GENOME EVOLUTION
PNAS
ئالتۇن بېلىقنىڭ تەدرىجىي تەرەققىيات مەنبەسى ۋە كۆندۈرۈش تارىخى (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano گېنوم خەرىتىسى |Hi-C گېن گۇرۇپپىسى |گېن خەرىتىسى |GWAS |RNA-Seq
يارقىن نۇقتىلار
1. Goldfish گېنى يۇقىرى سۈپەتلىك قۇراشتۇرۇش نۇسخىسى بىلەن يېڭىلاندى ،% 95.75 قىستۇرما زاپچاسنى 50 دانە ساختا خروموسومغا ئايلاندۇردى (Scaffold N50 = 31.84 Mb).ئىككى تارماق بالا ئايرىۋېتىلدى.
2. كۆندۈرۈش جەريانىدا تاللانغان سۈپۈرگەنىڭ ئومۇمىي رايونلىرى 201 شەخسنىڭ سانلىق مەلۇماتلىرىغا ماس ھالدا ئېنىقلانغان بولۇپ ، كۆندۈرۈش ئالاھىدىلىكى بىلەن مۇناسىۋەتلىك 390 دىن ئارتۇق كاندىدات گېنى ئاشكارلانغان.
3. كۆندۈرۈلگەن ئالتۇن بېلىقنىڭ چىش مىلىكىدىكى GWAS بەلكىم مۇناسىۋەتلىك بولۇشى مۇمكىن بولغان 378 كاندىدات گېنىنى ئاشكارىلىدى.تىروسىن-ئاقسىل كىنازا مۇخبىرى سۈزۈكلۈك بىلەن مۇناسىۋەتلىك كاندىدات سەۋەب گېنى دەپ بېكىتىلدى
تەگلىك
Goldfish (Carassius auratus) قەدىمكى جۇڭگودىكى كرېست بېلىقىدىن كۆندۈرۈلگەن ئەڭ مۇھىم دېھقانچىلىق بېلىقىنىڭ بىرى.ئۇلار چارلېز دارۋىن تەرىپىدىن «چەكسىز رەڭنىڭ كۆپ خىللىقىدىن ئۆتۈپ ، قۇرۇلمىنىڭ ئەڭ پەۋقۇلئاددە ئۆزگىرىشى بىلەن ئۇچرىشىمىز» دەپ باھا بەردى.پەۋقۇلئاددە كۆپ خىل ئالاھىدىلىك ۋە كۆندۈرۈش ۋە بېقىش تارىخى ئالتۇن بېلىقلارنى بېلىق فىزىئولوگىيىسى ۋە تەدرىجىي تەرەققىياتىدىكى ئېسىل گېن مودېل سىستېمىسىغا ئايلاندۇرىدۇ.
مۇۋەپپەقىيەتلەر
Goldfish genome
JPacBio ۋە Illumina جۈپ ئاخىرىدىكى رەت تەرتىپ سانلىق مەلۇماتلىرىنى ئانالىز قىلىش دەسلەپكى 1.657 G لايىھە قۇراشتۇرۇش (Contig N50 = 474 Kb).Bionano ئوپتىكىلىق خەرىتە ھاسىل قىلىنغان ۋە قۇراشتۇرۇشنى 1.73 Gb چوڭلۇقتا توغرىلىغان (مۆلچەرلەنگەن گېننىڭ چوڭلۇقى: 1.8 Gb).Hi-C نى قۇراشتۇرۇش قۇرۇلمىسى N50 نى 606 Kb دىن 31.84 Mb غا تېخىمۇ ئۆستۈرۈپ ، لەڭگەر نىسبىتىنى% 95.75 (1.65 Gb) گە يەتكۈزدى.بۇ گېن 56251 كودلاش گېنى ۋە 10،098 ئۇزۇنلۇقتىكى كودلاش خاتىرىسىنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ.ئۇنىڭ ئۈستىگە ، 50 خىل خىروموسومدىن 38 يوشۇرۇن مەركەزلىك رايون ئالدىن پەرەز قىلىنغان.
رەسىم 1 ئالتۇن بېلىق گېن
T50 دانە ئالتۇن بېلىق خروموسومىدا قەدىمكى ئارىلاشتۇرۇش ھادىسىسىدىن كېلىپ چىققان ئېنىق سۈزۈك توپلار ئېنىقلانغان.ئالتۇن بېلىق بىلەن باربىنا ئارىلىقىدىكى ئوقۇش نىسبىتى بىر قەدەر يۇقىرى بولغان خروموسوملار توپلىمى A (ChrA01 ~ A25) دەپ ئاتىلىدۇ ، يەنى باربىناغا كۆپ ئۇچرايدىغان تارماق بالا ، قالدۇق ماددىلار B (ChrB01 ~ B25) دەپ ئېنىقلىما بېرىلگەن.
