-
Секвенування геному De novo для рослин/тварин
De novoсеквенування відноситься до конструювання всього геному виду з використанням технологій секвенування, наприклад, PacBio, Nanopore, NGS тощо, за відсутності еталонного геному.Надзвичайне покращення довжини зчитування технологій секвенування третього покоління принесло нові можливості для збирання складних геномів, таких як геноми з високою гетерозиготністю, високим співвідношенням повторюваних областей, поліплоїдів тощо. З довжиною зчитування на рівні десятків кілобаз ці зчитування секвенування дозволяють розділення повторюваних елементів, областей з аномальним вмістом ГХ та інших дуже складних областей.
Платформа: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Збірка геному на основі Hi-C
Hi-C – це метод, розроблений для отримання конфігурації хромосом шляхом поєднання взаємодій на основі зондування та високопродуктивного секвенування.Вважається, що інтенсивність цих взаємодій негативно корелює з фізичною відстанню на хромосомах.Таким чином, дані Hi-C можуть керувати кластеризацією, упорядкуванням та орієнтуванням зібраних послідовностей у проектному геномі та закріпленням їх на певній кількості хромосом.Ця технологія надає можливість збирання генома на рівні хромосом за відсутності генетичної карти на основі популяції.Кожен геном потребує Hi-C.
Платформа: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Еволюційна генетика
Еволюційна генетика — це пакетний сервіс секвенування, призначений для забезпечення всебічної інтерпретації еволюційної інформації певних матеріалів на основі генетичних варіацій, включаючи SNP, InDels, SV та CNV.Він надає весь фундаментальний аналіз, необхідний для опису еволюційних змін і генетичних особливостей популяцій, таких як структура популяції, генетичне різноманіття, філогенетичні відносини тощо. Він також містить дослідження потоку генів, що дає змогу оцінити ефективний розмір популяції, час розбіжності.
-
Порівняльна геноміка
Порівняльна геноміка буквально означає порівняння повних послідовностей і структур геному різних видів.Ця дисципліна спрямована на виявлення еволюції видів, функції генів, механізмів регуляції генів на рівні геному шляхом ідентифікації структур послідовності та елементів, які збереглися або диференціюються між різними видами.Типове порівняльне геномне дослідження включає аналіз сімейства генів, еволюційного розвитку, дублювання всього геному, селективного тиску тощо.
-
Згрупований сегрегантний аналіз
Масовий сегрегантний аналіз (BSA) – це метод, який використовується для швидкого визначення генетичних маркерів, пов’язаних з фенотипом.Основний робочий процес BSA містить вибір двох груп осіб із надзвичайно протилежними фенотипами, об’єднання ДНК усіх індивідуумів для формування двох частин ДНК, визначення диференціальних послідовностей між двома пулами.Цей метод широко використовується для ідентифікації генетичних маркерів, тісно пов’язаних цільовими генами в геномах рослин/тварин.
