Ознайомтеся з потенціалом вивчення різноманітних диких дослідницьких видів, прикладом якого є ключовий випадок від клієнтів BMKGENE.Нещодавно опублікована в цьогорічному випуску журналу Plant Biotechnology Journal стаття під назвою «Геном дикої гевеї бразильської на рівні хромосом: розширення можливостей розведення за допомогою генома та розкриття життєво важливих локусів для підвищення виходу каучуку» є цінною довідкою.
Бразильське каучукове дерево (Hevea brasiliensis) є ключовим джерелом природного каучуку.Протягом останнього століття традиційні методології розведення спровокували дивовижне шестикратне зростання виробництва каучуку.Тим не менш, основна генетична основа, відповідальна за потенційне підвищення врожайності каучуку, залишається загадковою.
У цьому дослідженні було розпочато створення геному на рівні хромосом для дикого каучукового дерева, використовуючи синергію секвенування тривалого зчитування Nanopore, секвенування Illumina NGS і технології Hi-C.
Паралельно було зібрано набір із 147 ресурсів зародкової плазми, що включає високопродуктивні варіації, дикі штами та споріднені види, для комплексного повторного секвенування повного геному (WGS) за допомогою платформи Illumina.Дані подальшого секвенування пройшли ретельний популяційно-генетичний аналіз, що дозволило виділити структуру популяції, різноманітність і нерівновагу зв’язків.Цей аналіз пролив світло на варіації одомашнення в популяціях.
Подальші дослідження включали аналіз, що охоплював Fst, π, D Tajima та LD, з метою виявлення сигналів відбору, що виникають внаслідок покращеного виходу латексу, особливо зосереджуючись на клонах Вікхема.
Кульмінацією в загальногеномному асоціативному аналізі (GWAS) були точно визначені маркери, пов’язані з ознаками врожайності, а згодом і гени, пов’язані з урожайністю.Початкова валідація показала відмінну транскрипційну активність у різних мутантів для двох генів ERF, надаючи попереднє уявлення про їх функціональне значення.Подальше підтвердження планується в рамках майбутніх досліджень.
BMKGENE пишається тим, що вносить свій внесок у масштабне ресеквенування цілого генома цієї значної популяції, а також відіграє значну роль у аналізі біоінформатики.Наш величезний досвід охоплює секвенування NGS/TGS і аналіз мультиоміки біоінформатики для масиву з 1000+ видів.Ми з нетерпінням чекаємо на перспективу співпраці з вами у ваших майбутніх проектах.
Натисніть тут, щобдізнатися більше про це дослідження
Час публікації: 29 серпня 2023 р