Високопродуктивне генотипування, особливо у великомасштабній популяції, є фундаментальним кроком у дослідженнях генетичних асоціацій, що забезпечує генетичну основу для виявлення функціональних генів, еволюційного аналізу тощо. Замість глибокого повторного секвенування цілого геному, секвенування геному зі зменшеним представленням (RRGS ) введено, щоб мінімізувати вартість секвенування зразка, зберігаючи прийнятну ефективність виявлення генетичних маркерів.Зазвичай це досягається шляхом вилучення фрагмента обмеження в заданому діапазоні розмірів, який називається бібліотекою скороченого представлення (RRL).Секвенування ампліфікованих фрагментів специфічного локусу (SLAF-Seq) — це власно розроблена стратегія для відкриття SNP de novo та генотипування SNP великих популяцій.
Технічний робочий процес
SLAF проти існуючих методів RRL
Переваги SLAF
Вища ефективність виявлення генетичних маркерів– У поєднанні з високопродуктивною технологією секвенування SLAF-Seq може досягти сотень тисяч тегів, виявлених у всьому геномі, щоб виконати вимоги різноманітних дослідницьких проектів, як з нашим еталонним геномом, так і без нього.
Індивідуальний та гнучкий експериментальний дизайн– Для різних дослідницьких цілей або видів доступні різні ферментативні стратегії перетравлення, включаючи одноферментне, подвійне та багатоферментне перетравлення.Стратегія травлення буде попередньо оцінена in silico, щоб забезпечити оптимальний дизайн ферменту.
Висока ефективність ферментативного травлення– Попередньо розроблене ферментативне розщеплення забезпечує більш рівномірний розподіл SLAF на хромосомі.Ефективність збирання фрагментів може досягати понад 95%.
Уникайте повторюваної послідовності– Відсоток повторюваної послідовності в даних SLAF-Seq зменшується до менше 5%, особливо у видів з високим рівнем повторюваних елементів, таких як пшениця, кукурудза тощо.
Власно розроблений біоінформаційний робочий процес– BMK розробив інтегрований біоінформаційний робочий процес, застосовний до технології SLAF-Seq, щоб забезпечити надійність і точність кінцевого результату.
Застосування SLAF
Карта генетичного зчеплення
Побудова генетичної карти високої щільності та ідентифікація локусів, що контролюють ознаки типу квітки у хризантеми (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Журнал: Horticulture Research Опубліковано: 7.2020
GWAS
Ідентифікація гена-кандидата, пов’язаного з вмістом ізофавону в насінні сої, за допомогою загальногеномної асоціації та картування зв’язків
Журнал: The Plant Journal Опубліковано: 08.2020
Еволюційна генетика
Популяційний геномний аналіз і збірка de novo розкривають походження бур'янистого рису як еволюційної гри
Журнал: Molecular Plant Опубліковано: 2019.5
Груповий сегрегований аналіз (BSA)
GmST1, який кодує сульфотрансферазу, надає стійкість до штамів вірусу мозаїки сої G2 і G3
Журнал: Plant, Cell&Environment Опубліковано: 04.2021
довідка
Sun X, Liu D, Zhang X та ін.SLAF-Seq: ефективний метод широкомасштабного відкриття SNP і генотипування за допомогою високопродуктивного секвенування [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Сонг Х, Сюй І, Гао К та ін.Побудова генетичної карти високої щільності та ідентифікація локусів, що контролюють ознаки типу квітки у хризантеми (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7: 108.
Wu D, Li D, Zhao X та ін.Ідентифікація гена-кандидата, пов’язаного з вмістом ізофлавонів у насінні сої, за допомогою загальногеномної асоціації та картування зв’язків.Завод Дж. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L та ін.Популяційний геномний аналіз і зборка De Novo розкривають походження Weedy Rice як еволюційної гри.Завод Мол.2019; 12 (5): 632-647.Завод Мол.2018 рік;11(11):1360-1376.
Чжао X, Jing Y, Luo Z та ін.GmST1, який кодує сульфотрансферазу, надає стійкість до штамів вірусу мозаїки сої G2 і G3.Навколишнє середовище рослинної клітини.2021;10.1111/pc.14066
Час публікації: 04 січня 2022 р