-
Секвенування одноядерної РНК
Прогрес у захопленні однієї клітини та техніці побудови індивідуальної бібліотеки в поєднанні з високопродуктивним секвенуванням дозволяє досліджувати експресію генів на основі кожної клітини.Він дає змогу проводити більш глибокий і повний системний аналіз складних клітинних популяцій, у якому значною мірою уникає маскування їх гетерогенності, беручи середнє значення всіх клітин.
Однак деякі клітини непридатні для виготовлення одноклітинної суспензії, тому потрібні інші методи підготовки зразків – екстракція ядра з тканин, тобто ядро витягується безпосередньо з тканин або клітини та готується до одноядерної суспензії для одноклітинної суспензії. секвенування клітин.
BMK надає послугу секвенування одноклітинної РНК 10× Genomics ChromiumTM.Ця послуга широко використовується в дослідженнях, пов’язаних із захворюваннями, такими як диференціювання імунних клітин, гетерогенність пухлин, розвиток тканин тощо.
Просторовий транскриптомний чіп: 10× Genomics
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Секвенування повного геному рослин/тварин
Повторне секвенування геному, також відоме як WGS, дозволяє виявити як поширені, так і рідкісні мутації в усьому геномі, включаючи однонуклеотидний поліморфізм (SNP), інсерційну делецію (InDel), структурну варіацію (SV) і варіацію кількості копій (CNV). ).SV складають більшу частину варіаційної бази, ніж SNP, і мають більший вплив на геном, що має значний вплив на живі організми.Повторне секвенування тривалого зчитування дозволяє точніше ідентифікувати великі фрагменти та складні варіації, оскільки довгі зчитування значно полегшують хромосомне перетинання складних ділянок, таких як тандемні повтори, багаті GC/AT регіони та гіперваріабельні регіони.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Просторовий транскриптом BMKMANU S1000
Просторова транскриптоміка стоїть на передньому краї наукових інновацій, надаючи дослідникам можливість досліджувати складні моделі експресії генів у тканинах, зберігаючи їх просторовий контекст.Серед різних платформ BMKGene розробила чіп просторової транскрипції BMKManu S1000, який може похвалитисяпокращена роздільна здатність5 мкМ, досягаючи субклітинного діапазону та активуючиналаштування багаторівневої роздільної здатності.Чіп S1000, що містить приблизно 2 мільйони точок, використовує мікролунки, шаровані кульками, завантаженими зондами захоплення з просторовим штрих-кодом.Бібліотека кДНК, збагачена просторовими штрих-кодами, готується з чіпа S1000 і згодом секвенується на платформі Illumina NovaSeq.Поєднання зразків із просторовим штрих-кодом та UMI забезпечує точність і точність згенерованих даних.Унікальна характеристика чіпа BMKManu S1000 полягає в його універсальності, пропонуючи багаторівневі налаштування роздільної здатності, які можна точно налаштувати для різних тканин і рівнів деталізації.Ця адаптивність позиціонує чіп як видатний вибір для різноманітних досліджень просторової транскриптоміки, забезпечуючи точне просторове кластеризування з мінімальним шумом.
Використовуючи чіп BMKManu S1000 та інші технології просторової транскриптоміки, дослідники можуть отримати краще розуміння просторової організації клітин і складних молекулярних взаємодій, які відбуваються всередині тканин, надаючи безцінне розуміння механізмів, що лежать в основі біологічних процесів у широкому спектрі областей, у тому числі онкологія, нейронаука, біологія розвитку, імунологія та ботанічні дослідження.
