Продукти

Секвенування прокаріотичної РНК

Секвенування прокаріотичної РНК використовує секвенування наступного покоління (NGS), щоб виявити присутність і кількість РНК у певний момент шляхом аналізу клітинного транскриптома, що змінюється.Секвенування прокаріотичної РНК нашої компанії спеціально спрямоване на прокаріоти з еталонними геномами, надаючи вам профіль транскриптомів, аналіз структури генів тощо. Його широко застосовують для фундаментальних наукових досліджень, досліджень і розробки ліків тощо.

Платформа: платформа Illumina NovaSeq

Зв'яжіться з нами

Деталі послуги

Специфікації послуги

Платформа: платформа Illumina NovaSeq, PE150

Тип бібліотеки: 350 bp вставлена бібліотека кДНК (залежить від пікового розподілу)

Стратегія секвенування: Paired-End 150 bp

Рекомендований обсяг даних: 2 Гб необроблених даних/зразок

Біоінформатика

(1) Контроль якості даних секвенування: розподіл нуклеотидів, розподіл якості основи, оцінка співвідношення рРНК;

(2) Аналіз вирівнювання послідовності: статистика результатів вирівнювання, насиченість секвенування, охоплення секвенування;

(3) Анотація еталонного геному (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Аналіз експресії: розподіл експресії (з двома або більше зразками), аналіз експресії між зразками (аналіз Венна, кореляційний аналіз, аналіз PCA);

(5) Диференціальний аналіз експресії (з двома або більше зразками);

(6) Аналіз набору генів: аналіз Венна, кластерний аналіз, аналіз анотації функцій (COG, GO, KEGG), аналіз збагачення функцій (GO, KEGG), хордовий графік збагачення функцій, аналіз Ipath;

(7) аналіз sRNA: передбачення sRNA, анотація sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), передбачення вторинної структури sRNA, передбачення цільового гена sRNA;

(8) Аналіз структури транскриптів: аналіз оперонів, прогнозування сайтів початку та кінця транскрипції, анотація та аналіз UTR, прогнозування послідовності промоторів, аналіз SNP/InDel (анотація SNP/InDel, регіональний розподіл SNP/InDel, статистика SNP).