10x جینومکس ویزیم اسپیشل ٹرانسکرپٹوم
خصوصیات
● قرارداد: 100 µM
● جگہ کا قطر: 55 µM
● مقامات کی تعداد: 4992
● کیپچر ایریا: 6.5 x 6.5 ملی میٹر
● ہر بار کوڈ شدہ جگہ 4 حصوں پر مشتمل پرائمر سے بھری ہوئی ہے:
- mRNA پرائمنگ اور cDNA ترکیب کے لیے پولی(dT) دم
- امپلیفیکیشن تعصب کو درست کرنے کے لیے منفرد مالیکیولر آئیڈینٹیفائر (UMI)
- مقامی بارکوڈ
- جزوی طور پر پڑھنے والے 1 ترتیب دینے والے پرائمر کا بائنڈنگ ترتیب
● H&E حصوں کا داغ لگانا
فوائد
●ایک سٹاپ سروس: تمام تجربے اور مہارت پر مبنی اقدامات کو مربوط کرتا ہے، بشمول کرائیو سیکشننگ، سٹیننگ، ٹشو آپٹیمائزیشن، مقامی بارکوڈنگ، لائبریری کی تیاری، ترتیب اور بایو انفارمیٹکس۔
● انتہائی ہنر مند تکنیکی ٹیم: 250 سے زیادہ ٹشو اقسام اور 100+ پرجاتیوں بشمول انسان، ماؤس، ممالیہ، مچھلی اور پودوں کے تجربے کے ساتھ۔
●پورے پروجیکٹ پر ریئل ٹائم اپ ڈیٹ: تجرباتی پیشرفت کے مکمل کنٹرول کے ساتھ۔
●جامع معیاری بایو انفارمیٹکس:پیکیج میں 29 تجزیے اور 100+ اعلیٰ معیار کے اعداد و شمار شامل ہیں۔
●اپنی مرضی کے مطابق ڈیٹا کا تجزیہ اور تصور: مختلف تحقیقی درخواستوں کے لیے دستیاب ہے۔
●سنگل سیل ایم آر این اے کی ترتیب کے ساتھ اختیاری مشترکہ تجزیہ
وضاحتیں
| نمونے کے تقاضے | کتب خانہ | ترتیب کی حکمت عملی | ڈیٹا تجویز کیا گیا۔ | کوالٹی کنٹرول |
| او سی ٹی ایمبیڈڈ کریو کے نمونے، ایف ایف پی ای کے نمونے۔ (زیادہ سے زیادہ قطر: تقریباً 6x6x6 ملی میٹر 3) 3 بلاکس فی نمونہ | 10 ایکس ویزیم سی ڈی این اے لائبریری | Illumina PE150 | 50K PE ریڈز فی اسپاٹ (60 جی بی) | RIN>7 |
نمونے کی تیاری کی رہنمائی اور سروس ورک فلو کے بارے میں مزید تفصیلات کے لیے، براہ کرم بلا جھجھک بات کریں۔BMKGENE ماہر
سروس ورک فلو
نمونے کی تیاری کے مرحلے میں، ایک ابتدائی بلک RNA نکالنے کا ٹرائل کیا جاتا ہے تاکہ یہ یقینی بنایا جا سکے کہ اعلیٰ معیار کا RNA حاصل کیا جا سکتا ہے۔ٹشو کی اصلاح کے مرحلے میں حصوں کو داغدار اور تصور کیا جاتا ہے اور ٹشو سے ایم آر این اے کے اخراج کے لیے پارمیبلائزیشن کی شرائط کو بہتر بنایا جاتا ہے۔آپٹمائزڈ پروٹوکول پھر لائبریری کی تعمیر کے دوران لاگو کیا جاتا ہے، اس کے بعد ترتیب اور ڈیٹا کا تجزیہ کیا جاتا ہے۔
مکمل سروس ورک فلو میں ریئل ٹائم اپ ڈیٹس اور کلائنٹ کی تصدیق شامل ہوتی ہے تاکہ پراجیکٹ کی ہموار عملداری کو یقینی بنایا جا سکے۔
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
ڈیٹا کوالٹی کنٹرول:
o ڈیٹا آؤٹ پٹ اور کوالٹی سکور کی تقسیم
o فی جگہ جین کا پتہ لگانا
o ٹشو کوریج
اندرونی نمونہ تجزیہ:
o جین کی دولت
o اسپاٹ کلسٹرنگ، بشمول کم جہت کا تجزیہ
o کلسٹرز کے درمیان امتیازی اظہار کا تجزیہ: مارکر جینز کی شناخت
o فنکشنل تشریح اور مارکر جینز کی افزودگی
انٹر گروپ تجزیہ
o دونوں نمونوں سے دھبوں کا دوبارہ مجموعہ (مثلاً بیمار اور کنٹرول) اور دوبارہ کلسٹر
o ہر کلسٹر کے لیے مارکر جینز کی شناخت
o فنکشنل تشریح اور مارکر جینز کی افزودگی
o گروپوں کے درمیان ایک ہی جھرمٹ کا امتیازی اظہار
اندرونی نمونہ تجزیہ
اسپاٹ کلسٹرنگ
مارکر جینز کی شناخت اور مقامی تقسیم
انٹر گروپ تجزیہ
دونوں گروپوں اور دوبارہ کلسٹر سے ڈیٹا کا مجموعہ
نئے کلسٹرز کے مارکر جین
10X Visium کے ذریعے BMKGene کی مقامی ٹرانسکرومکس سروس کے ذریعے سہولت فراہم کی گئی پیشرفت کو دریافت کریں ان نمایاں اشاعتوں میں:
چن، ڈی وغیرہ۔(2023) 'mthl1، ممالیہ کے آسنجن GPCRs کا ایک ممکنہ ڈروسوفلا ہومولوگ، مکھیوں میں انجکشن والے آنکوجینک خلیوں کے اینٹی ٹیومر رد عمل میں ملوث ہے'، ریاستہائے متحدہ امریکہ کی نیشنل اکیڈمی آف سائنسز کی کارروائی، 120(30)، صفحہ۔e2303462120۔doi: /10.1073/pnas.2303462120
چن، وائی وغیرہ۔(2023) 'STEEL spatiotemporal transscriptomic data کے اعلی ریزولوشن ڈیلینیشن کو قابل بناتا ہے'، بریفنگ ان بائیو انفارمیٹکس، 24(2)، pp. 1-10۔doi: 10.1093/BIB/BBAD068۔
لیو، سی وغیرہ۔(2022) 'آرکڈ پھولوں کی نشوونما میں آرگنوجنیسیس کا ایک اسپیٹیوٹیمپورل اٹلس'، نیوکلک ایسڈ ریسرچ، 50(17)، پی پی 9724–9737۔doi: 10.1093/NAR/GKAC773۔
وانگ، جے وغیرہ۔(2023) 'انٹیگریٹنگ اسپیشل ٹرانسکرپٹومکس اور سنگل نیوکلئس آر این اے سیکوینسنگ ریویلس دی پوٹینشل تھراپیوٹک اسٹریٹیجیز فار یوٹرن لییومیوما'، انٹرنیشنل جرنل آف بائیولوجیکل سائنسز، 19(8)، پی پی 2515–2530۔doi: 10.7150/IJBS.83510۔
