16S/18S/ITS ампліконне секвенування-NGS
Переваги сервісу
● Швидка ідентифікація мікробного складу без ізоляції в зразках навколишнього середовища
● Висока роздільна здатність компонентів із низьким вмістом у зразках навколишнього середовища
● Найновіший потік аналізу QIIME2 із різними аналізами з точки зору бази даних, анотацій, OTU/ASV.
● Висока пропускна здатність, вища точність
● Застосовується для різноманітних досліджень мікробної спільноти
● BMK володіє великим досвідом із понад 100 000 проб на рік，охоплюючи ґрунт, воду, газ, мул, фекалії, кишечник, шкіру, ферментаційний бульйон, комах, рослини тощо.
● BMKCloud сприяє інтерпретації даних, що містить 45 персоналізованих інструментів аналізу
Специфікації послуги
| СеквенуванняПлатформа | Бібліотека | Рекомендований вихід даних | Орієнтовний час виконання |
| Платформа Illumina NovaSeq | PE250 | Теги 50K/100K/300K | 30 днів |
Біоінформаційні аналізи
● Контроль якості необроблених даних
● Кластеризація OTU/De-Noise (ASV)
● Анотація OTU
● Альфа-різноманіття
● Бета-різноманітність
● Міжгруповий аналіз
● Аналіз асоціацій проти експериментальних факторів
● Передбачення функції гена
Вимоги до зразків і доставка
Вимоги до зразків:
дляекстракти ДНК:
| Тип зразка | Сума | Концентрація | Чистота |
| екстракти ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Для екологічних зразків:
| Тип зразка | Рекомендована процедура відбору проб |
| грунт | Кількість проби: прибл.5 г;Залишки засохлого речовини необхідно видалити з поверхні;Великі шматки подрібнити і пропустити через фільтр 2 мм;Аліквоти зразків у стерильній ЕР-пробірці або циропробірці для резервування. |
| Фекалії | Кількість проби: прибл.5 г;Зберіть та аліквотуйте зразки в стерильну EP-пробірку або кріопробірку для резервування. |
| Кишковий вміст | Зразки необхідно обробляти в асептичних умовах.Промийте зібрану тканину PBS;Центрифугуйте PBS і зберіть осад в EP-пробірки. |
| Шлам | Кількість проби: прибл.5 г;Зберіть і аліквотуйте зразок мулу в стерильну EP-пробірку або кріопробірку для резервування |
| Водний об'єкт | Для зразка з обмеженою кількістю мікроорганізмів, наприклад водопровідної води, колодязної води тощо, наберіть принаймні 1 л води та пропустіть її через фільтр 0,22 мкм, щоб збагатити мікроорганізми на мембрані.Зберігайте мембрану в стерильній пробірці. |
| Шкіра | Обережно поскрібайте поверхню шкіри стерильним ватним тампоном або хірургічним лезом і помістіть його в стерильну пробірку. |
Рекомендована доставка зразків
Заморожуйте зразки в рідкому азоті протягом 3-4 годин і зберігайте в рідкому азоті або -80 градусів для тривалого зберігання.Потрібна доставка зразків із сухим льодом.
Потік роботи служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
1.Поширення виду
2. Теплова карта: кластеризація багатства видів
3. Крива рідкої фракції
4. Аналіз NMDS
5. Лефсе аналіз
Корпус БМК
Люди з ожирінням із діабетом 2 типу та без нього демонструють різну функціональну здатність та склад кишкових мікробів
Опубліковано:Cell Host & Microbe, 2019
Стратегія послідовності:
Худий нецукровий діабет (n=633);Ожиріння без діабету (n=494);Ожиріння – діабет 2 типу (n=153);
Цільова область: 16S рДНК V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (секвенування ампліконів на основі NGS)
Підгрупу екстрактів ДНК піддавали метагеномному секвенуванню на Illumina Hiseq
Ключові результати
Мікробні профілі цих метаболічних захворювань були успішно диференційовані.
Шляхом порівняння мікробних особливостей, отриманих за допомогою секвенування 16S, було виявлено, що ожиріння пов’язане зі змінами мікробного складу, індивідуальних особливостей, особливо зі значним зниженням Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes тощо. Крім того, виявлено, що T2D пов’язаний зі збільшенням Escherichia/shigella. .
довідка
Thingholm, LB, et al.«Особи з ожирінням із діабетом 2 типу та без нього демонструють різну функціональну здатність і склад кишкових мікробів».Клітинний господар і мікроб26.2 (2019).
