ئۆسۈملۈك / ھايۋانات دې نوۋو گېن گۇرۇپپىسىنىڭ تەرتىپى
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
تەرتىپلەش سۇپىسى ۋە بىيو ئۇچۇر تېخنىكىسىنى تەرەققىي قىلدۇرۇشde novogenome assembly
(Amarasinghe SL et al.,گېن بىئولوگىيىسى, 2020)
Øرومان گېنلىرىنى قۇرۇش ۋە قىزىقىدىغان تۈرلەرگە مۇناسىۋەتلىك پايدىلىنىش گېنلىرىنى ياخشىلاش.
Øقۇراشتۇرۇشتىكى تېخىمۇ يۇقىرى ئېنىقلىق ، ئىزچىللىق ۋە مۇكەممەللىك
Øتەرتىپلىك پولىمورفىزم ، QTLs ، گېن تەھرىرلەش ، كۆپەيتىش قاتارلىقلاردا تەتقىقات ئۈچۈن ئاساسىي بايلىق بەرپا قىلىش.
Øئۈچىنچى ئەۋلاد تەرتىپلەش سۇپىلىرىنىڭ تولۇق سپېكترى بىلەن تەمىنلەنگەن: بىر بېكەتلىك گېن توپلاش ھەل قىلىش چارىسى
Øئەۋرىشىم تەرتىپلەش ۋە قۇراشتۇرۇش ئىستراتېگىيىسى ئوخشىمىغان ئىقتىداردىكى ئوخشىمىغان گېنلارنى ئەمەلگە ئاشۇرىدۇ
Øپولىلوئىد ، گىگانت گېن قاتارلىقلارنى ئۆز ئىچىگە ئالغان مۇرەككەپ گېن گۇرۇپپىسىدا مول تەجرىبىسى بار يۇقىرى ماھارەتلىك بىئولوگىيىلىك ئۇچۇر گۇرۇپپىسى.
Ø100 دىن ئارتۇق مۇۋەپپەقىيەت قازانغان توپلانغان تەسىر ئامىلى 900 دىن ئاشىدۇ
Øخىروموسوم سەۋىيىسىدىكى گېن توپلاش ئۈچۈن 3 ئايدەك تېز ئايلىنىش.
Øتەجرىبە تەرەپتە ۋە بىيو ئۇچۇر تېخنىكىسىدا بىر يۈرۈش پاتېنت ۋە يۇمشاق دېتال نەشر ھوقۇقى بىلەن قاتتىق تېخنىكىلىق قوللاش.
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| تەرتىپلەش ھالىتى | كۈتۈپخانا | تەۋسىيە قىلىنغان چوڭقۇرلۇق | مۆلچەرلەنگەن بۇرۇلۇش ۋاقتى | مەجلىس |
| PacBio HiFi | 15 30 30 kb | ئاددىي گېن ≥ 30 X. مۇرەككەپ گېن ≥ 60 X. | قۇراشتۇرۇش ۋە گېننى ئىزاھلاش ئۈچۈن 3 -6 ئاي (تۈرلەرگە ئاساسەن) | Contig N50 ≥ 2 Mb (تۈرلەرگە ئاساسەن) |
| PacBio CLR | 20 kb, 30 kb | ئاددىي گېن ≥ 100 X. مۇرەككەپ گېن ≥ 150 X. | ||
| Nanopore | 20-50 kb |
Bioinformatics analyses
üگېننى ئەسلىگە كەلتۈرۈش
üBase Calling
üسۈپەت كونترول قىلىش ۋە خاتالىقنى تۈزىتىش
üDe novo مەجلىسى
üمەجلىسنى مۇكەممەللەشتۈرۈش
üگېن پەرەز
üگېننىڭ ئىزاھاتى
üDownstream analyses
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
| تۈرلىرى | توقۇلما | PacBio ئۈچۈن | Nanopore ئۈچۈن |
| Animals | ئىچكى ئەزالار (جىگەر ، تال قاتارلىقلار) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| مۇسكۇل | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| سۈت ئەمگۈچىلەرنىڭ قېنى | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| بېلىق ياكى قۇشلارنىڭ قېنى | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| ئۆسۈملۈكلەر | يېڭى يوپۇرماق | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| يوپۇرماق ياكى غول | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| يىلتىز ياكى ئۇرۇق | ≥ 7.0 g | .0 20.0 g | |
| ھۈجەيرىلەر | ھۈجەيرە مەدەنىيىتى | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
كونتېينېر: 2 مىللىمېتىر مەركەزدىن قاچۇرۇش نەيچىسى (قەلەي ياپقۇچ تەۋسىيە قىلىنمايدۇ)
كۆپىنچە ئەۋرىشكەلەرگە ئېتانولدا ساقلىماسلىقنى تەۋسىيە قىلىمىز.
ئەۋرىشكە بەلگىسى: ئەۋرىشكە ئېنىق بەلگە ۋە يوللانغان ئەۋرىشكە ئۇچۇر جەدۋىلىگە ئوخشاش بولۇشى كېرەك.