Платформа: чіп BMKManu S1000 і Illumina NovaSeq
-
10x просторовий транскриптом Genomics Visium
Просторова транскриптоміка – це передова технологія, яка дозволяє дослідникам досліджувати моделі експресії генів у тканинах, зберігаючи їх просторовий контекст.Однією з потужних платформ у цій сфері є 10x Genomics Visium у поєднанні з секвенуванням Illumina.Принцип роботи 10X Visium полягає в спеціальному чіпі з виділеною зоною захоплення, де розміщуються зрізи тканин.Ця область захоплення містить плями зі штрих-кодом, кожна з яких відповідає унікальному просторовому розташуванню в тканині.Захоплені молекули РНК із тканини потім позначаються унікальними молекулярними ідентифікаторами (UMI) під час процесу зворотної транскрипції.Ці плями зі штрих-кодом і UMI дозволяють точне просторове відображення та кількісну оцінку експресії генів із роздільною здатністю однієї клітини.Поєднання зразків із просторовим штрих-кодом та UMI забезпечує точність і точність згенерованих даних.Використовуючи цю технологію Spatial Transcriptomics, дослідники можуть отримати глибше розуміння просторової організації клітин і складних молекулярних взаємодій, що відбуваються всередині тканин, пропонуючи безцінне розуміння механізмів, що лежать в основі біологічних процесів у багатьох областях, включаючи онкологію, нейронауку, біологію розвитку, імунологію , і ботанічні дослідження.
Платформа: 10X Genomics Visium і Illumina NovaSeq
-
Нанопора для секвенування мРНК повної довжини
Хоча секвенування мРНК на основі NGS служить універсальним інструментом для кількісного визначення експресії генів, його залежність від коротких зчитувань обмежує його ефективність у складних транскриптомних аналізах.Секвенування нанопор, з іншого боку, використовує технологію тривалого зчитування, що дозволяє секвенувати повнорозмірні транскрипти мРНК.Цей підхід сприяє комплексному дослідженню альтернативного сплайсингу, злиття генів, поліаденілування та кількісного визначення ізоформ мРНК.
Секвенування нанопор спирається на електричні сигнали однієї молекули нанопор у реальному часі.Керуючись моторними білками, дволанцюгова ДНК зв’язується з білками нанопор, вбудованими в біоплівку, розмотуючись, коли вона проходить через канал нанопор під впливом різниці напруг.Характерні електричні сигнали, створювані різними основами ланцюга ДНК, виявляються та класифікуються в режимі реального часу, сприяючи точному та безперервному секвенуванню нуклеотидів.Цей інноваційний підхід долає обмеження короткого читання та забезпечує динамічну платформу для складного геномного аналізу, включаючи комплексні транскриптомні дослідження.
Платформа: Nanopore Promethion P48
-
Повнорозмірне секвенування мРНК -PacBio
Хоча секвенування мРНК на основі NGS є універсальним інструментом для кількісної оцінки експресії генів, його залежність від коротких зчитувань обмежує його використання в складних транскриптомних аналізах.Секвенування PacBio (Iso-Seq), з іншого боку, використовує технологію тривалого зчитування, що дозволяє секвенувати повнорозмірні стенограми мРНК.Цей підхід сприяє комплексному дослідженню альтернативного сплайсингу, злиття генів і поліаденілування, хоча він не є основним вибором для кількісного визначення експресії генів через велику кількість необхідних даних.
