لمبی نان کوڈنگ سیکوینسنگ-ایلومینا۔
سروس کے فوائد
● سروس کے فوائد
● سیلولر اور ٹشو مخصوص
● مخصوص مرحلہ متحرک اظہار کی تبدیلی کا اظہار اور پیش کرتا ہے۔
● وقت اور جگہ کے اظہار کے عین مطابق نمونے۔
● mRNA ڈیٹا کے ساتھ مشترکہ تجزیہ۔
● BMKCloud پر مبنی نتیجہ کی ترسیل: پلیٹ فارم پر اپنی مرضی کے مطابق ڈیٹا مائننگ دستیاب ہے۔
● بعد از فروخت خدمات پروجیکٹ کی تکمیل کے بعد 3 ماہ کے لیے درست ہیں۔
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
| کتب خانہ | پلیٹ فارم | تجویز کردہ ڈیٹا | ڈیٹا QC |
| آر آر این اے کی کمی | Illumina PE150 | 10 جی بی | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | رقم (μg) | طہارت | سالمیت |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا کوئی پروٹین یا ڈی این اے آلودگی جیل پر دکھائی نہیں دیتی۔ | پودوں کے لیے: RIN≥6.5؛ جانوروں کے لیے: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا کوئی بنیادی بلندی نہیں۔ |
نیوکلیوٹائڈز:
ٹشو: وزن (خشک): ≥1 جی
*5 ملی گرام سے چھوٹے ٹشو کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ فلیش منجمد (مائع نائٹروجن میں) ٹشو کا نمونہ بھیجیں۔
سیل معطلی: سیل کی گنتی = 3×107
*ہم منجمد سیل لیسیٹ بھیجنے کا مشورہ دیتے ہیں۔اس صورت میں کہ سیل کا شمار 5×10 سے چھوٹا ہو۔5، مائع نائٹروجن میں فلیش کو منجمد کرنے کی سفارش کی جاتی ہے۔
خون کے نمونے:
PA×geneBloodRNATube؛
6mLTRIzol اور 2mL خون (TRIzol:Blood=3:1)
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر: 2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
نمونہ لیبلنگ: گروپ + نقل جیسے A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
کھیپ:
1. خشک برف: نمونوں کو تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
2.RNAstable tubes: RNA کے نمونے RNA سٹیبلائزیشن ٹیوب (جیسے RNAstable®) میں خشک کیے جا سکتے ہیں اور کمرے کے درجہ حرارت پر بھیجے جا سکتے ہیں۔
سروس ورک فلو
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی ترسیل
آر این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
بایو انفارمیٹکس
1.LncRNA درجہ بندی
مندرجہ بالا چار سافٹ ویئرز کے ذریعہ پیش گوئی کی گئی LncRNA کو 4 زمروں میں درجہ بندی کیا گیا تھا: lincRNA، اینٹی سینس-LncRNA، intronic-LncRNA؛احساس-LncRNA.LncRNA کی درجہ بندی ذیل میں ہسٹوگرام میں دکھائی گئی تھی۔
LncRNA درجہ بندی
2. DE-lncRNA افزودگی تجزیہ کے Cis-ہدف بنائے گئے جین
ClusterProfiler کو حیاتیاتی عمل، مالیکیولر فنکشنز اور سیلولر اجزاء کے لحاظ سے مختلف اظہار کردہ lncRNA (DE-lncRNA) کے cis-ٹارگٹڈ جینز پر GO افزودگی کے تجزیہ میں ملازم کیا گیا تھا۔GO افزودگی کا تجزیہ پورے جینوم کے مقابلے ڈی ای جی کی ہدایت کردہ نمایاں طور پر افزودہ GO اصطلاحات کی نشاندہی کرنے کا عمل ہے۔افزودہ اصطلاحات کو ہسٹوگرام، ببل چارٹ وغیرہ میں پیش کیا گیا جیسا کہ ذیل میں دکھایا گیا ہے۔
DE-lncRNA کی افزودگی کے تجزیہ کے سی آئی ایس ٹارگٹڈ جینز - بلبلا چارٹ
3. mRNA اور lncRNA کی لمبائی، exon نمبر، ORF اور اظہار کی مقدار کا موازنہ کر کے، ہم ان کے درمیان ساخت، ترتیب اور اسی طرح کے فرق کو سمجھ سکتے ہیں، اور یہ بھی تصدیق کر سکتے ہیں کہ آیا ہماری طرف سے پیش کردہ ناول lncRNA عام خصوصیات کے مطابق ہے یا نہیں۔
بی ایم کے کیس
KRAS-G12D اتپریورتن اور P53 ناک آؤٹ کے ساتھ ماؤس پھیپھڑوں کے اڈینو کارسینوماس میں ڈی ریگولیٹڈ lncRNA ایکسپریشن پروفائل
شائع شدہ:جرنل آف سیلولر اینڈ مالیکیولر میڈیسن،2019
ترتیب کی حکمت عملی
Illumina
نمونے کا مجموعہ
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) خلیات اور منفی کنٹرول (sh-Scr) خلیات مخصوص وائرل انفیکشن کے 6 دن کو حاصل کیے گئے تھے۔
کلیدی نتائج
یہ مطالعہ P53 ناک آؤٹ اور KrasG12D اتپریورتن کے ساتھ ماؤس پھیپھڑوں کے اڈینو کارسینوما میں غیر واضح طور پر اظہار کردہ lncRNAs کی تحقیقات کرتا ہے۔
1.6424 lncRNAs کو مختلف طریقے سے ظاہر کیا گیا تھا (≥ 2 گنا تبدیلی، P <0.05)۔
2.تمام 210 lncRNAs(FC≥8) میں سے، 11 lncRNAs کے اظہار کو P53، 33 lncRNAs کے KRAS اور 13 lncRNAs کو بالترتیب پرائمری KP خلیوں میں ہائپوکسیا کے ذریعے منظم کیا گیا۔
3.NONMMUT015812، جو کہ ماؤس پھیپھڑوں کے اڈینو کارسینوما میں نمایاں طور پر اپ ریگولیٹ کیا گیا تھا اور P53 کے دوبارہ اظہار کے ذریعے منفی طور پر ریگولیٹ کیا گیا تھا، اس کے سیلولر فنکشن کا تجزیہ کرنے کے لیے پتہ چلا۔
4. shRNAs کے ذریعے NONMMUT015812 کے ناک آؤٹ ہونے سے KP خلیات کے پھیلاؤ اور منتقلی کی صلاحیتوں میں کمی واقع ہوئی۔NONMMUT015812 ایک ممکنہ آنکوجین تھا۔
 NONMMUT015812-nockdown KP خلیات میں امتیازی طور پر اظہار کردہ جینوں کا KEGG پاتھ وے تجزیہ |  NONMMUT015812-knockdown KP خلیات میں امتیازی طور پر اظہار کردہ جین کا جین اونٹولوجی تجزیہ |
حوالہ
KRAS-G12D اتپریورتن اور P53 ناک آؤٹ [J] کے ساتھ ماؤس پھیپھڑوں کے اڈینو کارسینوماس میں ڈی ریگولیٹڈ lncRNA ایکسپریشن پروفائل۔جرنل آف سیلولر اینڈ مالیکیولر میڈیسن، 2019، 23(10)۔DOI: 10.1111/jcmm.14584
