مصنوعات

*یہاں دکھائے گئے ڈیمو نتائج سبھی Biomarker Technologies کے ساتھ شائع شدہ جینوم سے ہیں۔

1.Hi-C تعامل گرمی کا نقشہکیمپٹوتھیکا ایکومیناٹاجینومجیسا کہ نقشے پر دکھایا گیا ہے، تعامل کی شدت لکیری فاصلے کے ساتھ منفی طور پر منسلک ہے، جو کہ ایک انتہائی درست کروموسوم سطح کی اسمبلی کی نشاندہی کرتی ہے۔(اینکرنگ تناسب: 96.03%)

کانگ ایم وغیرہ،نیچر کمیونیکیشنز، 2021

2.Hi-C نے درمیان الٹ جانے کی توثیق کی سہولت فراہم کی۔Gossypium hirsutumL. TM-1 A06 اورجی آربوریمChr06

یانگ زیڈ وغیرہ،نیچر کمیونیکیشنز، 2019

3. کاساوا جینوم SC205 کی اسمبلی اور بائلیلک تفریق۔Hi-C ہیٹ میپ نے ہومولوجس کروموسوم میں واضح تقسیم دکھایا ہے۔

Hu W et al.مالیکیولر پلانٹ، 2021

4. دو فیکس پرجاتیوں کے جینوم اسمبلی پر ہائی-سی ہیٹ میپ:F.microcarpa(اینکرنگ تناسب: 99.3%) اورF.hispida (اینکرنگ تناسب: 99.7%)

Zhang X et al.سیل، 2020

بی ایم کے کیس

برگد کے درخت اور پولنیٹر تتییا کے جینوم فگ-تیتی کے Coevolution میں بصیرت فراہم کرتے ہیں

شائع شدہ: سیل، 2020

ترتیب کی حکمت عملی:

F. مائکرو کارپا جینوم: تقریبا84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

F. hispidaجینوم: تقریبا97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

یوپرسٹینا ورٹیکیلاٹاجینوم: تقریبا170 X PacBio RSII (65 Gb)

کلیدی نتائج

1. دو برگد کے درخت کے جینوم اور ایک پولنیٹر تتییا جینوم PacBio کی ترتیب، Hi-C اور لنکیج میپ کا استعمال کرتے ہوئے بنائے گئے تھے۔
(1)F. مائکرو کارپاجینوم: 426 Mb (تخمینہ جینوم سائز کا 97.7%) کی اسمبلی 908 Kb کے contig N50 کے ساتھ قائم کی گئی تھی، BUSCO سکور 95.6% تھا۔Hi-C کے ذریعے مجموعی طور پر 423 Mb کی ترتیب کو 13 کروموسوم پر لنگر انداز کیا گیا تھا۔جینوم تشریح سے 29,416 پروٹین کوڈنگ جین برآمد ہوئے۔
(2)F. Hispidaجینوم: 360 Mb کی اسمبلی (تخمینہ جینوم سائز کا 97.3%) 492 Kb کے contig N50 اور BUSCO سکور 97.4% کے ساتھ پیداوار تھی۔Hi-C کے ذریعے 14 کروموسومز پر کل 359 Mb سیکوئنسز لنگر انداز کیے گئے تھے اور ہائی ڈینسٹی لنکیج میپ سے انتہائی مماثل تھے۔
(3)یوپرسٹینا ورٹیکیلاٹاجینوم: 387 Mb کی ایک اسمبلی (تخمینہ جینوم سائز: 382 Mb) 3.1 Mb کے contig N50 اور BUSCO سکور 97.7% کے ساتھ قائم کی گئی تھی۔

2. تقابلی جینومکس کے تجزیے سے دونوں کے درمیان ساخت میں بہت زیادہ تغیرات سامنے آئےفکسجینوم، جس نے انکولی ارتقاء کے مطالعے کے لیے انمول جینیاتی وسائل فراہم کیے ہیں۔اس مطالعہ نے، پہلی بار، جینومک سطح پر فگ-واسپ coevolution کے بارے میں بصیرت فراہم کی۔

دو کی جینومک خصوصیات پر سرکوس ڈایاگرامفکسجینوم، بشمول کروموسوم، سیگمنٹل ڈپلیکیشنز (SDs)، ٹرانسپوسن (LTR، TEs، DNA TEs)، جین کا اظہار اور ترکیب

Y کروموسوم اور جنس کے تعین کے امیدوار جین کی شناخت