Новини

Ампліфікація транспонованих елементів (TE) була визнана рушійною силою, що опосередковує розширення розміру геному та еволюцію, але наслідки для формування 3D-геномної архітектури залишаються в основному невідомими для рослин.Тут ми повідомляємо про комплекти геномів еталонного класу для трьох видів бавовни, які мають трикратний розмір геному, а самеGossypium rotundifolium(K2),Г. дендропарк(A2) іG. raimondii(D5), використовуючи Oxford Nanopore Technologies.Порівняльний аналіз геному документує деталі специфічної для лінії ампліфікації TE, що сприяє великій різниці розміру генома (K2, 2,44 Гб; A2, 1,62 Гб; D5, 750,19 Мб), і вказує на відносно збережений вміст генів і синтенічні зв’язки між геномами.Ми виявили, що приблизно 17% синтетичних генів демонструють зміну статусу хроматину між активним («A») і неактивним («B») компартментами, а ампліфікація TE була пов’язана зі збільшенням частки компартменту A в генних областях (~ 7000 генів ) у K2 і A2 відносно D5.Лише 42% меж топологічно асоційованого домену (TAD) були збережені серед трьох геномів.Наші дані вказують на нещодавню ампліфікацію TE після формування меж TAD, специфічних для лінії.Це дослідження проливає світло на роль опосередкованого транспозоном розширення геному в еволюції структури хроматину вищого порядку в рослинах.