ГЕНОМ
Складання хромосомного масштабу та аналіз геному біомаси культур Miscanthus lutarioriparius
Секвенування нанопор |Illumina |Привіт-C |РНК-секвенування |Філогенез
У цьому дослідженні компанія Biomarker Technologies надала технічну підтримку щодо секвенування нанопор, складання геному de novo, складання за допомогою Hi-C тощо.
Анотація
Міскантус, кореневищна багаторічна рослина, має великий потенціал для виробництва біоенергії завдяки своїй високій біомасі та стресостійкості.Ми повідомляємо про збірку в хромосомному масштабіМіскантус лутаріорипарнийгенома шляхом поєднання Oxford Nanopore секвенування та технологій Hi-C.Збірка 2,07 Гб охоплює 96,64% геному з контигом N50 1,71 Мб.Послідовності центромер і теломер збираються для всіх 19 хромосом і хромосоми 10 відповідно.Алотетраплоїдне походження M. lutarioriparius підтверджено за допомогою центромерних сателітних повторів.Чітко продемонстровано тетраплоїдну структуру геному та кілька хромосомних перебудов відносно сорго.Тандем дубльованих генівМ. lutarioripariusфункціонально збагачені не лише з точки зору відповіді на стрес, але й біосинтезу клітинної стінки.Сімейства генів, пов’язані зі стійкістю до хвороб, біосинтезом клітинної стінки та транспортом іонів металу, значно розширилися та еволюціонували.Розширення цих родин може бути важливою геномною основою для посилення чудових ознакМ. lutarioriparius.
Основна статистика складання геному
малюнок.Огляд збірки геному M. lutarioriparius
Новини та основні моменти спрямований на обмін останніми успішними випадками з Biomarker Technologies, фіксацію нових наукових досягнень, а також видатних методів, застосованих під час дослідження.
Час публікації: 05 січня 2022 р