-
Метагеномне секвенування -NGS
Метагеном відноситься до колекції загального генетичного матеріалу змішаної спільноти організмів, наприклад, метагеном середовища, метагеном людини тощо. Він містить геноми як культивованих, так і некультивованих мікроорганізмів.Метагеномне секвенування — це молекулярний інструмент, який використовується для аналізу змішаних геномних матеріалів, вилучених із зразків навколишнього середовища, який надає детальну інформацію про видову різноманітність і чисельність, структуру популяції, філогенетичні зв’язки, функціональні гени та кореляційну мережу з факторами навколишнього середовища.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномне секвенування-нанопора
Метагеноміка — це молекулярний інструмент, який використовується для аналізу змішаних геномних матеріалів, витягнутих із зразків навколишнього середовища, який надає детальну інформацію про різноманіття та чисельність видів, структуру популяції, філогенетичні зв’язки, функціональні гени та мережу кореляції з факторами навколишнього середовища тощо. Платформи секвенування нанопор нещодавно представили до метагеномних досліджень.Його видатна продуктивність щодо тривалості зчитування значною мірою покращила подальший метагеномний аналіз, особливо складання метагенома.Використовуючи переваги довжини зчитування, метагеномне дослідження на основі нанопор здатне досягти більш безперервної збірки в порівнянні з метагеномікою дробовика.Було опубліковано, що метагеноміка на основі нанопор успішно створила повні та закриті бактеріальні геноми з мікробіомів (Moss, EL, et. al.,Nature Biotech, 2020)
Платформа:Нанопор PromethION P48
-
16S/18S/ITS Амплікон секвенування-PacBio
Субодиниця на 16S і 18S рРНК, що містить як висококонсервативні, так і гіперваріабельні ділянки, є ідеальним молекулярним відбитком для ідентифікації прокаріотичних і еукаріотичних організмів.Використовуючи переваги секвенування, ці амплікони можна націлити на основі збережених частин, а гіперваріабельні області можна повністю охарактеризувати для мікробної ідентифікації, сприяючи дослідженням, що охоплюють аналіз мікробного різноманіття, таксономію, філогенію тощо. Одна молекула в реальному часі (SMRT) ) Секвенування платформи PacBio дозволяє отримати високоточні довгі зчитування, які можуть охоплювати амплікони повної довжини (приблизно 1,5 Кб).Розширений погляд на генетичне поле значно підвищив роздільну здатність анотації видів у спільноті бактерій або грибів.
Платформа:PacBio Продовження II
-
16S/18S/ITS ампліконне секвенування-NGS
Секвенування ампліконів 16S/18S/ITS спрямоване на виявлення філогенії, таксономії та кількості видів у мікробному співтоваристві шляхом дослідження продуктів ПЛР домашніх генетичних маркерів, які містять як висококонверсійні, так і гіперваріабельні частини.Представлення Woeses та ін. (1977) цих ідеальних молекулярних відбитків дає змогу безізоляційного профілювання мікробіома.Секвенування 16S (бактерії), 18S (гриби) і внутрішнього транскрибованого спейсера (ITS, гриби) дозволяє ідентифікувати як численні види, так і рідкісні та неідентифіковані види.Ця технологія стала широко застосовуваним і основним інструментом для ідентифікації диференціального мікробного складу в різних середовищах, таких як людський рот, кишечник, фекалії тощо.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Повторне секвенування повного генома бактерій і грибків
Повторне секвенування геномів бактерій і грибів є критично важливим інструментом для завершення геномів відомих бактерій і грибів, а також для порівняння кількох геномів або картографування геномів нових організмів.Дуже важливо секвенувати цілі геноми бактерій і грибів, щоб створити точні еталонні геноми, провести мікробну ідентифікацію та інші порівняльні дослідження геному.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Секвенування метатранскриптому
Секвенування метатранскриптомів визначає експресію генів мікробів (як еукаріотів, так і прокаріотів) у природному середовищі (тобто ґрунт, вода, море, фекалії та кишечник). Зокрема, ці послуги дозволяють отримати профіль експресії генів у складних мікробних спільнотах, таксономічний аналіз видів, аналіз функціонального збагачення генів, що експресуються по-різному, тощо.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Грибковий геном
Технології Biomarker Technologies забезпечують огляд геному, тонкий геном і повний геном грибка залежно від конкретної мети дослідження.Секвенування геному, збірка та функціональна анотація можуть бути досягнуті шляхом поєднання секвенування наступного покоління + секвенування третього покоління для досягнення високорівневого складання геному.Технологія Hi-C також може бути використана для полегшення складання геному на рівні хромосоми.
Платформа:Продовження PacBio II
Нанопор PromethION P48
Платформа Illumina NovaSeq
-
Повний геном бактерій
Biomarker Technologies надає послуги секвенування для конструювання повного геному бактерій з нульовим розривом.Основний робочий процес побудови повного генома бактерій включає секвенування третього покоління, збірку, функціональну анотацію та розширений біоінформаційний аналіз для виконання конкретних цілей дослідження.Більш повне профілювання геному бактерій дає змогу виявити фундаментальні механізми, що лежать в основі їхніх біологічних процесів, що також може стати цінною довідкою для геномних досліджень вищих еукаріотичних видів
Платформа:Nanopore PromethION P48 + платформа Illumina NovaSeq
Продовження PacBio II
