فنگل جینوم
سروس کے فوائد
● مختلف تحقیقی اہداف کے لیے متعدد ترتیب سازی کی حکمت عملی دستیاب ہے۔
● 10,000 سے زیادہ قلمی مکمل جینوم جمع کرنے کے ساتھ فنگی جینوم اسمبلی میں انتہائی تجربہ کار۔
● پیشہ ورانہ فروخت کے بعد تکنیکی معاونت کی ٹیم جو تحقیق کی مزید مخصوص ضروریات کو پورا کرتی ہے۔
سروس کی تفصیلات
| سروس | ترتیب کی حکمت عملی | معیار کی ضمانت ہے۔ | تخمینی موڑ کا وقت |
| فنگل ٹھیک نقشہ | Illumina 50X+Nanopore 100X | Contig N50≥2 Mb | 35 کام کے دن |
| PacBio HiFi 30X | |||
| فنگل پینی مکمل نقشہ | Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | کروموسوم اینکرنگ تناسب>90% | 45 کام کے دن |
بایو انفارمیٹکس کا تجزیہ
● خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
● جینوم اسمبلی
● جینوم اجزاء کا تجزیہ
● جین فنکشن تشریح
● تقابلی جینومک تجزیہ
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
کے لیےڈی این اے کے نچوڑ:
| نمونہ کی قسم | رقم | توجہ مرکوز کرنا | طہارت |
| ڈی این اے کے نچوڑ | 1.2 μg | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ٹشو کے نمونوں کے لیے:
| نمونہ کی قسم | تجویز کردہ نمونہ علاج | نمونہ اسٹوریج اور شپمنٹ |
| یونی سیلولر فنگس | خوردبین کے نیچے خمیر کا مشاہدہ کریں اور انہیں ان کے ایکسپونینشنل مرحلے میں جمع کریں۔ کلچر (تقریباً 3-4.5e9 سیلز پر مشتمل) کو 1.5 یا 2 ملی لیٹر ایپینڈورف میں منتقل کریں۔(برف پر رکھیں) ٹیوب کو 1 منٹ کے لیے 14000 گرام پر بیکٹیریا کو اکٹھا کرنے اور سپرنٹنٹ کو احتیاط سے ہٹانے کے لیے سینٹرفیوج کریں۔ ٹیوب کو سیل کریں اور بیکٹیریا کو مائع نائٹروجن میں کم از کم 1-3 گھنٹے کے لیے منجمد کریں۔ٹیوب کو -80 ℃ فریج میں اسٹور کریں۔ | نمونوں کو مائع نائٹروجن میں 3-4 گھنٹے کے لیے منجمد کریں اور مائع نائٹروجن یا -80 ڈگری پر طویل مدتی ریزرویشن میں محفوظ کریں۔خشک برف کے ساتھ نمونے کی ترسیل کی ضرورت ہے۔ |
| میکرو فنگس | فعال طور پر بڑھتے ہوئے مرحلے میں ٹشو کی سفارش کی جاتی ہے۔ ٹشو کو اینڈوٹوکسین سے پاک پانی سے کللا کریں، پھر 70 فیصد ایتھونل۔ نمونے کو کرائیو ٹیوب میں محفوظ کریں۔ |
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
1. فنگل جینومک اجزاء پر سرکوس ڈایاگرام
2. تقابلی جینومکس تجزیہ: فائیلوجنیٹک درخت
