секвенування circRNA-Illumina
особливості
● Деплеція рРНК з подальшою спрямованою підготовкою бібліотеки, що дозволяє секвенувати дані, що є специфічними для ланцюга.
● Біоінформаційний робочий процес дозволяє прогнозувати circRNA та кількісне визначення експресії
Переваги сервісу
●Більш повні бібліотеки РНК:ми використовуємо деплецію рРНК замість лінійної деплеції РНК у нашій попередній підготовці до бібліотеки, гарантуючи, що дані секвенування включають не лише circRNA, а й мРНК та lncRNA, що дозволяє проводити спільний аналіз цих наборів даних
●Додатковий аналіз мереж конкурентної ендогенної РНК (ceRNA).: глибше розуміння механізмів клітинної регуляції
●Великий досвід: завдяки досвіду обробки понад 20 000 зразків у BMK, що охоплюють різні типи зразків і проекти lncRNA, наша команда вносить багатий досвід у кожен проект.
●Суворий контроль якості: ми впроваджуємо основні контрольні точки на всіх етапах, від підготовки зразків і бібліотеки до секвенування та біоінформатики.Такий ретельний моніторинг забезпечує стабільно високу якість результатів.
● Післяпродажна підтримка: Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування.Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
Вимоги до зразків і доставка
| Бібліотека | Платформа | Рекомендовані дані | Контроль якості даних |
| Полі А збагачений | Illumina PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Вимоги до зразків:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 На гелі виявлено обмежене забруднення білком або ДНК або його відсутність. | Для рослин: RIN≥6,5; Для тварин: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене підвищення або відсутність базової лінії |
● Рослини:
Корінь, стебло або пелюстка: 450 мг
Лист або насіння: 300 мг
Фрукти: 1,2 г
● Тварина:
Серце або кишечник: 450 мг
Внутрішні органи або мозок: 240 мг
М'язи: 600 мг
Кістки, волосся або шкіра: 1,5 г
● Членистоногі:
Комахи: 9г
Ракоподібні: 450 мг
● Цільна кров:2 трубки
● Клітини: 106 клітини
● Сироватка і плазма: 6 мл
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка на 2 мл (фольга не рекомендована)
Зразок маркування: Група + копія, наприклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Відвантаження:
1. Сухий лід: Зразки потрібно упакувати в мішки та закопати в сухий лід.
2. Пробірки для стабілізації РНК: зразки РНК можна висушити в пробірці для стабілізації РНК (наприклад, RNAstable®) і відправити при кімнатній температурі.
Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Біоінформатика
передбачення circRNA: хромосомний розподіл
Диференціально експресовані circRNAs – графік вулкана
Диференціально експресовані circRNAs – ієрархічна кластеризація
Функціональне збагачення генів хазяїна circRNA
Ознайомтеся з науково-дослідницькими досягненнями завдяки службам секвенування circRNA BMKGene за допомогою підібраної колекції публікацій.
Wang, X. та ін.(2021) «CPSF4 регулює утворення circRNA і опосередковане мікроРНК глушіння генів у гепатоцелюлярній карциномі», Oncogene 2021 40:25, 40(25), стор. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Ся К. та ін.(2023) «X oo-чутливий транскриптом розкриває роль кільцевої РНК133 у стійкості до хвороб шляхом регулювання експресії OsARAB у рисі», Phytopathology Research, 5(1), стор. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. та ін.(2023) «CPSF3 модулює баланс кільцевих і лінійних транскриптів у гепатоцелюлярній карциномі».doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. та ін.(2023) «Комплексна оцінка circRNA при циротичній кардіоміопатії до та після трансплантації печінки», Міжнародна імунофармакологія, 114, с.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
