر 5 بی نیپس کی ایکوٹائپ بہتری کے انتخاب کے تحت پھولوں کے وقت کے ضابطے کا جائزہ
بحث
اس مطالعہ نے کی اصل اور بہتری کی تاریخ کو سمجھنے کے لیے ایک قیمتی وسیلہ فراہم کیا۔بی ناپساور اہم زرعی پیچیدہ خصائص کے جینیاتی بنیادوں کو جدا کرنے میں سہولت فراہم کرے گا۔سازگار مختلف حالتوں، انتخاب کے اشاروں اور امیدواروں کے جینز کے ساتھ وابستہ اہم SNPs مستقبل میں خاص طور پر اس حالیہ ایلوپولیپلائیڈ فصل اور اس کے رشتہ داروں کی پیداوار، بیج کے معیار، تیل کے مواد اور موافقت کو بہتر بنانے میں اہم کردار ادا کریں گے۔
حوالہ
مکمل جینوم ریسکیونسنگ سے پتہ چلتا ہے کہ براسیکا نیپس کی اصل اور جینیاتی لوکی اس کی بہتری میں شامل ہے۔نیچر کمیونیکیشنز، 2019، 10(1)۔
خبریں اور جھلکیاں اس کا مقصد بائیو مارکر ٹیکنالوجیز کے ساتھ تازہ ترین کامیاب کیسز کا اشتراک کرنا، نئی سائنسی کامیابیوں کے ساتھ ساتھ مطالعہ کے دوران استعمال کی جانے والی نمایاں تکنیکوں کو حاصل کرنا ہے۔
پوسٹ ٹائم: جنوری 05-2022