HUMAN GENOMICS
تەبىئەت گېنىتىكىسى
ئۇزۇن ئوقۇش تەرتىپى نېرۋا ھۈجەيرىسىنىڭ ئۆز ئىچىگە ئېلىش كېسەللىكى بىلەن مۇناسىۋەتلىك NOTCH2NLC دىكى GGC نىڭ قايتا-قايتا كېڭىيىشىنى پەرقلەندۈرىدۇ.
ONT ماسلاشتۇرۇش |Illumina |پۈتۈن ئېسىل تەرتىپلەر |CRISPR-Cas9 ONT نىشانلىق تەرتىپ |RNA-seq |ONT 5mC مېتىل چاقىرىش
يارقىن نۇقتىلار
1. چوڭ NIID ئائىلىسىگە ئۇلىنىش ئانالىزى ئارقىلىق ، ئۇلانغان ئىككى رايون ئېنىقلاندى.
2.ONT نى ئاساس قىلغان ئۇزۇن ئوقۇشلۇق تەرتىپ ۋە Cas-9 ۋاسىتىلىك بېيىتىش ONT تەرتىپى NIID نىڭ يوشۇرۇن ئىرسىيەت سەۋەبىنى بايقىدى ، GGC NOTCH2NLC نىڭ 5 ′ UTR دا قايتا-قايتا كېڭەيدى.بۇ تەتقىقات تۇنجى قېتىم بۆلەك كۆپەيتىش ئارقىلىق تەرەققىي قىلغان ئىنسانلارغا خاس گېنلاردا قايتا-قايتا كېڭەيتىلگەنلىكىنى دوكلات قىلدى.
3.RNA تەرتىپىدە GCHC نىڭ NOTCH2NLC دىكى قايتا كېڭەيتىش رايونلىرىنىڭ بېشىدا ياكى ئىچىدە بىنورمال ئانتىزىمغا قارشى خاتىرىلەر ئاشكارىلاندى.
تەگلىك
Nياۋروپانى ئۆز ئىچىگە ئالغان يادرونى ئۆز ئىچىگە ئالغان كېسەللىك (NIID) تەدرىجىي ۋە ئەجەللىك نېرۋا ئاجىزلاش كېسەللىكى بولۇپ ، مەركىزى ۋە ئەتراپتىكى نېرۋا سىستېمىسىدا ئېوسىنوفىللىق گىئالىننىڭ يادروغا قوشۇلۇشى بار.ئۇنىڭ ئۆزگىرىشچان كلىنىكىلىق ئىپادىلىرى تېرە بىئوپسىيىسى كىرگۈزۈلگۈچە دىئاگنوز قويۇشتا زور قىيىنچىلىقلارنى پەيدا قىلىدۇ.قانداقلا بولمىسۇن ، گىستوپولوگىيەنى ئاساس قىلغان ئۇسۇللار يەنىلا خاتا دىئاگنوز قويۇش ئازابىنى تارتىۋاتىدۇ ، بۇ NIID نى گېن جەھەتتىن چۈشىنىشنى تەلەپ قىلىدۇ.
مۇۋەپپەقىيەتلەر
ئۇلىنىش ئانالىزى
Sچوڭ تىپتىكى NIID ئائىلىسىدە (13 تەسىرگە ئۇچرىغان ۋە تەسىرگە ئۇچرىمىغان 7 ئەزا) hort-read تەرتىپلەش پۈتكۈل گېن گۇرۇپپىسى (WGS) ۋە پۈتكۈل تاشقى كۆرۈنۈش تەرتىپى (WES) ئېلىپ بېرىلدى.بۇ سانلىق مەلۇماتلاردىن ئېلىنغان SNP لارنىڭ ئۇلىنىش ئانالىزىدا پەقەت ئىككى ئۇلانغان رايون ئاشكارىلاندى: 3.5 Mb رايون 1p36.31-p36.22 (ئەڭ چوڭ LOD = 2.32) ، 58.1 Mb رايون 1p22.1-q21.3 (ئەڭ چوڭ LOD: 4.21) ).قانداقلا بولمىسۇن ، بۇ باغلانغان رايونلاردا كېسەللىك قوزغاتقۇچى SNP ياكى CNV بايقالمىدى.
