● اعلی معیار کی اسمبلی - پرجاتیوں کی شناخت اور فنکشنل جین کی پیشن گوئی کی درستگی کو بہتر بنانا
● بند بیکٹیریل جینوم تنہائی
● متنوع علاقوں میں زیادہ طاقتور اور قابل اعتماد استعمال، مثلاً پیتھوجینک مائکروجنزموں یا اینٹی بائیوٹک مزاحمت سے متعلق جینز کا پتہ لگانا
● تقابلی میٹاجینوم تجزیہ
پلیٹ فارم | ترتیب دینا | تجویز کردہ ڈیٹا | ٹرناراؤنڈ ٹائم |
نانوپور | او این ٹی | 6 جی/10 جی | 65 کام کے دن |
● خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
● میٹاجینوم اسمبلی
● غیر فالتو جین سیٹ اور تشریح
● پرجاتیوں کے تنوع کا تجزیہ
● جینیاتی فنکشن تنوع کا تجزیہ
● بین گروپ تجزیہ
● تجرباتی عوامل کے خلاف ایسوسی ایشن کا تجزیہ
نمونہ کی ضروریات:
کے لیےڈی این اے کے نچوڑ:
نمونہ کی قسم | رقم | توجہ مرکوز کرنا | طہارت |
ڈی این اے کے نچوڑ | 1-1.5 μg | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ماحولیاتی نمونوں کے لیے:
نمونہ کی قسم | تجویز کردہ نمونے لینے کا طریقہ کار |
مٹی | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛باقی سوکھے مادے کو سطح سے ہٹانے کی ضرورت ہے۔بڑے ٹکڑوں کو پیس لیں اور 2 ملی میٹر فلٹر سے گزریں۔ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک EP-tube یا cyrotube میں علی کوٹ کے نمونے۔ |
پاخانہ | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کے نمونے جمع کریں۔ |
آنتوں کے مواد | نمونوں کو ایسپٹک حالت میں پروسیس کرنے کی ضرورت ہے۔جمع شدہ ٹشو کو پی بی ایس سے دھونا؛پی بی ایس کو سینٹری فیوج کریں اور ای پی ٹیوبوں میں تیز رفتار جمع کریں۔ |
کیچڑ | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛بکنگ کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کیچڑ کا نمونہ جمع کریں۔ |
آبی جسم | مائکروبیل کی محدود مقدار کے نمونے کے لیے، جیسے نل کا پانی، کنویں کا پانی، وغیرہ، کم از کم 1 L پانی جمع کریں اور جھلی پر مائکروبیل کو افزودہ کرنے کے لیے 0.22 μm فلٹر سے گزریں۔جھلی کو جراثیم سے پاک ٹیوب میں محفوظ کریں۔ |
جلد | جراثیم سے پاک روئی کے جھاڑو یا سرجیکل بلیڈ سے جلد کی سطح کو احتیاط سے کھرچیں اور اسے جراثیم سے پاک ٹیوب میں رکھیں۔ |
نمونوں کو مائع نائٹروجن میں 3-4 گھنٹے کے لیے منجمد کریں اور مائع نائٹروجن یا -80 ڈگری پر طویل مدتی ریزرویشن میں محفوظ کریں۔خشک برف کے ساتھ نمونے کی ترسیل کی ضرورت ہے۔
1. ہیٹ میپ: پرجاتیوں کی بھرپوریت کا جھرمٹ2. KEGG میٹابولک پاتھ ویز کے لیے فنکشنل جین کی تشریح3. پرجاتیوں کے ارتباط کا نیٹ ورک4. کارڈ اینٹی بائیوٹک مزاحمتی جینوں کے سرکوس
بی ایم کے کیس
نانوپور میٹاجینومکس بیکٹیریل لوئر سانس کے انفیکشن کی تیزی سے طبی تشخیص کے قابل بناتا ہے۔
شائع شدہ:نیچر بائیو ٹیکنالوجی، 2019
تکنیکی جھلکیاں
ترتیب: نینو پور منین
کلینیکل میٹاجینومکس بائیو انفارمیٹکس: میزبان ڈی این اے کی کمی، WIMP اور ARMA تجزیہ
تیزی سے پتہ لگانا: 6 گھنٹے
اعلی حساسیت: 96.6%
کلیدی نتائج
2006 میں، لوئر ریسپائریٹری انفیکشن (LR) کی وجہ سے عالمی سطح پر 30 لاکھ انسانوں کی موت واقع ہوئی۔LR1 پیتھوجین کا پتہ لگانے کے لیے عام طریقہ کاشت کاری ہے، جس میں حساسیت کم ہوتی ہے، لمبا وقت ہوتا ہے اور ابتدائی اینٹی بائیوٹک تھراپی میں رہنمائی کی کمی ہوتی ہے۔ایک تیز اور درست مائکروبیل تشخیص طویل عرصے سے ایک فوری ضرورت رہی ہے۔ایسٹ اینگلیا یونیورسٹی کے ڈاکٹر جسٹن اور ان کے شراکت داروں نے پیتھوجین کا پتہ لگانے کے لیے نینو پور پر مبنی میٹاجینومک طریقہ کامیابی سے تیار کیا۔ان کے ورک فلو کے مطابق، میزبان ڈی این اے کا 99.99٪ ختم ہو سکتا ہے۔پیتھوجینز اور اینٹی بائیوٹک مزاحم جینز کا پتہ لگانے کا عمل 6 گھنٹے میں مکمل کیا جا سکتا ہے۔
حوالہ
چارالامپوس، ٹی، کی، جی ایل، رچرڈسن، ایچ، آیڈین، اے، اور اوگریڈی، جے۔(2019)۔نانوپور میٹاجینومکس بیکٹیریل لوئر ریسپائریٹری انفیکشن کی تیزی سے طبی تشخیص کے قابل بناتا ہے۔نیچر بائیو ٹیکنالوجی، 37(7)، 1۔