-
PacBio-Повнорозмірне секвенування ампліконів 16S/18S/ITS
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) розроблена на основі багаторічного досвіду в аналізі проектів мікробного різноманіття, який містить стандартизований базовий аналіз і персоналізований аналіз: базовий аналіз охоплює основний вміст аналізу поточних мікробних досліджень, вміст аналізу багатий і вичерпний, а результати аналізу представлені у вигляді проектних звітів;Зміст персоналізованого аналізу різноманітний.Зразки можна відбирати, а параметри можна гнучко встановлювати відповідно до звіту про базовий аналіз і мети дослідження, щоб реалізувати персоналізовані вимоги.Операційна система Windows, проста і швидка.
-
PacBio-повнорозмірний транскриптом (без посилання)
Використовуючи дані секвенування ізоформ Pacific Biosciences (PacBio) як вхідні дані, цей додаток може ідентифікувати повнорозмірні послідовності транскриптів (без збирання).Шляхом відображення повнорозмірних послідовностей із еталонним геномом можна оптимізувати транскрипти за допомогою відомих генів, транскриптів, кодуючих ділянок тощо. У цьому випадку можна досягти точнішої ідентифікації структур мРНК, наприклад альтернативного сплайсингу тощо.Спільний аналіз із даними секвенування транскриптомів NGS забезпечує більш повну анотацію та точнішу кількісну оцінку експресії на рівні транскрипту, що значною мірою сприяє диференціальній експресії та функціональному аналізу.
-
Набори інструментів
BMKCloud є провідною біоінформаційною платформою, що надає універсальне рішення для геномних програм, якій широко довіряють дослідники в різних областях, включаючи медицину, сільське господарство, охорону навколишнього середовища тощо. BMKCloud прагне надавати інтегровані, надійні та ефективні послуги, включаючи платформи й інструменти біоінформаційного аналізу. , обчислювальні ресурси, загальнодоступні бази даних, онлайн-курси з біоінформатики тощо. BMKCloud має різні часто використовувані біоінформаційні інструменти, зокрема анотацію генів, еволюційні генетичні інструменти, ncRNA, контроль якості даних, збірку, вирівнювання, вилучення даних, мутації, статистику, генератор фігур, послідовність аналіз тощо
-
мала РНК
Малі РНК є типом коротких некодуючих РНК із середньою довжиною 18-30 нт, включаючи мікроРНК, siРНК і піРНК.Повідомляється, що ці малі РНК беруть участь у різноманітних біологічних процесах, таких як деградація мРНК, інгібування трансляції, утворення гетерохроматину тощо. Аналіз секвенування малих РНК широко застосовується в дослідженнях розвитку тварин/рослин, хвороб, вірусів тощо. Малі РНК Платформа секвенування аналізу складається зі стандартного аналізу та розширеного аналізу даних.На основі даних RNA-seq стандартний аналіз може досягти ідентифікації та прогнозування мікроРНК, прогнозування цільового гена мікроРНК, анотації та аналізу експресії.Розширений аналіз дозволяє налаштовувати пошук і виділення мікроРНК, генерувати діаграми Венна, будувати мережу мікроРНК і цільових генів.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS — це платформа аналізу повторного секвенування цілого геному, яка розроблена на основі багатого досвіду в технологіях біомаркерів.Ця проста у використанні платформа дозволяє швидко надіслати інтегрований робочий процес аналізу, просто встановивши кілька основних параметрів, які підходять для даних секвенування ДНК, отриманих як на платформі Illumina, так і на платформі секвенування BGI.Ця платформа розгортається на високопродуктивному обчислювальному сервері, що забезпечує високоефективний аналіз даних за дуже обмежений час.Персоналізований інтелектуальний аналіз даних доступний на основі стандартного аналізу, включаючи запит мутованого гена, дизайн праймера ПЛР тощо.
-
мРНК (еталон)
Транскриптом - це зв'язок між геномною генетичною інформацією та протеомом біологічної функції.Регуляція рівня транскрипції є найважливішим і найбільш широко вивченим способом регуляції організмів.Секвенування транскриптома може секвенувати транскриптом у будь-який момент часу чи за будь-яких умов із роздільною здатністю до одного нуклеотиду. Воно може динамічно відображати рівень транскрипції генів, одночасно ідентифікувати та кількісно оцінювати рідкісні та нормальні транскрипти та надавати інформацію про структуру зразки конкретних транскриптів.
В даний час технологія секвенування транскриптомів широко використовується в агрономії, медицині та інших галузях досліджень, включаючи регуляцію розвитку тварин і рослин, адаптацію до середовища, імунну взаємодію, локалізацію генів, генетичну еволюцію видів і виявлення пухлин і генетичних захворювань.