GGC NOTCH2NLC دىكى كېڭەيتىشنى تەكرارلايدۇ
Nئانوپورنى ئاساس قىلغان تەرتىپ 8 ئائىلىدىكى 13 تەسىرگە ئۇچرىغان ۋە 4 تەسىرگە ئۇچرىمىغان ئەزا ئۈستىدە بىر تەرەپ قىلىنغان (تەسىرگە ئۇچرىغان يەنە بىر ئەزا پاكبىئو ئۇزۇن ئوقۇش تەرتىپى سۇپىسى تەرىپىدىن رەتلەنگەن.)ئۇزۇن ئوقۇلغان سانلىق مەلۇماتلار GCHC نىڭ 5 ′ UTR دىكى NOTCH2NLC گېن خەرىتىسىنىڭ 58.1 Mb ئۇلىنىش رايونىغا قايتا-قايتا كېڭىيىدىغانلىقىنى ئاشكارىلىدى (1-رەسىم).بۇ قايتا-قايتا كېڭەيتىش RP-PCR تەرىپىدىن سىناق قىلىنغان 40 ئاندا-ساندا NIID دېلوسىنىڭ ھەممىسىدە ئېنىقلاندى.
Cنانوپور سۇپىسىدىكى 9-نومۇرلۇق ۋاسىتىلىك نىشان تەرتىپى NOTCH2NLC تەكرارلاش (100 X-1795 X) نىڭ تېخىمۇ يۇقىرى ئوقۇش نىسبىتىنى قولغا كەلتۈرۈش ئۈچۈن ئىشلىتىلگەن.بۇ ئورتاق تونۇش تەرتىپلىرى GGC نىڭ قايتا-قايتا كېڭەيتىلىشى توغرىسىدىكى ئىلگىرىكى بايقاشلار بىلەن بىردەك.ئۇندىن باشقا ، {(GGA) n (GGC) n} n تەكرارلاش ئاجىزلىقنى ئاساس قىلغان فېنوت تىپىنىڭ يوشۇرۇن ئىرسىيەت بەلگىسى سۈپىتىدە ئېنىقلاندى (2-رەسىم).
رەسىم 1. NOTCH2NLC ئىزفورمىنىڭ exon 1 دە ئېنىقلانغان كېسەللىكنىڭ قايتا-قايتا كېڭىيىشى.
رەسىم 2. NPTCH2NLC نىڭ ئورتاق تەرتىپلىرى NIID بىمارلىرىدا (*) ياكى ئاجىزلىقنى ئاساس قىلغان فېنوت تىپى يوق
NOTCH2NL گېنى ئىنسانلارغا خاس گېن بولۇپ ، ئىنسانلارنىڭ مېڭىسىنىڭ تەرەققىي قىلىشى ۋە نېرۋا كېسەللىكلىرىدە مۇھىم رول ئوينايدۇ دەپ قارىلىدۇ.قانداقلا بولمىسۇن ،% 99.1 لىك تەرتىپلىك سالاھىيەتكە ئىگە ئۈچ خىل NOTCH2 مۇناسىۋەتلىك گېن (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB ۋە NOTCH2NLC) ئىنسانلارنىڭ ئەڭ يېڭى گېن گۇرۇپپىسىنى قۇرغۇچە ھەل قىلىنمىدى.نانوپور سۇپىسىدىكى بىرىكمە ۋە ئۇزۇن ئوقۇش تەرتىپى يۇقىرى ئوخشاشلىقتىكى رايونلارنى ھەل قىلىشتا كۆرۈنەرلىك ئەۋزەللىكلەرنى كۆرسىتىپ بەردى ھەمدە (GGC) n تەكرارلاش نىسبىتى% 100 GC مول.
GGC NOTCH2NLC دىكى كېڭەيتىشنى تەكرارلايدۇ
Transcriptome تەرتىپى تەسىرگە ئۇچرىغان 2 ۋە تەسىرگە ئۇچرىمىغان 2 ئەزا ئۈستىدە بىر تەرەپ قىلىندى.نورمال ئوقۇش چوڭقۇرلۇقى NOTCH2NL ئوخشىتىشنىڭ بىرىنچى ئېقىمىنىڭ يۇقىرى ئېقىمىدىكى سەزگۈرلۈك ۋە ئانتىزىمغا قارشى سىزىقلار بويىچە ھېسابلىنىدۇ.بىنورمال تۇيغۇغا قارشى خاتىرىلەش پەقەت تەسىرگە ئۇچرىغان ئەھۋاللاردىلا بايقالغان بولۇپ ، ئۇلار قايتا-قايتا كېڭىيىش رايونىنىڭ بېشىدا ياكى ئىچىدە ئولتۇرىدۇ (3-رەسىمدىكى F1-14 ۋە بىنەپشە چوققا).بۇنىڭدىن باشقا ، 54 DEG ئېنىقلاندى ۋە ھەممىسى نېرۋا ئىقتىدارىغا مۇناسىۋەتلىك GO ۋە MPO ئاتالغۇلىرى بىلەن بېيىدى.
