GENOME EVOLUTION, PANGENOME
Pan- گېن دېگەن نېمە؟
توپلانغان پاكىتلار شۇنى ئىسپاتلايدۇكى ، بىر تۈرنىڭ ئوخشىمىغان تۈرلىرىنىڭ پەرقى ناھايىتى چوڭ بولىدۇ.بىر يەككە گېننىڭ يەككە تۈرنىڭ گېن ئۇچۇرىغا ئېرىشىش ئۈچۈن يېتەرلىك ئەمەس.پان گېن تەتقىقاتىنىڭ مەقسىتى بىر تۈرنىڭ تېخىمۇ كەڭ دائىرىلىك گېن گرافىكقا ئېرىشىش ۋە كۆپ خىل تۈرلەرنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنى گېن ئارقىلىق قۇراشتۇرۇش ئارقىلىق ئالاھىدىلىك ۋە گېن كودى ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەتنى يېشىشتىن ئىبارەت.
پەن-گېن تەتقىقاتىنىڭ يۈزلىنىشى
1-رەسىم پەن-گېننىڭ ئېلان قىلىنغان تەتقىقات ماقالىلىرىنىڭ يۈزلىنىشى.
ئەسكەرتىش: بۇ رەسىمدە «pan-genome» نى تەبىئەت ، ھۈجەيرە ۋە ئىلىم-پەن يۈرۈشلۈك ژۇرنىلىدا ئېلان قىلىنغان ماقالىلەرنىڭ ماۋزۇسىنى ئىزدەشتىكى ئاچقۇچلۇق سۆز قىلىپ كۆرسىتىشنىڭ نەتىجىسى كۆرسىتىلدى.
a.كۆپ خىل ئەۋرىشكىلەردىكى ئوقۇشلار پايدىلىنىشقا ماسلاشتۇرۇلغان بولۇپ ، ماسلاشمىغانلىرى رومان توپىغا توپلىنىدۇ.بۇ رومان قىستۇرمىلىرىنى ئەسلى پايدىلىنىش تەرتىپىگە قوشقاندا ، كىشىنى ھەيران قالدۇرىدىغان پايدىلانما قۇرغىلى بولىدۇ.تارقىتىلمايدىغان رايونلار بارلىق ئوقۇشلۇقلارنى قايتا-قايتا سىزىشقا ئاساسەن بېكىتىلىدۇ.
b.كۆپ خىل گېنلارنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنى قۇراشتۇرۇش گېن گۇرۇپپىسىنى ماسلاشتۇرۇش ئۇسۇلى ئارقىلىق تارقىلىدىغان گېن گۇرۇپپىسىنى پەرقلەندۈرۈشكە يول قويىدۇ.
c.پان-گېن گرافىكىنى پۈتۈن گېن ماسلاشتۇرۇشتىن ياكى de novo گرافىك قۇراشتۇرۇش ئارقىلىق قۇرغىلى بولىدۇ ، ئۇ تارقاق رايونلارنىڭ ئۆزگىرىشچان ئۇچۇرلىرىنى گرافىك ئارقىلىق ئۆزگىچە يول سۈپىتىدە ئۈنۈملۈك ساقلايدۇ.
پان گېننى قانداق قۇرۇش كېرەك؟
2-رەسىم پان-گېن ئۇسۇللىرىنى سېلىشتۇرۇش1
a.كۆپ خىل ئەۋرىشكىلەردىكى ئوقۇشلار پايدىلىنىشقا ماسلاشتۇرۇلغان بولۇپ ، ماسلاشمىغانلىرى رومان توپىغا توپلىنىدۇ.بۇ رومان قىستۇرمىلىرىنى ئەسلى پايدىلىنىش تەرتىپىگە قوشقاندا ، كىشىنى ھەيران قالدۇرىدىغان پايدىلانما قۇرغىلى بولىدۇ.تارقىتىلمايدىغان رايونلار بارلىق ئوقۇشلۇقلارنى قايتا-قايتا سىزىشقا ئاساسەن بېكىتىلىدۇ.
b.كۆپ خىل گېنلارنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنى قۇراشتۇرۇش گېن گۇرۇپپىسىنى ماسلاشتۇرۇش ئۇسۇلى ئارقىلىق تارقىلىدىغان گېن گۇرۇپپىسىنى پەرقلەندۈرۈشكە يول قويىدۇ.
c.پان-گېن گرافىكىنى پۈتۈن گېن ماسلاشتۇرۇشتىن ياكى de novo گرافىك قۇراشتۇرۇش ئارقىلىق قۇرغىلى بولىدۇ ، ئۇ تارقاق رايونلارنىڭ ئۆزگىرىشچان ئۇچۇرلىرىنى گرافىك ئارقىلىق ئۆزگىچە يول سۈپىتىدە ئۈنۈملۈك ساقلايدۇ.
