Збірка геному на основі Hi-C
Переваги сервісу
Огляд Hi-C
(Lieberman-Aiden E та ін.,Наука, 2009)
● Відсутність потреби у створенні генетичної популяції для закріплення контигів;
● Вища щільність маркерів призводить до вищого коефіцієнта закріплення контигів понад 90%;
● Дозволяє оцінювати та виправляти існуючі збірки геному;
● Коротший час роботи з вищою точністю збирання геному;
● Багатий досвід роботи з понад 1000 бібліотек Hi-C, створених для понад 500 видів;
● Понад 100 успішних кейсів із сукупним опублікованим імпакт-фактором понад 760;
● Збірка генома на основі Hi-C для поліплоїдного геному, 100% закріплення було досягнуто в попередньому проекті;
● Внутрішні патенти та авторські права на програмне забезпечення для експериментів і аналізу даних Hi-C;
● Власнорозроблене програмне забезпечення для візуалізації даних, що дозволяє ручне переміщення блоку, реверсування, скасування та повторне виконання.
Специфікації послуги
|
Тип бібліотеки
|
Платформа | Прочитати довжину | Рекомендувати стратегію |
| Привіт-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Біоінформаційні аналізи
● Контроль якості необроблених даних
● Контроль якості бібліотеки Hi-C
● Складання генома на основі Hi-C
● Оцінка після складання
Вимоги до зразків і доставка
Вимоги до зразків:
| Тварина | Грибок | Рослини
|
| Заморожена тканина: 1-2 г на бібліотеку Комірки: 1x 10^7 комірок на бібліотеку | Заморожена тканина: 1 г на бібліотеку | Заморожена тканина: 1-2 г на бібліотеку
|
| * Ми наполегливо рекомендуємо надіслати принаймні 2 аліквоти (1 г кожна) для експерименту Hi-C. | ||
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка на 2 мл (фольга не рекомендована)
Для більшості зразків ми рекомендуємо не зберігати в етанолі.
Маркування зразків: зразки повинні бути чітко марковані та ідентичні поданій інформаційній формі зразка.
Відвантаження: сухий лід: зразки спочатку потрібно запакувати в мішки та закопати в сухий лід.
Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
екстракція ДНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
*Наведені тут демонстраційні результати взято з геномів, опублікованих за допомогою Biomarker Technologies
1. Теплова карта взаємодії Hi-CКамптотека загостренагеном.Як показано на карті, інтенсивність взаємодії негативно корелює з лінійною відстанню, що вказує на високоточне складання на рівні хромосоми.(Коефіцієнт закріплення: 96,03%)
Kang M та ін.,Комунікації природи, 2021 рік
2.Hi-C полегшив перевірку інверсій міжGossypium hirsutumЛ. ТМ-1 А06 аГ. дендропаркChr06
Yang Z та ін.,Nature Communications, 2019
3. Збірка та двоалельна диференціація геному SC205 маніоки.Теплова карта Hi-C демонструє чітке розщеплення гомологічних хромосом.
Hu W та ін.,Молекулярна рослина, 2021 рік
4. Теплова карта Hi-C на збірці геному двох видів фікусів:F.microcarpa(коефіцієнт закріплення: 99,3%) іF.hispida (коефіцієнт закріплення: 99,7%)
Чжан Х та ін.,Стільниковий, 2020 рік
Корпус БМК
Геноми баньянового дерева та оси-запилювача дають уявлення про коеволюцію фігової оси
Опубліковано: Стільниковий, 2020 рік
Стратегія послідовності:
F. microcarpa геном: прибл.84 X PacBio RSII (36,87 Гб) + Hi-C (44 Гб)
F. hispidaгеном: прибл.97 X PacBio RSII (36,12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Eupristina verticillataгеном: прибл.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Ключові результати
1. Два геноми баньянового дерева та один геном оси-запилювача були створені за допомогою секвенування PacBio, Hi-C та карти зчеплення.
(1)F. microcarpaгеном: збірка розміром 426 Мб (97,7% від оціненого розміру геному) була встановлена з контигом N50 908 Кб, оцінка BUSCO 95,6%.Загалом 423 Mb послідовності були прикріплені до 13 хромосом за допомогою Hi-C.Анотація генома дала 29 416 генів, що кодують білки.
(2)Ф. Гіспідагеном: збірка розміром 360 Мб (97,3% від оціненого розміру геному) мала вихід із контигом N50 492 Кб і оцінкою BUSCO 97,4%.Загалом 359 Mb послідовностей були закріплені на 14 хромосомах за допомогою Hi-C і дуже ідентичні карті зчеплення високої щільності.
(3)Eupristina verticillataгеном: збірка розміром 387 Мб (розрахунковий розмір геному: 382 Мб) була встановлена з контигом N50 3,1 Мб і оцінкою BUSCO 97,7%.
2. Порівняльний геномний аналіз виявив велику кількість структурних варіацій між двомафікусгеномів, які надали неоціненний генетичний ресурс для адаптивних досліджень еволюції.Це дослідження вперше дозволило зрозуміти коеволюцію інжиру та оси на геномному рівні.
 Діаграма Circos щодо геномних особливостей двохфікусгеноми, включаючи хромосоми, сегментарні дуплікації (SD), транспозони (LTR, TE, ДНК TE), експресія генів і синтенія |  Ідентифікація Y-хромосоми та гена-кандидата на визначення статі |
Чжан, X., та ін.«Геноми баньянового дерева та оси-запилювача дають змогу зрозуміти коеволюцію фігової оси».Стільниковий 183.4(2020).
