BMKCloud Log in
条形банер-03

Новини

ЗБІРКА ГЕНОМА T2T, ГЕНОМ БЕЗ ПРОБИЛ

1stДва геноми рису1

Назва: Збірка та перевірка двох еталонних геномів без прогалин для рису Сіань/індика розкриває розуміння архітектури центромери рослин

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Час розміщення: 1 січня 2021 р.

Інститут: Сільськогосподарський університет Хуажонг, Китай

Матеріали

O. sativa xian/Indicaсорти рису «Женьшань 97 (ZS97)» і «Мінхуей 63 (MH63)»

Стратегія секвенування

NGS читає + HiFi читає + CLR читає + BioNano + Hi-C

дані:

ZS97: 8,34 Гб(~23x)HiFi зчитування + 48,39 Гб (~131x ) CLR зчитування + 25 Гб (~69x) NGS + 2 ячейки BioNano Irys

MH63: 37,88 Гб (~103x) зчитування HiFi + 48,97 Гб (~132x) зчитування CLR + 28 Гб (~76x) NGS + 2 осередки BioNano Irys

Фігура 1

Малюнок 1. Два геноми рису без прогалин (MH63 і ZS97)

2ndГеном банана2

Назва: Безрозривні хромосоми банана від теломера до теломера за допомогою секвенування нанопор

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Час розміщення: 17 квітня 2021 р.

Інститут: Університет Париж-Сакле, Франція

Матеріали

Подвійний гаплоїдMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Паханг)

Стратегія секвенування та дані:

Режим HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Оптична карта (DLE-1+BspQ1)

Таблиця 1 Порівняння геномних збірок Musa acuminata (DH-Pahang).

Таблиця 1-Порівняння-зборів-генома-GRCh38-і-T2T-CHM13-людини
Фігура-Муса-геноми-архітектура-порівняння

Рисунок 2 Порівняння архітектури геномів Musa

3rdГеном Phaeodactylum tricornutum3

Назва: Збірка геному від теломер до теломерP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Час розміщення: 4 травня 2021 р

Інститут: Західний університет, Канада

Матеріали

Phaeodactylum tricornutum(Колекція культур водоростей і найпростіших CCAP 1055/1)

Стратегія секвенування та дані:

1 проточна кювета Oxford Nanopore minION + прогон NextSeq 550 2×75 із парним кінцем із середнім виходом

Рисунок-Робочий-процес-складання-генома-теломери-теломери-1-1024x740

Малюнок 3 Робочий процес збирання геному від теломер до теломер

4thГеном CHM13 людини4

Назва: Повна послідовність геному людини

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Час розміщення: 27 травня 2021 р

Інститут: Національний інститут здоров'я (NIH), США

Матеріали: клітини лінії CHM13

Стратегія секвенування та дані:

30 × PacBio circular consensus sequencing (HiFi), 120 × Oxford Nanopore ultra-long read sequencing, 100 × Illumina PCR-Free секвенування (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), оптичні карти BioNano, і Strand-seq

Таблиця 2 Порівняння збірок генома людини GRCh38 і T2T-CHM13

Table-Comparison-of-Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assemblies

довідка

1.Сергій Нурк та ін.Повна послідовність геному людини.bioRxiv 2021.05.26.445798;зробити:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2. Керолайн Белсер та ін.Безрозривні хромосоми банана від теломер до теломер за допомогою секвенування нанопор.bioRxiv 2021.04.16.440017;зробити:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere та ін.Збірка геному від теломер до теломер Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;зробити:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song та ін.Збірка та перевірка двох еталонних геномів без розривів для рису Сіань/індика розкриває розуміння архітектури центромери рослин.bioRxiv 2020.12.24.424073;зробити:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Час публікації: 06 січня 2022 р

Надішліть нам своє повідомлення: