جۇڭگو پايدىلانمىغان mRNA تەرتىپى- Illumina زاۋۇتى ۋە ئىشلەپچىقارغۇچىلار |BMK

پايدىلانمىغان ئاساستا mRNA تەرتىپى- Illumina

Non-Reference based mRNA sequencing-Illumina Featured Image

mRNA تەرتىپى كېيىنكى ئەۋلاد تەرتىپلەش تېخنىكىسىنى (NGS) قوللانغان بولۇپ ، بەزى ئالاھىدە ئىقتىدارلار ئاكتىپلىنىۋاتقان مەلۇم مەزگىلدە ئەلچى RNA (mRNA) نىڭ Eukaryote شەكلىنى تۇتىۋالىدۇ.چاپلانغان ئەڭ ئۇزۇن خاتىرىلەش خاتىرىسى «Unigene» دەپ ئاتالغان ۋە كېيىنكى ئانالىزنىڭ پايدىلىنىش تەرتىپى سۈپىتىدە ئىشلىتىلگەن ، بۇ تۈرنىڭ مولېكۇلا مېخانىزىمى ۋە نازارەت تورىنى پايدىلانماي تەتقىق قىلىشنىڭ ئۈنۈملۈك ۋاستىسى.

ترانسكرىپسىيەلىك سانلىق مەلۇماتلارنى قۇراشتۇرۇش ۋە بىرلىككە كەلگەن ئىقتىدار ئىزاھاتىدىن كېيىن

(1) SNP تەھلىلى ، SSR تەھلىلى ، CDS ئالدىن پەرەز ۋە گېن قۇرۇلمىسى ئالدىن تەييارلىنىدۇ.

(2) ھەر بىر ئەۋرىشكىدە بىردەك ئىپادىلەشنىڭ مىقدارلاشتۇرۇلۇشى ئېلىپ بېرىلىدۇ.

(3) ئەۋرىشكە (ياكى گۇرۇپپا) ئارىسىدىكى پەرقلىق ئىپادىلەنگەن بىرلىككە كەلگەن ئىپادىلەش ئۇسۇلىغا ئاساسەن بايقالغان

(4) ئوخشىمىغان ئىپادىلەنگەن يەرلىك كىشىلەرنى توپلاش ، ئىقتىدار ئىزاھلاش ۋە بېيىتىش ئانالىزى ئېلىپ بېرىلىدۇ

بىز بىلەن ئالاقىلىشىڭ

مۇلازىمەت تەپسىلاتلىرى

Bioinformatics

Demo Results

Case Study

Features

Øھەر قانداق پايدىلىنىش گېنىدىن مۇستەقىل ،

Øبۇ سانلىق مەلۇمات خاتىرىسىنىڭ قۇرۇلمىسى ۋە ئىپادىلىنىشىنى تەھلىل قىلىشقا ئىشلىتىلىدۇ

Øئۆزگىرىشچان كېسىش تور بېكەتلىرىنى ئېنىقلاڭ

مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى

ØBMKCloud نى ئاساس قىلغان نەتىجىنى يەتكۈزۈش: نەتىجىلەر سانلىق مەلۇمات ھۆججىتى ۋە ئۆز-ئارا دوكلات سۈپىتىدە BMKCloud سۇپىسى ئارقىلىق يەتكۈزۈلىدۇ ، بۇ ئۆلچەملىك بىئولوگىيىلىك ئۇچۇر ئانالىزى ئاساسىدا مۇرەككەپ ئانالىز نەتىجىسىنى ۋە خاسلاشتۇرۇلغان سانلىق مەلۇماتلارنى قېزىشنى ئابونتلارغا دوستانە ئوقۇشقا بولىدۇ.

Øسېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر: تۈر تاماملانغاندىن كېيىن 3 ئاي كۈچكە ئىگە بولغان سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر ، تۈرلەرنى ئىز قوغلاش ، چاتاق چىقىرىش ، سوئال-جاۋاب قاتارلىقلار.

ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش

ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:

Nucleotides:

ساپلىق	سەمىمىيەت	بۇلغىنىش	سومما
OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ；	ئۆسۈملۈكلەر ئۈچۈن: RIN≥6.5;ھايۋانلار ئۈچۈن: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;ئاساسىي ئېگىزلىكى چەكلىك ياكى يوق	گېلىدا كۆرسىتىلگەن ئاقسىل ياكى DNA نىڭ بۇلغىنىشى چەكلىك ياكى يوق.	Conc.≥30 ng / μl;توم ≥ 10 μl;ئومۇمىي ≥ 1.5 μg

توقۇلما: ئېغىرلىقى (قۇرۇق): ≥1 g
* 5 مىللىگىرامدىن كىچىك توقۇلمىلارغا چاقماق توڭلىتىلغان (سۇيۇق ئازوتتا) توقۇلما ئەۋرىشكىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.

كاتەكچە ئاسما: ھۈجەيرە سانى = 3 × 10⁷
* توڭلىتىلغان ھۈجەيرە لەيلىسىنى ئەۋەتىشنى تەۋسىيە قىلىمىز.بۇ كاتەكچىنىڭ سانى 5 × 10 دىن كىچىك بولسا⁵، سۇيۇق ئازوتتا توڭلىتىلغان چاقماق لامپىسى تەۋسىيە قىلىنىدۇ.

قان ئەۋرىشكىسى:
PA × geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ۋە 2mL قان (TRIzol: قان = 3: 1)

تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش

كونتېينېر:
2 مىللىلېتىر سېنترىفۇگ تۇرۇبىسى (قەلەي ياپقۇچ تەۋسىيە قىلىنمايدۇ)
ئۈلگە بەلگە: گۇرۇپپا + كۆپەيتىش مەسىلەن A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

مال ئەۋەتىش:
1. قۇرغاق مۇز: ئەۋرىشكەلەرنى خالتىغا قاچىلاش ۋە قۇرۇق مۇزغا كۆتۈرۈش كېرەك.
2. RNA تۇراقلىق تۇرۇبا: RNA ئەۋرىشكىسىنى RNA تۇراقلاشتۇرۇش تۇرۇبىسىدا قۇرۇتقىلى بولىدۇ (مەسىلەن RNAstable®) ھەمدە ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا توشۇشقا بولىدۇ.

مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى

تەجرىبە لايىھىسى

ئۈلگە يەتكۈزۈش

RNA ئېلىش

كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى

تەرتىپلەش

سانلىق مەلۇمات ئانالىزى

سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر

ئالدىنقى: ئۇزۇن كودلاشتۇرماسلىق تەرتىپى-ئىللۇمىنا

كېيىنكى: Eukaryotic mRNA تەرتىپى-ئىللۇمىنا

Bioinformatics

1.mRNA (denovo) مەجلىسىنىڭ پرىنسىپى

ئۈچ ئىلاھ تەرىپىدىن ئوقۇش ، كىچىك پارچىلارغا بۆلۈنگەن بولۇپ ، K-mer دەپ ئاتىلىدۇ.ئاندىن بۇ K-mers ئۇرۇقى سۈپىتىدە كونتېينېرغا كېڭەيتىلىدۇ ، ئاندىن زاپچاس قاپلاشنى ئاساس قىلىدۇ.ئاخىرىدا ، De Bruijn زاپچاسلاردىكى خاتىرىلەرنى تونۇش ئۈچۈن بۇ يەرگە قوللىنىلدى.

mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinity

mRNA (De novo) ئۈچ ئىلاھنىڭ ئومۇمىي ئەھۋالى

2.mRNA (De novo) گېن ئىپادىلەش دەرىجىسىنىڭ تارقىلىشى

RNA-Seq گېننىڭ ئىپادىسىنى ئىنتايىن سەزگۈر مۆلچەرگە ئېرىشەلەيدۇ.ئادەتتە ، FPKM نىڭ ئېنىقلىغىلى بولىدىغان خاتىرىلەش دائىرىسى 10 ^ -2 دىن 10 ^ 6 گىچە بولىدۇ

mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-each-sample

mRNA (De novo) ھەر بىر ئەۋرىشكە FPKM زىچلىقىنىڭ تارقىلىشى

3.mRNA (De novo) GO DEGs نىڭ موللاشتۇرۇش ئانالىزى

GO (گېن ئونتولوگىيەسى) سانلىق مەلۇمات ئامبىرى گېن ۋە گېن مەھسۇلاتلىرىنىڭ ئۆلچەملىك سۆزلۈكلىرىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان قۇرۇلمىلىق بىئولوگىيىلىك ئىزاھلاش سىستېمىسى.ئۇ بىر قانچە قاتلامنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ ، بۇ يەردە دەرىجە قانچە تۆۋەن بولسا ، ئىقتىدارلىرى شۇنچە ئېنىق بولىدۇ.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-at-second-level

mRNA (De novo) GO نىڭ ئىككىنچى دەرىجىگە ئايرىلىشى

BMK دېلوسى

پىيازنىڭ لامپۇچكا ئىششىقى ۋە يېتىلىشىدىكى سۇكروزا مېتابولىزمىنىڭ ترانسكرىپومىيىلىك ئانالىزى (Allium cepa L.)

ئېلان قىلىنغان: ئۆسۈملۈك ئىلمىدىكى چېگرالار， 2016

تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى

Illumina HiSeq2500

ئەۋرىشكە توپلاش

يۇتا سېرىق تاتلىق ئىسپانىيە سورتى «Y1351» بۇ تەتقىقاتتا ئىشلىتىلگەن.توپلانغان ئەۋرىشكە سانى
لامپۇچكىنىڭ ئىششىقىدىن 15-كۈنى (دىئامېتىرى 2 سانتىمېتىر ۋە ئېغىرلىقى 3-4 گرام) ، 30-DAS (دىئامېتىرى 5 سانتىمېتىر ، ئېغىرلىقى 100-110 گرام) ، 40-نومۇرلۇق DAS نىڭ ∼3. 260–300 گرام).

ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر

1. ۋېن دىئاگراممىسىدا ، ئۈچ جۈپ تەرەققىيات باسقۇچىنىڭ ھەممىسىدە جەمئىي 146 DEG بايقالدى
2. «كاربون سۇ بىرىكمىلىرى توشۇش ۋە مېتابولىزم» پەقەت 585 يەرلىك كىشىلەر تەرىپىدىن ئىپادىلەنگەن (يەنى ئىزاھلانغان COG نىڭ% 7).
3. GO سانلىق مەلۇمات ئامبىرىغا مۇۋەپپەقىيەتلىك ئىزاھلانغان يەرلىك كىشىلەر لامپۇچكىنىڭ ئوخشىمىغان ئۈچ باسقۇچىدىكى ئۈچ ئاساسلىق تۈرگە ئايرىلدى.«بىئولوگىيىلىك جەريان» ئاساسلىق تۈرىگە ۋەكىللىك قىلىدىغانلارنىڭ كۆپىنچىسى «مېتابولىزم جەريانى» ، ئۇنىڭدىن كېيىن «ھۈجەيرە جەريانى».«مولېكۇلا فۇنكسىيەسى» نىڭ ئاساسلىق كاتېگورىيەسىدە ئەڭ ۋەكىللىك قىلىدىغان ئىككى تۈر «باغلىنىش» ۋە «كاتالىزاتورلۇق پائالىيەت» ئىدى.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

ورتولوگىيىلىك گۇرۇپپىلارنىڭ توپلىمى (COG)

ئۈچ خىل تەرەققىيات باسقۇچىدا لامپۇچكىدىن ھاسىل بولغان يەرلىك كىشىلەر ئۈچۈن گېن ئونتولوگىيىسى (GO) نىڭ گىستوگراممىسى

پىياز لامپۇچكىنىڭ يېتىلىشىنىڭ ھەر ئىككى باسقۇچىدا گېننى پەرقلىق ئىپادىلەيدىغان ۋېن دىئاگراممىسى

پايدىلانما

جاڭ C ، جاڭ H ، جان Z قاتارلىقلار.پىيازنىڭ كۆپۈكچە ئىششىقى ۋە يېتىلىشىدىكى سۇكروزا مېتابولىزمىنىڭ ترانسكرىپومىيىلىك ئانالىزى (Allium cepa L.) [J].ئۆسۈملۈك ئىلمىدىكى چېگرالار ، 2016 ، 7: 1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425