-
Метагеноміка (NGS)
Ця аналітична платформа розроблена для аналізу метагеномних даних дробовика на основі багаторічного досвіду.Він складається з інтегрованого робочого процесу, який містить різноманітні зазвичай необхідні метагеномні аналізи, включаючи обробку даних, дослідження на рівні видів, дослідження на рівні функцій генів, групування метагеномів тощо. Крім того, налаштовані інструменти інтелектуального аналізу даних доступні в стандартному робочому процесі аналізу, включаючи запити генів і видів , налаштування параметрів, створення персоналізованої фігури тощо.
-
LncRNA
Довгі некодуючі РНК (lncRNA) — це тип транскриптів довжиною понад 200 нт, які не здатні кодувати білки.Накопичені дані свідчать про те, що більшість lncRNAs, швидше за все, є функціональними.Технології високопродуктивного секвенування та інструменти біоінформаційного аналізу дають нам змогу більш ефективно виявляти послідовності lncRNA та інформацію про позиціонування та ведуть нас до відкриття lncRNA з ключовими регуляторними функціями.BMKCloud з гордістю надає нашим клієнтам платформу аналізу секвенування lncRNA для досягнення швидкого, надійного та гнучкого аналізу lncRNA.
-
GWAS
Загальногеномне дослідження асоціацій (GWAS) спрямоване на виявлення генетичних варіантів (генотипу), які асоціюються з певними ознаками (фенотипом).Дослідження GWA досліджують генетичні маркери, що перетинають весь геном великої кількості особин, і передбачають асоціації генотип-фенотип шляхом статистичного аналізу на рівні популяції.Ресеквенування повного генома потенційно може виявити всі генетичні варіанти.У поєднанні з фенотипічними даними GWAS можна обробити для ідентифікації пов’язаних з фенотипом SNP, QTL і генів-кандидатів, що суттєво підтримує сучасне розведення тварин/рослин.SLAF — це власно розроблена спрощена стратегія секвенування генома, яка виявляє маркери, розподілені по всьому геному, SNP.Ці SNP, як молекулярно-генетичні маркери, можуть бути оброблені для досліджень асоціації з цільовими ознаками.Це економічно ефективна стратегія виявлення складних ознак, пов’язаних із генетичними варіаціями.
-
Повнорозмірна транскриптоміка нанопор
Складні та варіабельні альтернативні ізоформи в організмах є важливими генетичними механізмами для регуляції експресії генів і різноманітності білка.Точна ідентифікація структур транскриптів є основою для поглибленого вивчення закономірностей регуляції експресії генів.Платформа секвенування нанопор успішно вивела транскриптомні дослідження на рівень ізоформ.Ця аналітична платформа розроблена для аналізу даних RNA-Seq, згенерованих на платформі Nanopore на основі еталонного геному, що забезпечує якісний і кількісний аналіз як на рівні генів, так і на рівні транскриптів.
-
circ-РНК
Кільцева РНК (circRNA) — це тип некодуючої РНК, яка нещодавно виявилася, що відіграє життєво важливу роль у регуляторних мережах, залучених до розвитку, стійкості навколишнього середовища тощо. На відміну від лінійних молекул РНК, наприклад мРНК, lncRNA, 3' та 5' кінці circRNA з'єднані разом, щоб утворити кільцеву структуру, яка захищає їх від перетравлення екзонуклеазою і є більш стабільними, ніж більшість лінійних РНК.Було виявлено, що CircRNA виконує різноманітні функції в регулюванні експресії генів.CircRNA може працювати як ceRNA, яка конкурентно зв'язує мікроРНК, відома як губка мікроРНК.Платформа аналізу секвенування CircRNA дає змогу аналізувати структуру та експресію circRNA, прогнозувати ціль і проводити спільний аналіз з іншими типами молекул РНК
-
BSA
Платформа Bulked Segregant Analysis складається з однокрокового стандартного аналізу та розширеного аналізу з індивідуальним налаштуванням параметрів.BSA — це техніка, яка використовується для швидкої ідентифікації генетичних маркерів, пов’язаних з фенотипом.Основний робочий процес BSA містить: 1. вибір двох груп індивідуумів із надзвичайно протилежними фенотипами;2. об'єднання ДНК, РНК або SLAF-seq (розроблено Biomarker) усіх індивідуумів для формування двох мас ДНК;3. Ідентифікація диференціальних послідовностей проти еталонного генома або між ними, 4. Прогнозування потенційних зв’язаних ділянок за допомогою алгоритму ED та SNP-index;5. Функціональний аналіз і збагачення генів у регіонах-кандидатах тощо. Також доступні більш просунуті аналізи даних, включаючи скринінг генетичних маркерів і дизайн праймерів.
