Ящик теплової карти використовується для малювання теплової карти, яка може фільтрувати, нормалізувати та кластеризувати дані матриці. Здебільшого вона використовується для кластерного аналізу рівня експресії генів між різними зразками.
Додавання біологічних функцій до послідовностей у файлі FASTA шляхом вирівнювання послідовностей до бази даних, включаючи NR, KEGG, COG, SwissProt, TrEMBL, KOG, Pfam.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) — це алгоритм і програма для пошуку регіонів зі схожими біологічними послідовностями.Він порівнює ці послідовності з базами даних послідовностей і обчислює статистичну значущість.BLAST складається з чотирьох типів інструментів на основі типу послідовності: blastn, lastp, blastx і tblastn.