رەسىم 3. تەسىرگە ئۇچرىمىغان (يۇقىرىدىكى) ۋە تەسىرگە ئۇچرىغان ئەھۋال ئاستىدا NOTCH2NLC نىڭ بىرىنچى exon نىڭ يۇقىرى ئېقىمىدىكى نورمال ئوقۇش چوڭقۇرلۇقى.
تېخنىكا
ئوكسفورد Nanopore Teghnologies (ONT)
Nئانوپور تەرتىپى باشقا تەرتىپلەش سۇپىلىرىدىن ئالاھىدە پەرقلىنىدۇ ، چۈنكى يادرو بىرىكمىسى DNA بىرىكتۈرۈش جەريانىسىز بىۋاسىتە ئوقۇلىدۇ.يەككە تاياقچە DNA نانو چوڭلۇقىدىكى ئاقسىل تۆشۈكىدىن (نانوپور) ئۆتكەندە ، ئوخشىمىغان يادرو ھۈجەيرىلىرى ئوخشىمىغان ئىئون ئېقىمى ھاسىل قىلىدۇ ، بۇلارنى تۇتقىلى ۋە بازا تەرتىپىگە يۆتكىگىلى بولىدۇ.ONT تەرتىپلەش سۇپىسىنىڭ ئۆزىدە DNA ئوقۇش ۋاقتىدىكى تېخنىكىلىق چەكلىمىلەر كۆرۈنمەيدۇ.شۇڭلاشقا ، دەرىجىدىن تاشقىرى ئۇزۇن ئوقۇشلۇق (ULR) يۇقىرى سۈپەتلىك گېن توپلاشقا ئىشلىتىلىدۇ.ئۇنىڭ ئۈستىگە ، بۇ ئىنتايىن ئۇزۇن ئوقۇشلۇق بولۇپ ، مۇرەككەپ تەرتىپلىك ئىقتىدار ياكى قۇرۇلما ئۆزگىرىشىدىن ھالقىپ كېتەلەيدۇ ، بۇ يەردە قىسقا ئوقۇش تەرتىپىنىڭ چەكلىمىسىنى يېڭىشكە ياردەم بېرىدۇ.
Nanopore تەرتىپى
قۇرۇلمىنىڭ ئۆزگىرىشى (SV) پەرقلەندۈرۈش
Synthesis-free تەرتىپلىرى كۆپىنچە قېلىپتىكى DNA مېتىللاشتۇرۇش ئۇچۇرلىرىنى ساقلاپ قالغان.مېتىللانغان A ، T ، C ۋە G مېتىللانمىغانلاردىن ئالاھىدە ئىئون ئېقىمى ھاسىل قىلىدۇ ، بۇنى سۇپا بىۋاسىتە ئوقۇيالايدۇ.Nanopore تەرتىپى يەككە يادرونىڭ ئېنىقلىق دەرىجىسىدە 5mC ۋە 6mA نىڭ پۈتۈن گېن ئارخىپىنى كۈچەيتىدۇ.
پايدىلانما
Jun Sone, et.al.ئۇزۇن ئوقۇش تەرتىپى نېرۋا ھۈجەيرىسىنىڭ ئۆز ئىچىگە ئېلىش كېسەللىكى بىلەن مۇناسىۋەتلىك NOTCH2NLC دىكى GGC نىڭ قايتا-قايتا كېڭىيىشىنى پەرقلەندۈرىدۇ.تەبىئەت گېنلىرى (2019)
تېخنىكا ۋە يارقىن نۇقتىلار ئوخشىمىغان يۇقىرى سۈرئەتلىك تەرتىپلەش تېخنىكىسىنىڭ ھەرخىل رېشاتكىلار سەھنىسىدىكى ئەڭ يېڭى مۇۋەپپەقىيەتلىك قوللىنىلىشىنى شۇنداقلا تەجرىبە لايىھىلەش ۋە سانلىق مەلۇمات قېزىشتىكى پارلاق ئىدىيىلەرنى ئورتاقلىشىشنى مەقسەت قىلىدۇ.
يوللانغان ۋاقتى: Jan-06-2022