توشۇش: قۇرۇق مۇز: ئەۋرىشكەلەرنى ئالدى بىلەن سومكىلارغا قاچىلاش ۋە قۇرۇق مۇزغا كۆتۈرۈش كېرەك.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
تەجرىبە لايىھىسى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
DNA ئېلىش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
* بۇ يەردە كۆرسىتىلگەن Demo نەتىجىلىرىنىڭ ھەممىسى Biomarker Technologies بىلەن نەشىر قىلىنغان گېنلاردىن كەلگەن
1. خىروموسوم سەۋىيىسىدىكى گېن گۇرۇپپىسىنىڭ قۇراشتۇرۇلۇشىG. rotundifoliumNanopore تەرتىپلەش سۇپىسى تەرىپىدىن
Wang M et al.,مولېكۇلا بىئولوگىيىسى ۋە تەدرىجىي تەرەققىيات, 2021
2. ۋېينىڭ بۇغداي گېنى قۇراشتۇرۇش ۋە ئىزاھلاشنىڭ سىتاتىستىكىسى
Li G et al.,تەبىئەت گېنلىرى, 2021
3. گېنىنىڭ ئالدىن پەرەز قىلىنىشىSechium eduleگېن ، ئۈچ خىل ئالدىن پەرەز قىلىش ئۇسۇلىدىن كەلگەن:De novoئالدىن پەرەز قىلىش ، گومولوگىيەنى ئاساس قىلغان ئالدىن پەرەز ۋە RNA-Seq سانلىق مەلۇماتنى ئاساس قىلىش
Fu A et al.,باغۋەنچىلىك تەتقىقاتى, 2021
4. ئۈچ پاختا گېن گۇرۇپپىسىدا مۇكەممەل ئۇزۇن تېرمىنالنىڭ تەكرارلىنىشىنى ئېنىقلاش
Wang M et al.,مولېكۇلا بىئولوگىيىسى ۋە تەدرىجىي تەرەققىيات, 2021
5.Hi-C ئىسسىقلىق خەرىتىسىC. acuminataگېن گېننىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىنى كۆرسىتىدۇ.Hi-C ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ قويۇقلۇقى باغلىنىشلىق سىزىقلىق ئارىلىققا ماس كېلىدۇ.بۇ ئىسسىقلىق خەرىتىسىدىكى پاكىز تۈز سىزىق خروموسومدىكى يۈك ساندۇقىنىڭ ناھايىتى توغرا لەڭگەرلىكىنى كۆرسىتىدۇ.(قىستۇرما لەڭگەر نىسبىتى:% 96.03)
kang M et al.,تەبىئەت ئالاقىسى ،2021
BMK دېلوسى
ئەلا سۈپەتلىك گېن توپلاش بۇغداينىڭ گېن ئالاھىدىلىكى ۋە دېھقانچىلىقنىڭ مۇھىم گېنىنى گەۋدىلەندۈرىدۇ
ئېلان قىلىنغان: تەبىئەت گېنلىرى, 2021
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
گېن قۇرۇلمىسى: PacBio CLR ھالىتى 20 kb كۇتۇپخانا (497 Gb ، تەخمىنەن 63 ×)
تەرتىپنى تۈزىتىش: Illumina سۇپىسىدىكى 270 bp لىق DNA كۇتۇپخانىسى (430 Gb ، تەخمىنەن 54 ×) بولغان NGS.
لەڭگەرنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ: Illumina سۇپىسىدىكى Hi-C كۈتۈپخانىسى (560 Gb ، تەخمىنەن 71 ×)
ئوپتىكىلىق خەرىتە: (779.55 Gb ، تەخمىنەن 99 ×) Bionano Irys
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
1. ۋېينىڭ بۇغداي گېن گۇرۇپپىسىنىڭ ئومۇمىي گېننىڭ چوڭلۇقى 7.74 Gb (ئېقىن سىتومېتىرىيىسى ئارقىلىق مۆلچەرلەنگەن گېننىڭ% 98.74) بىلەن ئېلان قىلىنغان.بۇ يىغىلىشنىڭ Scaffold N50 1.04 Gb غا يەتتى.% 93.67 كونتېينېر 7 ساختا خروموسومغا مۇۋەپپەقىيەتلىك چاپلانغان.بۇ يىغىلىش ئۇلىنىش خەرىتىسى ، LAI ۋە BUSCO تەرىپىدىن باھالانغان بولۇپ ، بارلىق باھالاشلاردا يۇقىرى نومۇرغا ئېرىشكەن.
2. سېلىشتۇرما گېنولوگىيىسى ، گېن ئۇلىنىش خەرىتىسى ، ترانسكرىپومىيىلىك تەتقىقاتلار بۇ گېننىڭ ئاساسىدا ئېلىپ بېرىلدى.گېن گۇرۇپپىسىدىكى گېننىڭ كۆپەيتىلىشى ۋە ئۇلارنىڭ كراخمال بىئوسىنتېز گېنىغا بولغان تەسىرىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان بىر قاتار ئالاھىدىلىكلەر ئاشكارىلاندى.مۇرەككەپ پرولامىن لوكىنىڭ فىزىكىلىق تەشكىللىنىشى ، گېن ئىپادىلەش ئالاھىدىلىكى دەسلەپكى ماۋزۇنىڭ ئاساسى ۋە قويۇق كۆندۈرۈشكە مۇناسىۋەتلىك خروموسوم رايونى ۋە بۇغدايدىكى يەرلىك ئورۇن.
 ۋېينىڭ بۇغداي گېنىنىڭ گېن ئالاھىدىلىكى توغرىسىدىكى سېرك دىئاگراممىسى |  بۇغداي گېنىنىڭ تەدرىجىي تەرەققىي قىلىشى ۋە خروموسوم بىرىكمىسى |
Li, G., Wang, L., Yang, J.قاتارلىقلار.ئەلا سۈپەتلىك گېن توپلاش بۇغداينىڭ گېن ئالاھىدىلىكى ۋە دېھقانچىلىقنىڭ مۇھىم گېنىنى گەۋدىلەندۈرىدۇ.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