كۆندۈرۈش ۋە تاللاش سۈپۈرۈش
Aجەمئىي 16 خىل ياۋا تىپتىكى كەركىدان كارپ بېلىقى ۋە 185 ۋەكىللىك ئالتۇن بېلىق تۈرى ئوخشاش بولۇپ ، ئوتتۇرىچە رەتلىنىش چوڭقۇرلۇقى تەخمىنەن 12.5X بولۇپ ، 4.3 تېراباس سانلىق مەلۇمات ھاسىل قىلغان.فىلوگېنتىك قايتا قۇرۇش ۋە PCA تەھلىلى ئادەتتىكى ئالتۇن بېلىق بىلەن كرېست كارپ بېلىقىنىڭ باشقا ئالتۇن بېلىقلارغا قارىغاندا تېخىمۇ قويۇق مۇناسىۋىتى بارلىقىنى ئىسپاتلىدى.
Lيۇقارقى تۆت تارماق گۇرۇپپىدىكى D چىرىش ئانالىزى كۆندۈرۈش جەريانىدا نوپۇسنىڭ ئىرسىيەتلىك بوتۇلكىسى ۋە ئالتۇن بېلىقلاردا كۈچلۈك سۈنئىي تاللاشنى قوللىدى.ئېرسىيەتنىڭ كۆپ خىللىقى (π) كرېست كارپ بېلىقىدىن ئادەتتىكى ئالتۇن بېلىققىچە ۋېن ئالتۇن بېلىقى ۋە تۇخۇم ئالتۇن بېلىقىغىچە كۆپىيىش ئۇلارنىڭ كۆندۈرۈش جەريانىدا گېن ئۆزگىرىشىنىڭ كۆرۈنەرلىك توپلانغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.25.2 Mb ۋە 946 گېننى ئۆز ئىچىگە ئالغان 50 تال تالانتلىق گېن رايونلىرى ۋەكىللىك سانلىق مەلۇماتلاردىن بايقالدى (33 ئالتۇن بېلىق ۋە 16 كرىستال).201 شەخسكە بولغان ئانالىزنى كېڭەيتىش ، 393 گېن تاماملانغان تاللاش سۈپۈرۈش رايونىنى كۆرسىتىپ بەردى.بۇ گېنلار كۆپ خىللىقتىن تېپىلغان بولۇپ ، بۇ بەلكىم ئالتۇن بېلىقنىڭ ئاساسلىق كۆندۈرۈش ئالاھىدىلىكى بىلەن مۇناسىۋەتلىك فېنوتىپلارغا تۆھپە قوشۇشى مۇمكىن.
3-رەسىم گېن گۇرۇپپىسىدىكى كۆندۈرۈشكە مۇناسىۋەتلىك تەھلىل
كۆندۈرۈلگەن ئالتۇن بېلىق ئۈستىدە GWAS
Dorsal fin بولسا ۋېن ئالتۇن بېلىقىنى تۇخۇم ئالتۇن بېلىقى بىلەن پەرقلەندۈرىدىغان ئاچقۇچلۇق ئالاھىدىلىك.96 Wen ئالتۇن بېلىقى ۋە 87 دانە تۇخۇم بېلىقىدىكى GWAS دورىسى بېلىقى 378 كاندىدات گېننىڭ 13 خروموسومغا تارقالغانلىقىنى ۋە بۇ گېنلارنىڭ تارماق بالا ئارىسىدا تەكشى تەقسىملەنمىگەنلىكىنى ئاشكارىلىدى.بۇ كاندىدات گېنىدىكى ئىقتىدار ئانالىزىدا «ھۈجەيرە يۈزى قوبۇللىغۇچ سىگنالى» ، «تارقىلىشچان توشۇش» ، «سۆڭەك سىستېمىسىنىڭ تەرەققىياتى» قاتارلىق بىئولوگىيىلىك جەريانلار گەۋدىلەندۈرۈلدى.
كۆندۈرۈلگەن ئالتۇن بېلىقنىڭ 4-رەسىم
In سۈزۈك كۆلەمگە مۇناسىۋەتلىك ئالاھىدىلىكلەرنىڭ GWAS ، يەككە كۈچلۈك بىرلەشمە چوققىسى بايقالدى.كاندىدات رايونلارنىڭ بىرىدە تىروسىن-ئاقسىل كىنازا قوبۇللىغۇچنى كودلاشتۇرىدىغان گېن ئېنىقلاندى.
رەسىم 5 GWAS سۈزۈك كۆلەمگە مۇناسىۋەتلىك ئالاھىدىلىكلەرنىڭ
پايدىلانما
Chen D et al.ئالتۇن بېلىقنىڭ تەدرىجىي تەرەققىي قىلىشى ۋە كۆندۈرۈش تارىخى (Carassius auratus).PNAS (2020)
خەۋەرلەر ئەڭ يېڭى مۇۋەپپەقىيەت قازانغان ئەھۋاللارنى Biomarker Technologies بىلەن ئورتاقلىشىشنى ، روماندىكى ئىلمىي مۇۋەپپەقىيەتلەرنى شۇنداقلا تەتقىقات جەريانىدا قوللىنىلغان كۆرۈنەرلىك تېخنىكىلارنى ئىگىلەشنى مەقسەت قىلىدۇ.
يوللانغان ۋاقتى: 1-يانۋاردىن 04-2022-يىلغىچە