بلکڈ سیگریگینٹ تجزیہ
سروس کے فوائد
تاکاگی وغیرہ، پلانٹ جرنل، 2013
● درست لوکلائزیشن: پس منظر کے شور کو کم کرنے کے لیے 30+30 سے 200+200 افراد کے ساتھ بلک ملانا؛غیر مترادف اتپریورتیوں پر مبنی امیدوار کے علاقے کی پیشن گوئی۔
● جامع تجزیہ: امیدوار جین فنکشن کی گہرائی سے تشریح، بشمول NR، SwissProt، GO، KEGG، COG، KOG، وغیرہ۔
● تیز تر تبدیلی کا وقت: 45 کام کے دنوں کے اندر تیزی سے جین لوکلائزیشن۔
● وسیع تجربہ: BMK نے متنوع انواع جیسے فصلوں، آبی مصنوعات، جنگل، پھول، پھل وغیرہ کو شامل کرتے ہوئے ہزاروں خصلتوں کی لوکلائزیشن میں اپنا حصہ ڈالا ہے۔
سروس کی تفصیلات
آبادی:
مخالف فینوٹائپس کے ساتھ والدین کی اولاد کو الگ کرنا۔
مثال کے طور پر F2 اولاد، بیک کراسنگ (BC)، ریکومبیننٹ انبریڈ لائن (RIL)
مکسنگ پول
معیار کی خصوصیات کے لیے: 30 سے 50 افراد (کم از کم 20)/بلک
مقداری ٹریٹس کے لیے: پوری آبادی میں سب سے اوپر 5% سے 10% افراد (کم از کم 30+30)۔
تجویز کردہ ترتیب کی گہرائی
کم از کم 20X/والدین اور 1X/اولاد انفرادی (مثال کے طور پر 30+30 انفرادی کے اولاد کے اختلاط پول کے لیے، ترتیب کی گہرائی 30X فی بلک ہوگی)
بایو انفارمیٹکس کا تجزیہ
● مکمل جینوم کی ترتیب
● ڈیٹا پروسیسنگ
● SNP/Indel کالنگ
● امیدواروں کے علاقے کی اسکریننگ
● امیدوار جین فنکشن تشریح
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
نیوکلیوٹائڈز:
| جی ڈی این اے نمونہ | ٹشو کا نمونہ |
| ارتکاز: ≥30 ng/μl | پودے: 1-2 جی |
| رقم: ≥2 μg (والیم ≥15 μl) | جانور: 0.5-1 جی |
| طہارت: OD260/280= 1.6-2.5 | مکمل خون: 1.5 ملی لیٹر |
سروس ورک فلو
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی ترسیل
آر این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
1. امیدوار کے علاقے کی شناخت کے لیے یوکلیڈین ڈسٹنس (ED) پر ایسوسی ایشن تجزیہ کی بنیاد۔درج ذیل تصویر میں
ایکس محور: کروموسوم نمبر؛ہر ڈاٹ SNP کی ED قدر کی نمائندگی کرتا ہے۔بلیک لائن فٹ شدہ ED ویلیو کے مساوی ہے۔ایک اعلی ED قدر سائٹ اور فینوٹائپ کے درمیان زیادہ اہم وابستگی کی نشاندہی کرتی ہے۔ریڈ ڈیش لائن اہم ایسوسی ایشن کی حد کی نمائندگی کرتی ہے۔
2. ایسوسی ایشن تجزیہ کی بنیاد پر کوئی SNP-انڈیکس
ایکس محور: کروموسوم نمبر؛ہر ڈاٹ ایس این پی انڈیکس قدر کی نمائندگی کرتا ہے۔بلیک لائن کا مطلب فٹڈ SNP-انڈیکس ویلیو ہے۔قدر جتنی بڑی ہوگی، ایسوسی ایشن اتنی ہی اہم ہوگی۔
بی ایم کے کیس
اہم اثر مقداری خاصیت لوکس Fnl7.1 کھیرے میں پھلوں کی گردن کی لمبائی کے ساتھ منسلک دیر سے ایمبریوجینیسس وافر پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔
شائع شدہ: پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل، 2020
ترتیب کی حکمت عملی:
والدین (Jin5-508, YN): 34× اور 20× کے لیے مکمل جینوم کی ترتیب۔
ڈی این اے پولز (50 لمبی گردن والے اور 50 چھوٹی گردن والے): 61× اور 52× کے لیے ریسیونسنگ
کلیدی نتائج
اس مطالعہ میں، الگ کرنے والی آبادی (F2 اور F2:3) لمبی گردن والی ککڑی لائن Jin5-508 اور چھوٹی گردن YN کو عبور کرکے پیدا کی گئی۔دو ڈی این اے پول 50 انتہائی لمبی گردن والے افراد اور 50 انتہائی چھوٹی گردن والے افراد نے بنائے تھے۔بڑے اثر والے QTL کی شناخت Chr07 پر BSA تجزیہ اور روایتی QTL میپنگ کے ذریعے کی گئی۔فائن میپنگ، جین ایکسپریشن کوانٹیفیکیشن اور ٹرانسجینک تجربات کے ذریعے امیدوار کے علاقے کو مزید تنگ کر دیا گیا، جس نے گردن کی لمبائی، CsFnl7.1 کو کنٹرول کرنے میں کلیدی جین کا انکشاف کیا۔اس کے علاوہ، CsFnl7.1 پروموٹر ریجن میں پولیمورفزم اسی اظہار کے ساتھ وابستہ پایا گیا۔مزید فائیلوجنیٹک تجزیہ نے تجویز کیا کہ Fnl7.1 لوکس کی ابتدا ہندوستان سے ہونے کا بہت زیادہ امکان ہے۔
 کھیرے کی گردن کی لمبائی سے وابستہ امیدوار کے علاقے کی نشاندہی کرنے کے لیے BSA تجزیہ میں QTL میپنگ |  کھیرے کی گردن کی لمبائی والے QTL کے LOD پروفائلز کی شناخت Chr07 پر ہوئی۔ |
Xu, X., et al."بڑا اثر مقداری خاصیت لوکس Fnl7.1 کھیرے میں پھلوں کی گردن کی لمبائی کے ساتھ منسلک دیر سے ایمبریوجینیسس وافر پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے۔"پلانٹ بائیوٹیکنالوجی جرنل 18.7(2020)۔
