ڈی این اے / آر این اے کی ترتیب - پی سی بائیو سیکوینسر
خصوصیات
PacBio سیکوینسر پر دو ترتیب دینے کے طریقے: مسلسل لانگ ریڈ (CLR) اور سرکلر کنسنسس ریڈ (CCS)
| ترتیب موڈ | لائبریری کا سائز | نظریاتی ڈیٹاپیداوار (فی سیل) | سنگل بیسدرستگی | ایپلی کیشنز |
| سی ایل آر | 20Kb، 30Kb، وغیرہ۔ | 80 جی بی سے 130 جی بی | تقریبا.85% | ڈی نوو، SV کالنگ، وغیرہ۔ |
| سی سی ایس | 15-20 Kb | 14 سے 40 جی بی/سیل (سیکوئل II) 70 سے 110 جی بی/سیل (ریویو) نمونوں پر منحصر ہے۔ | تقریبا.99% | ڈی نوو, SNP/Indel/SV کالنگ، Iso-Seq، |
Revio اور Sequel II کی کارکردگی اور خصوصیات کا موازنہ
| شرائط | سیکوئل II سسٹم | ریویو سسٹم | اضافہ |
| زیادہ کثافت | 8 ملین ZMWs | 25 ملین ZMWs | 3x |
| آزاد مراحل | 1 | 4 | 4x |
| مختصر دوڑ کے اوقات | 30 گھنٹے | 24 گھنٹے | 1.25x |
| 30X HiFi انسانی جینوم / سال | 88 | 1,300 | 1مجموعی طور پر 5x |
سروس کے فوائد
● PacBio سیکوینسنگ پلیٹ فارم پر مختلف انواع کے ہزاروں بند پروجیکٹس کے ساتھ 8 سال سے زیادہ کا تجربہ۔
● مکمل طور پر جدید ترین PacBio سیکوینسنگ پلیٹ فارمز سے لیس، Revio کافی ترتیب کے تھرو پٹ کی ضمانت دینے کے لیے۔
● تیز تر موڑ کا وقت، زیادہ ڈیٹا کی پیداوار اور زیادہ درست ڈیٹا۔
● سیکڑوں اعلیٰ اثر والی PacBio پر مبنی اشاعتوں میں تعاون کیا۔
نمونے کے تقاضے
| نمونہ کی قسم | رقم | ارتکاز (Qubit®) | حجم | طہارت | دوسرے |
| جینومک ڈی این اے | ڈیٹا کی ضرورت پر منحصر ہے۔ | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260 nm پر صاف چوٹی،کوئی آلودگی نہیں | ارتکاز کو Qubit اور Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 سے ناپا جانا ضروری ہے۔ |
| کل آر این اے | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5؛ OD260/230=0.5-2.5；کوئی آلودگی نہیں | RIN قدر ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
سروس ورک فلو
نمونے کی تیاری
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
پروجیکٹ کی ترسیل
1۔اندرونی ڈیٹا کی پیداوار
63 CCS خلیات سے تیار کردہ ڈیٹا (26 پرجاتیوں سے)
| ڈیٹا-PacBio-CCS-15 Kb | اوسط | زیادہ سے زیادہ | کم از کم | اوسط |
| پیداوار - سبریڈز (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| پولیمریز N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| سب بریڈز N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| اوسط لمبائی - پولیمریز | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| اوسط لمبائی - سب بریڈز | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| اوسط لمبائی-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR خلیات سے تیار کردہ ڈیٹا (76 پرجاتیوں سے)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | اوسط | زیادہ سے زیادہ | کم از کم | اوسط |
| پیداوار - سبریڈز (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| پولیمریز N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| سب بریڈز N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| اوسط لمبائی - پولیمریز | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| اوسط لمبائی - سب بریڈز | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. ڈیٹا QC - ڈیمواعداد و شمار کی پیداوار پر اعداد و شمار
| نمونہ | ccs ریڈز نمبر | کل سی سی ایس بیس (بی پی) | ccs ریڈز N50 (bp) | ccs اوسط لمبائی (bp) | ccs سب سے طویل پڑھا گیا (bp) | سب ریڈز بیسز (بی پی) | سی سی ایس کی شرح (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
