Продукти

Нееталонне секвенування мРНК-Illumina

Секвенування мРНК на основі нереференсних даних – Рекомендоване зображення Illumina

Секвенування мРНК використовує техніку секвенування наступного покоління (NGS) для захоплення інформаційної РНК (мРНК) з еукаріот у певний період, коли активуються деякі особливі функції.Найдовший злитий транскрипт був названий «Unigene» і використовувався як еталонна послідовність для подальшого аналізу, що є ефективним засобом для вивчення молекулярного механізму та регуляторної мережі виду без посилання.

Після збирання даних транскриптому та функціональної анотації unigene

(1) Буде виконано аналіз SSR, прогноз CDS і структуру гена.

(2) Буде виконано кількісне визначення експресії унігенів у кожному зразку.

(3) Диференційно експресовані унігени між зразками (або групами) будуть виявлені на основі експресії унігенів

(4) Буде виконано кластеризацію, функціональну анотацію та аналіз збагачення диференціально виражених унігенів

Зв'яжіться з нами

Деталі послуги

Біоінформатика

Демонстраційні результати

Вивчення проблеми

особливості

● Незалежно від будь-якого еталонного геному,

● Дані можуть бути використані для аналізу структури та експресії транскриптів

● Визначте змінні місця відсікання

Переваги сервісу

● Доставка результатів на основі BMKCloud: результати надаються у вигляді файлу даних та інтерактивного звіту через платформу BMKCloud, що дозволяє зручно читати результати комплексного аналізу та налаштовувати інтелектуальний аналіз даних на основі стандартного аналізу біоінформатики.

● Післяпродажне обслуговування: післяпродажне обслуговування дійсне протягом 3 місяців після завершення проекту, включаючи супровід проекту, усунення несправностей, запитання та відповіді на результати тощо.

Вимоги до зразків і доставка

Вимоги до зразків:

Нуклеотиди:

Конц. (нг/мкл)

Кількість (мкг)

Чистота

Цілісність

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

На гелі виявлено обмежене забруднення білком або ДНК або його відсутність.

Для рослин: RIN≥6,5;

Для тварин: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

обмежене підвищення або відсутність базової лінії

Тканина: Вага (суха): ≥1 г
*Для тканини менше 5 мг ми рекомендуємо надсилати швидкозаморожений (у рідкому азоті) зразок тканини.

Суспензія клітин: кількість клітин = 3×10⁷
*Ми рекомендуємо відправляти заморожений лізат клітин.У випадку, якщо число клітинок менше 5×10⁵, рекомендується швидко заморозити в рідкому азоті.

Зразки крові:
PA×geneBloodRNATube;
6 мл трізолу та 2 мл крові (тризол: кров = 3: 1)

Потік роботи служби

Дизайн експерименту

Доставка зразків

екстракція РНК

Будівництво бібліотеки

Секвенування

Аналіз даних

Післяпродажне обслуговування

Попередній: Довге секвенування без кодування - Illumina

далі: Секвенування мРНК еукаріот - Illumina

Біоінформатика

1. Принцип складання мРНК (denovo).

До Трійці читання фрагментуються на менші частини, відомі як K-mer.Ці K-мери потім використовуються як початкові значення для розширення в контиги, а потім компоненти на основі перекривань контигів.Нарешті, De Bruijn було застосовано тут для розпізнавання транскриптів у компонентах.

мРНК-(De-novo)-Overview-of-Trinity

мРНК (De novo) Огляд Trinity

2. мРНК (De novo) Розподіл рівня експресії генів

RNA-Seq здатний досягти високочутливої оцінки експресії генів.Зазвичай виявлений діапазон експресії транскриптів FPKM коливається від 10^-2 до 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-each-sample

мРНК (De novo) Розподіл щільності FPKM у кожному зразку

3. Аналіз збагачення DEG мРНК (De novo) GO

База даних GO (Gene Ontology) — це структурована система біологічних анотацій, що містить стандартний словник функцій генів і генних продуктів.Він містить кілька рівнів, де що нижчий рівень, то більш специфічні функції.

мРНК-(De-novo)-GO-класифікація-DEG-на-другому рівні

мРНК (De novo) GO класифікація DEG на другому рівні

Корпус БМК

Транскриптомний аналіз метаболізму сахарози під час набухання та розвитку цибулини цибулі (Allium cepa L.)

Опубліковано: кордони рослинництва2016 рік

Стратегія секвенування

Illumina HiSeq2500

Колекція зразків

У цьому дослідженні використовувався сорт Utah Yellow Sweet Spain «Y1351».Кількість зібраних зразків становила
15-й день після набухання (DAS) цибулини (діаметр 2 см і маса 3–4 г), 30-й DAS (діаметр 5 см і маса 100–110 г) і ~3 на 40-й DAS (діаметр 7 см і 260-300 грам).

Ключові результати

1. На діаграмі Венна загалом було виявлено 146 DEG на всіх трьох парах стадій розвитку
2. «Транспорт і метаболізм вуглеводів» був представлений лише 585 унігенами (тобто 7% анотованого COG).
3. Unigenes, успішно анотовані до бази даних GO, були класифіковані на три основні категорії для трьох різних стадій розвитку цибулини.Найбільше в основній категорії «біологічних процесів» були «метаболічні процеси», за якими йшов «клітинний процес».У основній категорії «молекулярна функція» найбільше представлені дві категорії: «зв’язування» та «каталітична активність».

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Гістограма кластерів кластерів ортологічних груп (COG).

Гістограма класифікації генної онтології (GO) для унігенів, отриманих з цибулин, на трьох стадіях розвитку

Діаграма Венна, що демонструє диференціальну експресію генів на будь-яких двох стадіях розвитку цибулини

довідка

Zhang C, Zhang H, Zhan Z та ін.Транскриптомний аналіз метаболізму сахарози під час набухання та розвитку цибулини цибулі (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425