16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
سروس کے فوائد
● ماحولیاتی نمونوں میں مائکروبیل مرکب کی تنہائی سے پاک اور تیزی سے شناخت
● ماحولیاتی نمونوں میں کم وافر اجزاء میں اعلی ریزولیوشن
● ڈیٹا بیس، تشریح، OTU/ASV کے لحاظ سے متنوع تجزیوں کے ساتھ تازہ ترین QIIME2 تجزیہ بہاؤ۔
● ہائی تھرو پٹ، زیادہ درستگی
● متنوع مائکروبیل کمیونٹی اسٹڈیز پر لاگو
● BMK 100,000 سے زیادہ نمونوں/سال کے ساتھ وسیع تجربے کا مالک ہے، جس میں مٹی، پانی، گیس، کیچڑ، پاخانہ، آنتیں، جلد، ابال کا شوربہ، کیڑے، پودے وغیرہ شامل ہیں۔
● BMKCloud 45 ذاتی تجزیہ کرنے والے ٹولز پر مشتمل ڈیٹا کی تشریح کی سہولت فراہم کرتا ہے۔
سروس کی تفصیلات
| ترتیب دیناپلیٹ فارم | کتب خانہ | تجویز کردہ ڈیٹا کی پیداوار | تخمینی موڑ کا وقت |
| Illumina NovaSeq پلیٹ فارم | PE250 | 50K/100K/300K ٹیگز | 30 دن |
بایو انفارمیٹکس کا تجزیہ
● خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
● OTU کلسٹرنگ/ڈی شور (ASV)
● OTU تشریح
● الفا تنوع
● بیٹا تنوع
● بین گروپ تجزیہ
● تجرباتی عوامل کے خلاف ایسوسی ایشن کا تجزیہ
● فنکشن جین کی پیشن گوئی
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
کے لیےڈی این اے کے نچوڑ:
| نمونہ کی قسم | رقم | توجہ مرکوز کرنا | طہارت |
| ڈی این اے کے نچوڑ | 30 این جی | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ماحولیاتی نمونوں کے لیے:
| نمونہ کی قسم | تجویز کردہ نمونے لینے کا طریقہ کار |
| مٹی | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛باقی سوکھے مادے کو سطح سے ہٹانے کی ضرورت ہے۔بڑے ٹکڑوں کو پیس لیں اور 2 ملی میٹر فلٹر سے گزریں۔ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک EP-tube یا cyrotube میں علی کوٹ کے نمونے۔ |
| پاخانہ | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کے نمونے جمع کریں۔ |
| آنتوں کے مواد | نمونوں کو ایسپٹک حالت میں پروسیس کرنے کی ضرورت ہے۔جمع شدہ ٹشو کو پی بی ایس سے دھونا؛پی بی ایس کو سینٹری فیوج کریں اور ای پی ٹیوبوں میں تیز رفتار جمع کریں۔ |
| کیچڑ | نمونے لینے کی رقم: تقریبا5 جی؛بکنگ کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کیچڑ کا نمونہ جمع کریں۔ |
| آبی جسم | مائکروبیل کی محدود مقدار والے نمونے کے لیے، جیسے نل کا پانی، کنویں کا پانی، وغیرہ، کم از کم 1 L پانی جمع کریں اور جھلی پر مائکروبیل کو افزودہ کرنے کے لیے 0.22 μm فلٹر سے گزریں۔جھلی کو جراثیم سے پاک ٹیوب میں محفوظ کریں۔ |
| جلد | جراثیم سے پاک روئی کے جھاڑو یا سرجیکل بلیڈ سے جلد کی سطح کو احتیاط سے کھرچیں اور اسے جراثیم سے پاک ٹیوب میں رکھیں۔ |
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
نمونوں کو مائع نائٹروجن میں 3-4 گھنٹے کے لیے منجمد کریں اور مائع نائٹروجن یا -80 ڈگری پر طویل مدتی ریزرویشن میں محفوظ کریں۔خشک برف کے ساتھ نمونے کی ترسیل کی ضرورت ہے۔
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
1. پرجاتیوں کی تقسیم
2. حرارت کا نقشہ: پرجاتیوں کی بھرپوریت کا جھرمٹ
3. نایاب دھڑے کا وکر
4.NMDS تجزیہ
5. Lefse تجزیہ
بی ایم کے کیس
قسم 2 ذیابیطس کے ساتھ اور اس کے بغیر موٹے افراد مختلف گٹ مائکروبیل فنکشنل صلاحیت اور ساخت کو ظاہر کرتے ہیں
شائع شدہ:سیل ہوسٹ اور مائکروب، 2019
ترتیب کی حکمت عملی:
دبلی پتلی غیر ذیابیطس (n=633)؛موٹاپا غیر ذیابیطس (n=494)؛موٹاپا قسم 2 ذیابیطس (n=153)؛
ہدف کا علاقہ: 16S rDNA V1-V2
پلیٹ فارم: Illumina Miseq (NGS پر مبنی ایمپلی کون سیکوینسنگ)
ڈی این اے کے نچوڑ کے ذیلی سیٹ کو ایلومینا ہیسیک پر میٹجینومک ترتیب کا نشانہ بنایا گیا تھا۔
کلیدی نتائج
ان میٹابولک بیماریوں کی مائکروبیل پروفائلنگ کو کامیابی کے ساتھ مختلف کیا گیا۔
16S کی ترتیب سے پیدا ہونے والی مائکروبیل خصوصیات کا موازنہ کرتے ہوئے، موٹاپا مائکروبیل ساخت میں تبدیلیوں، انفرادی خصوصیات، خاص طور پر Akkermansia، Faecalibacterium، Oscillibacter، Alistipes وغیرہ میں نمایاں کمی سے منسلک پایا گیا۔ اس کے علاوہ، T2D Escherichia/shigella میں اضافے سے منسلک پایا گیا۔ .
حوالہ
Thingholm, LB, et al."ٹائپ 2 ذیابیطس کے ساتھ اور اس کے بغیر موٹے افراد مختلف گٹ مائکروبیل فنکشنل صلاحیت اور ساخت کو ظاہر کرتے ہیں۔"سیل ہوسٹ اور مائکروب26.2 (2019)۔
