-
PacBio-повноформатний транскриптом (без довідки)
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) розроблена з багаторічним досвідом аналізу проектів мікробного різноманіття, який містить стандартизований базовий аналіз та персоналізований аналіз: базовий аналіз охоплює основний вміст аналізу поточних мікробних досліджень, вміст аналізу є багатим і вичерпним, а результати аналізу представлені у вигляді звітів проекту;Зміст персоналізованого аналізу різноманітний.Можна вибирати зразки та гнучко встановлювати параметри відповідно до основного звіту про аналіз та цілей дослідження, щоб реалізувати персоналізовані вимоги.Операційна система Windows, проста і швидка.
-
PacBio-повноформатний транскриптом (без довідки)
Беручи дані секвенування ізоформ Pacific Biosciences (PacBio) як вхідні дані, ця програма може ідентифікувати повнорозмірні послідовності транскриптів (без збірки).Відображаючи повнорозмірні послідовності з референтним геномом, транскрипти можна оптимізувати за допомогою відомих генів, транскриптів, кодуючих областей тощо. У цьому випадку можна досягти більш точної ідентифікації структур мРНК, наприклад альтернативного сплайсингу тощо.Спільний аналіз із даними секвенування транскриптомів NGS дає змогу отримати більш повну анотацію та точнішу кількісну оцінку експресії на рівні транскрипту, що значною мірою сприяє диференційній експресії та функціональному аналізу нижче по ходу.
-
Набори інструментів
BMKCloud є провідною біоінформаційною платформою, що забезпечує комплексне рішення для геномних програм, якому довіряють дослідники в різних сферах, включаючи медицину, сільське господарство, екологію тощо. BMKCloud прагне надавати інтегровані, надійні та ефективні послуги, включаючи платформи та інструменти біоінформаційного аналізу. , обчислювальні ресурси, публічна база даних, біоінформаційні онлайн-курси тощо. BMKCloud має різноманітні часто використовувані біоінформаційні інструменти, включаючи анотацію генів, еволюційно-генетичні інструменти, ncRNA, контроль якості даних, збірку, вирівнювання, вилучення даних, мутації, статистику, генератор фігур, послідовність аналіз тощо.
-
мала РНК
Малі РНК є типом коротких некодуючих РНК із середньою довжиною 18-30 нт, включаючи мікроРНК, siRNA та piRNA.Повідомляється, що ці малі РНК беруть участь у різних біологічних процесах, таких як деградація мРНК, інгібування трансляції, утворення гетерохроматину тощо. Аналіз секвенування малих РНК широко застосовувався у дослідженнях розвитку тварин/рослин, хвороб, вірусів тощо. Платформа аналізу послідовності складається зі стандартного аналізу та розширеного аналізу даних.На основі даних RNA-seq стандартний аналіз може досягти ідентифікації та прогнозування мікроРНК, прогнозування цільового гена мікроРНК, аналізу анотації та експресії.Розширений аналіз дозволяє налаштувати пошук і вилучення мікроРНК, генерацію діаграми Венна, побудову мікроРНК і цільової генної мережі.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS — це платформа для аналізу повторного секвенування всього геному, яка розроблена на основі багатого досвіду в технологіях Biomarker Technologies.Ця проста у використанні платформа дозволяє швидко подати інтегрований робочий процес аналізу, просто встановивши кілька основних параметрів, які підходять для даних секвенування ДНК, отриманих як із платформи Illumina, так і з платформи секвенування BGI.Ця платформа розгорнута на високопродуктивному обчислювальному сервері, що дає можливість високоефективного аналізу даних за дуже обмежений час.Персоналізований аналіз даних доступний на основі стандартного аналізу, включаючи запит мутованих генів, дизайн праймера для ПЛР тощо.
-
мРНК (довідка)
Транскриптом є сполучною ланкою між геномною генетичною інформацією та протеомом біологічної функції.Регуляція рівня транскрипції є найважливішим і найбільш вивченим способом регуляції організмів.Секвенування транскриптомів може секвенувати транскриптом у будь-який момент часу або за будь-яких умов з роздільною здатністю, точною до одного нуклеотиду. Воно може динамічно відображати рівень транскрипції гена, одночасно ідентифікувати та кількісно визначити рідкісні та нормальні транскрипти та надати структурну інформацію зразок конкретних транскриптів.
В даний час технологія секвенування транскриптомів широко використовується в агрономії, медицині та інших областях досліджень, включаючи регулювання розвитку тварин і рослин, адаптацію до навколишнього середовища, імунну взаємодію, локалізацію генів, генетичну еволюцію видів і виявлення пухлин і генетичних захворювань.
-
Метагеноміка (NGS)
Ця платформа аналізу розроблена для аналізу метагеномних даних дробовика на основі багаторічного досвіду.Він складається з інтегрованого робочого процесу, що містить різноманітні зазвичай необхідні метагеномічні аналізи, включаючи обробку даних, дослідження на рівні видів, дослідження на рівні функції генів, збирання метагеномів тощо. Крім того, налаштовані інструменти аналізу даних доступні під час стандартного робочого процесу аналізу, включаючи запити генів і видів. , налаштування параметрів, генерування персоналізованої фігури тощо.
-
LncRNA
Довгі некодуючі РНК (lncRNA) є типом транскриптів довжиною більше 200 нт, які не здатні кодувати білки.Накопичені дані свідчать про те, що більшість lncRNA, швидше за все, функціональні.Високопродуктивні технології секвенування та інструменти біоінформаційного аналізу дають нам змогу більш ефективно розкривати послідовності lncRNA та інформацію про позиціонування, а також дають змогу виявляти lncRNA з важливими регуляторними функціями.BMKCloud з гордістю надає нашим клієнтам платформу для аналізу секвенування lncRNA для швидкого, надійного та гнучкого аналізу lncRNA.
-
GWAS
Дослідження загальногеномних асоціацій (GWAS) спрямоване на виявлення генетичних варіантів (генотипу), які пов’язані зі специфічними ознаками (фенотипом).Дослідження GWA досліджують генетичні маркери, що перетинають весь геном великої кількості індивідуумів, і прогнозують асоціації генотип-фенотип за допомогою статистичного аналізу на рівні популяції.Повторне секвенування всього геному потенційно може виявити всі генетичні варіанти.У поєднанні з фенотиповими даними, GWAS можна обробити для ідентифікації пов’язаних з фенотипом SNP, QTL і генів-кандидатів, що значною мірою підтримує сучасну селекцію тварин/рослин.SLAF — це власноруч розроблена спрощена стратегія секвенування геному, яка виявляє поширені маркери, SNP.Ці SNP, як молекулярно-генетичні маркери, можуть бути оброблені для дослідження асоціації з цільовими ознаками.Це економічно ефективна стратегія у визначенні складних ознак, пов’язаних з генетичними варіаціями.
-
Нанопор Повнорозмірна транскриптоміка
Складні та варіативні альтернативні ізоформи в організмах є важливими генетичними механізмами для регулювання експресії генів і різноманітності білків.Точна ідентифікація структур транскрипту є основою для поглибленого вивчення закономірностей регуляції експресії генів.Платформа секвенування Nanopore успішно вивела транскриптомні дослідження на рівень ізоформ.Ця платформа аналізу призначена для аналізу даних RNA-Seq, згенерованих на платформі Nanopore на основі еталонного геному, що забезпечує якісний та кількісний аналіз як на рівні генів, так і на рівні транскриптів.
