Геномний асоціативний аналіз
1. Переваги послуги
● Велика кількість проектів: з моменту заснування в 2009 році BMKGENE виконала сотні проектів щодо видів у популяційних дослідженнях GWAS, допомогла дослідникам опублікувати понад 100 статей, а сукупний імпакт-фактор досяг 500.
● Професійні аналітики.
● Короткий цикл аналізу.
● Точний аналіз даних.
2. Специфікації послуги
| Тип | Масштаб населення | Стратегія секвенування та глибина |
| СЛАФ-ГВАС | Номер зразка ≥200 | Розмір геному < 400M, з ref-геномом, WGS рекомендується |
| Розмір геному ≤ 1G, 100K тегів і 10X | ||
| 1G ≤ розмір геному ≤ 2G, 200K тегів і 10X | ||
| Розмір геному > 2G, 300K тегів і 10X | ||
| WGS-GWAS | Номер зразка ≥200 | 10X для кожного зразка |
3. Вибір матеріалу
Різні сорти, підвиди, місцеві сорти/генобанки/змішані родини/дикі ресурси
Різні сорти, підвиди, старовинні сорти
Родина з напівбратом/сім’я з повним братом/дикі ресурси
4. Біоінформаційний аналіз
● Загальногеномний асоціативний аналіз
● Аналіз та скринінг значного SNP
● Функціональна анотація гена-кандидата
5. Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
a.Фенотип QC
Гістограма розподілу частот
Статистика фенотипу
b.Аналіз асоціацій (модель: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
Сюжет QQ
Манхеттенський сюжет
| рік | журнал | IF | Назва |
| 2022 рік | NC | 17,69 | Геномна основа гіга-хромосом і гіга-генома півонії деревовидної Paeonia ostii |
| 2015 рік | NP | 7.43 | Сліди одомашнення закріплюють геномні регіони агрономічного значення в сої |
| 2018 рік | MP | 9.32 | Ресеквенування повного генома всесвітньої колекції зразків ріпаку розкриває генетичну основу їх екотипової дивергенції |
| 2022 рік | HR | 7.29 | Загальногеномний асоціативний аналіз дає молекулярне уявлення про природні варіації розміру насіння кавуна |
