Секвенування ДНК/РНК -PacBio Sequencer
особливості
Два режими секвенування на секвенсорі PacBio: безперервне довге зчитування (CLR) і кругове консенсусне зчитування (CCS)
| Режим секвенування | Розмір бібліотеки | Теоретичні даніВихід (на клітинку) | ОднобазоваТочність | Додатки |
| CLR | 20 Кб, 30 Кб тощо. | Від 80 Гб до 130 Гб | прибл.85% | De novo, виклик SV тощо. |
| CCS | 15-20 Кб | Від 14 до 40 Гб/стільник (Sequel II) Від 70 до 110 Гбіт/комірку (Revio) Залежить від зразків | прибл.99% | De novo, виклик SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Порівняння продуктивності та особливостей Revio та Sequel II
| Терміни | Система Sequel II | Система Revio | Збільшити |
| Більш висока щільність | 8 мільйонів ZMW | 25 мільйонів ZMW | 3x |
| Незалежні етапи | 1 | 4 | 4x |
| Коротший час роботи | 30 годин | 24 години | 1,25x |
| 30-кратне збільшення людських геномів HiFi на рік | 88 | 1300 | 15x загалом |
Переваги сервісу
● Понад 8 років досвіду роботи на платформі секвенування PacBio із тисячами закритих проектів із різними видами.
● Повністю оснащений найновішими платформами PacBio Sequencing, Revio, щоб гарантувати достатню пропускну здатність секвенування.
● Швидший час виконання, вищий обсяг даних і точніші дані.
● Взяв участь у сотнях вражаючих публікацій на основі PacBio.
Зразок вимог
| Тип зразка | Сума | Концентрація （Qubit®） | Обсяг | Чистота | інші |
| Геномна ДНК | Залежить від вимог до даних | ≥50 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Чіткий пік при 260 нм，відсутність забруднень | Концентрацію потрібно вимірювати кубітом і кубітом/нанопорою = 0,8-2,5 |
| Загальна РНК | ≥1,2 мкг | ≥120 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;відсутність забруднень | Значення RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Робочий процес служби
Пробопідготовка
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Здача проекту
1. Власні дані
Дані, отримані з 63 клітин CCS (з 26 видів)
| ДАНІ-PacBio-CCS-15 Кб | Середній | Макс | Хв | Медіана |
| Дохід - підзчитування (Гб) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS (Gb) | 25.93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Полімераза N50 | 145,651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| Підчитання N50 | 17 509 | 23,924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9,876 | 14 747 |
| Середня довжина-Полімераза | 67 995 | 89,379 | 49 664 | 66,433 |
| Середня довжина-Subreads | 15 866 | 21 036 | 11,657 | 16 012 |
| Середня довжина-CCS | 14 489 | 19 074 | 8,575 | 14 655 |
Дані, отримані з 16 клітин CLR (з 76 видів)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Середній | Макс | Хв | Медіана |
| Дохід - підзчитування (Гб) | 142.20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Полімераза N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Підчитання N50 | 28 490 | 41,012 | 14 430 | 29,063 |
| Середня довжина-Полімераза | 22,063 | 48 886 | 8,747 | 21 555 |
| Середня довжина-Subreads | 17 720 | 27,225 | 8,293 | 17 779 |
2. Контроль якості даних – ДемоСтатистика виходу даних
| Зразок | ccs Читає номер | Всього ccs бази (bp) | ccs Читає N50 (bp) | ccs Середня довжина (bp) | ccs Найдовше читання (bp) | subreads Bases (bp) | ccs швидкість (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