Технологія секвенування PacBio базується на секвенуванні однієї молекули в режимі реального часу (SMRT), що забезпечує явну перевагу у захопленні повнорозмірних транскриптів мРНК.Цей інноваційний підхід передбачає використання хвилеводів нульового режиму (ZMWs), мікрофабрикованих лунок, які дозволяють спостерігати в режимі реального часу за активністю ДНК-полімерази під час секвенування.У межах цих ZMW ДНК-полімераза PacBio синтезує комплементарний ланцюг ДНК, створюючи довгі зчитування, які охоплюють усі стенограми мРНК.Робота PacBio у режимі циклічного консенсусного секвенування (CCS) підвищує точність шляхом багаторазового секвенування тієї самої молекули.Згенеровані HiFi зчитування мають точність, порівнянну з NGS, що ще більше сприяє комплексному та надійному аналізу складних транскриптомних особливостей.Платформа: PacBio Sequel II
-
Секвенування мРНК еукаріот - Illumina
Секвенування мРНК дає можливість комплексного профілювання всіх транскриптів мРНК у клітинах за певних умов.Ця передова технологія служить потужним інструментом, що розкриває складні профілі експресії генів, генні структури та молекулярні механізми, пов’язані з різноманітними біологічними процесами.Секвенування мРНК, яке широко застосовується у фундаментальних дослідженнях, клінічній діагностиці та розробці ліків, дає змогу зрозуміти тонкощі клітинної динаміки та генетичної регуляції.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Секвенування мРНК без посилання - Illumina
Секвенування мРНК дає можливість комплексного профілювання всіх транскриптів мРНК у клітинах за певних умов.Ця передова технологія служить потужним інструментом, що розкриває складні профілі експресії генів, генні структури та молекулярні механізми, пов’язані з різноманітними біологічними процесами.Секвенування мРНК, яке широко застосовується у фундаментальних дослідженнях, клінічній діагностиці та розробці ліків, дає змогу зрозуміти тонкощі клітинної динаміки та генетичної регуляції.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Довге секвенування без кодування - Illumina
Довгі некодуючі РНК (lncRNA) — це РНК, довжина яких перевищує 200 нуклеотидів, які мають мінімальний кодуючий потенціал і є основними елементами некодуючої РНК.Знайдені в ядрі та цитоплазмі, ці РНК відіграють вирішальну роль в епігенетичній, транскрипційній та посттранскрипційній регуляції, що підкреслює їхнє значення у формуванні клітинних і молекулярних процесів.Секвенування LncRNA є потужним інструментом у диференціації клітин, онтогенезі та хворобах людини.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенування малих РНК-Illumina
Малі молекули РНК (sRNA), як правило, довжиною менше 200 нуклеотидів, включають мікроРНК (miRNA), малі інтерферуючі РНК (siRNA) і piwi-взаємодіючі РНК (piRNA).Серед них мікроРНК довжиною близько 20-24 нуклеотидів заслуговують на особливу увагу завдяки їхнім основним регуляторним ролям у різних клітинних процесах.Завдяки тканиноспецифічним і стадіоспецифічним моделям експресії мікроРНК демонструють високу консервативність у різних видів.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
секвенування circRNA-Illumina
Секвенування кільцевої РНК (circRNA-seq) призначене для профілювання та аналізу кільцевих РНК, класу молекул РНК, які утворюють замкнуті цикли через неканонічні події сплайсингу, забезпечуючи цим РНК підвищену стабільність.У той час як було показано, що деякі circRNA діють як губки мікроРНК, секвеструючи мікроРНК і перешкоджаючи їм регулювати свої цільові мРНК, інші circRNA можуть взаємодіяти з білками, модулювати експресію генів або грати роль у клітинних процесах.Аналіз експресії circRNA дає уявлення про регуляторні ролі цих молекул та їхнє значення в різних клітинних процесах, стадіях розвитку та захворюваннях, сприяючи глибшому розумінню складності регуляції РНК у контексті експресії генів.
-
Повне секвенування транскриптомів – Illumina
Секвенування цілого транскриптома пропонує комплексний підхід до профілювання різноманітних молекул РНК, що включає як кодуючі (мРНК), так і некодуючі РНК (lncRNA, circRNA та miRNA).Ця техніка фіксує повний транскриптом конкретних клітин у певний момент, що дозволяє отримати цілісне розуміння клітинних процесів.Також відомий як «загальне секвенування РНК», він має на меті розкрити складні регуляторні мережі на рівні транскриптомів, уможливлюючи поглиблений аналіз, такий як конкуруюча ендогенна РНК (ceRNA) і спільний аналіз РНК.Це знаменує собою перший крок до функціональної характеристики, зокрема в розкритті регуляторних мереж, що включають взаємодії circRNA-miRNA-mRNA на основі ceRNA.