يېقىندا ئېلان قىلىنغان Pan-genomes
Pan Rape pan-genomes2
● پەمىدۇر پان گېنلىرى 3
● Rice Pan -genome4
● ئاپتاپپەرەس Pan-genome5
● پۇرچاق ئۇيۇتمىسى 6
● Rice Pan-genome7
● Barley Pan-genome8
● بۇغداي Pan-genome9
● Sorghum Pan-genome10
● Phytoplankton Pan-genome11
پايدىلانما
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. ئۆسۈملۈك پان گېنلىرى يېڭى پايدىلىنىش ماتېرىيالى.Nat Plants.2020; 6 (8): 914-920.doi: 10.1038 / s41477-020-0733-0
2. ناخشا JM ، گۈەن Z ، خۇ ج قاتارلىقلار.سەككىز يۇقىرى سۈپەتلىك گېن گېننىڭ قۇرۇلمىسى ۋە Brassica napus نىڭ ئېكولوگىيىلىك پەرقىنى ئاشكارىلايدۇ.Nat Plants.2020; 6 (1): 34-45.doi: 10.1038 / s41477-019-0577-7
3. گاۋ ل ، گوندا I ، سۈن H قاتارلىقلار.شوخلا قازان گېنى يېڭى گېن ۋە مېۋە تەمىنى تەڭشەيدىغان ئاز ئۇچرايدىغان ئاللېنى ئاچتى.Nat Genet.2019; 51 (6): 1044-1051.doi: 10.1038 / s41588-019-0410-2
4. جاۋ Q ، فېڭ Q ، لۇ H قاتارلىقلار.پان گېن ئانالىزىدا يېتىشتۈرۈلگەن ۋە ياۋا گۈرۈچنىڭ گېن ئۆزگىرىشىنىڭ دەرىجىسى گەۋدىلەندۈرۈلگەن [نەشىر قىلىنغان تۈزىتىش Nat Genet دا كۆرۈلىدۇ.2018-يىل 8-ئاي ؛ 50 (8): 1196].Nat Genet.2018; 50 (2): 278-284.doi: 10.1038 / s41588-018-0041-z
5. خۇبنېر S ، بېركوۋىچ N ، تودېسكو M قاتارلىقلار.ئاپتاپپەرەس پان گېن ئانالىزىدا كۆرسىتىلىشچە ، ئارىلاشتۇرۇش گېن تەركىبى ۋە كېسەللىككە قارشى تۇرۇش ئىقتىدارىنى ئۆزگەرتىۋەتكەن.Nat Plants.2019; 5 (1): 54-62.doi: 10.1038 / s41477-018-0329-0
6. ليۇ ي ، دۇ H ، لى P قاتارلىقلار.ياۋا ۋە يېتىشتۈرۈلگەن پۇرچاقنىڭ پان گېنومى.Cell.2020; 182 (1): 162-176.e13.doi: 10.1016 / j.cell.2020.05.023
7. چىن P ، لۇ H ، دۇ H قاتارلىقلار.33 خىل گېننىڭ كۆپ خىللاشقان گۈرۈچ قوشۇمچە زاپچاسلىرىنى ئانالىز قىلىش ئارقىلىق گېننىڭ ئوخشىماسلىقىنى ئاشكارىلايدۇ.Cell.2021; S0092-8674 (21) 00581-X.doi: 10.1016 / j.cell.2021.04.046
8. جاياكودى M ، Padmarasu S ، Haberer G قاتارلىقلار.ئارپا قازان گېن ئۆزگىرىشى ئۆزگىرىشنىڭ يوشۇرۇن مىراسىنى ئاشكارىلايدۇ.تەبىئەت.2020 58 588 (7837): 284-289.doi: 10.1038 / s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C قاتارلىقلار.كۆپ خىل بۇغداي گېنلىرى زامانىۋى باقمىچىلىقنىڭ يەرشارى ئۆزگىرىشىنى ئاشكارىلايدۇ.تەبىئەت.2020 58 588 (7837): 277-283.doi: 10.1038 / s41586-020-2961-x
10. تاۋ ي ، لو H ، شۈ ج قاتارلىقلار.يېتىشتۈرۈلگەن ۋە ياۋا چىلاننىڭ پان گېن گۇرۇپپىسىدىكى كەڭ كۆلەمدە ئۆزگىرىش [2021-يىلى 5-ئاينىڭ 20-كۈنى توردا ئېلان قىلىنغان].Nat Plants.2021 ؛ 10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038 / s41477-021-00925-x
11. فەن X ، چيۇ H ، خەن ۋ قاتارلىقلار.Phytoplankton pangenome كۆپ خىل فۇنكسىيەلىك پروكارىئوتىك گورىزونتال گېننىڭ يۆتكىلىشىنى ئاشكارىلايدۇ.Sci Adv.2020; 6 (18): eaba0111.2020-يىلى 29-ئاپرېل ئېلان قىلىندى. Doi: 10.1126 / sciadv.aba0111
يوللانغان ۋاقتى: 1-يانۋاردىن 04-2022-يىلغىچە