پۈتۈن گېن تەلەپلىرى
SARS-CoV-2 نىڭ گېنولوگىيەلىك تەكشۈرۈشى I تىپلىق ئىنتېرفېرون ئىنكاسىنى تەڭشەيدىغان Nsp1 ئۆچۈرۈش ئۇسۇلىنى بايقىدى.
Nanopore |Illumina |پۈتۈن گېن گۇرۇپپىسىنىڭ ماسلىشىشى |metagenomics |RNA-Seq |Sanger
Biomarker Technologies بۇ تەتقىقاتتا ئەۋرىشكە تەرتىپىگە تېخنىكىلىق ياردەم بەردى.
يارقىن نۇقتىلار
1.SARS-CoV-2 گېن تەرتىپى ۋە فىلوگېنتىك ئانالىز 31 SNP ۋە 4 ئىندېلنى ئۆز ئىچىگە ئالغان 35 قېتىم تەكرارلانغان ئۆزگىرىشنى ئېنىقلايدۇ.
2. 117 كلىنىكىلىق فېنوتىپ بىلەن باغلىنىش يوشۇرۇن ئىقتىدارنى ئاشكارىلايدۇ
مۇھىم ئۆزگىرىشلەر.
Nsp1 كودلاش رايونىدىكى 00500-532 تۆۋەن ۋىرۇس بىلەن مۇناسىۋەتلىك
3. يۈك ۋە قان زەردابى IFN-β.
4. ۋىرۇس ∆500-532 ئۆزگىرىشى بىلەن ئايرىپ IFN-I نى تۆۋەنلىتىدۇ
يۇقۇملانغان ھۈجەيرىلەردە ئىنكاس.
تەجرىبە لايىھىسى
مۇۋەپپەقىيەتلەر
1. COVID-19 يۇقۇملۇق كېسەللىك ۋە گېننى كۆزىتىش
جۇڭگونىڭ سىچۈەن ئۆلكىسىدە كىلىنىكىلىق سانلىق مەلۇماتلار 2020-يىلى 1-ئاينىڭ 22-كۈنىدىن 2020-يىلى 2-ئاينىڭ 20-كۈنىگىچە بولغان ئارىلىقتا توپلانغان. جەمئىي 538 COVID-19 ۋىرۇسى سىچۈەندىكى qPCR سىنىقى ئارقىلىق ئىسپاتلانغان ، بۇنىڭ% 28.8 ى ئۆلكە تەۋە. پايتەخت.سىچۈەندە جەزملەشتۈرۈلگەن دېلولار شىددەت بىلەن ئېشىپ ، 30-يانۋار يۇقىرى پەللىگە چىقتى.شۇنداقلا ، سانلىق مەلۇماتلار ئىجتىمائىي ئارىلىقنىڭ ۋىرۇسنىڭ تارقىلىشىنىڭ ئالدىنى ئېلىشتىكى مۇھىم ئامىل بولالايدىغانلىقىنى قوللىدى.
رەسىم 1. جۇڭگونىڭ سىچۈەن ئۆلكىسىدىكى COVID-19 نىڭ تارقىلىشچان كېسەللىك تەتقىقاتى
2. SARS-CoV-2 گېن قۇرۇلۇشى ۋە ۋارىيانتلارنى پەرقلەندۈرۈش
كۆپ ئىقتىدارلىق PCR كۈچەيتىلگەندىن كېيىن ، نانوپور تەرتىپى بىلەن ، 248 بىمارنىڭ جەمئىي 310 گە يېقىن ياكى قىسمەن تولۇق گېنلىرى بارلىققا كەلگەن.10 ئوقۇشلۇق بىلەن قاپلانغان گېنلارنىڭ% 80 (ئوتتۇرىچە چوڭقۇرلۇقى: ھەر بىر ئەۋرىشكە 0.39 M).
رەسىم 2. سىچۈەن توپىدىكى ھەر بىر ۋارىيانتنىڭ چاستوتىسى
SARS-CoV-2 گېنلىرىدىن جەمئىي 104 SNP ۋە 18 ئىندېل بايقالدى ، بۇنىڭ ئىچىدە 31 SNP ۋە 4 ئىندېلنىڭ قايتا-قايتا گېن ئۆزگىرىشى ئېنىقلاندى.ئۇلارنى ۋۇخەندىكى 169 ئەۋرىشكە ۋە GISAID دىكى 81 مىڭ 391 يۇقىرى سۈپەتلىك ئاممىۋى گېن تەرتىپى بىلەن سېلىشتۇرۇش ئارقىلىق ، باشقا قىتئەلەردە بايقالغان 35 خىل نۇسخىنىڭ 29 ى بار.تىلغا ئېلىشقا ئەرزىيدىغىنى ، 500-532 ، ACC18108AT ، 29729-737 ۋە T13243C قاتارلىق تۆت خىل ۋارىيانت پەقەت سىچۈەن ۋە ۋۇخەندە بار بولۇپ ، GISAID سانلىق مەلۇماتلىرىدا يوق ، بۇ ۋارىيانتلارنىڭ ۋۇخەندىن كەلگەن بولۇشى مۇمكىنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. بىمارلارنىڭ ساياھەت خاتىرىسى.
ئەڭ چوڭ ئېھتىماللىق (ML) ئۇسۇلى ۋە Bayesian مولېكۇلالىق سائەت ئۇسۇلى بىلەن تەدرىجىي تەرەققىيات ئانالىزى سىچۈەندىن كەلگەن 88 خىل ۋىرۇس ۋە باشقا رايونلاردىكى 250 خىل گېن گۇرۇپپىسىدا بىر تەرەپ قىلىندى.00500-532 بولغان گېنلار (Nsp1 كودلاش رايونىدىكى ئۆچۈرۈش) فىلوگېنتىك دەرەختە ناھايىتى ئاز تارقالغان.Nsp1 ۋارىيانتلىرىدىكى Haplotype تەھلىلى بۇنىڭ ئىچىدىكى 5 شەھەرنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ.بۇ نەتىجىلەر ∆500-532 نىڭ نۇرغۇن شەھەرلەردە يۈز بەرگەنلىكىنى ، ۋۇخەندىن كۆپ قېتىم ئىمپورت قىلىنىشى مۇمكىنلىكىنى ئوتتۇرىغا قويدى.
رەسىم 2. SARS-CoV-2 گېنلىرىدىكى قايتا-قايتا گېن ئۆزگىرىشى ۋە فىلوگېنتىك ئانالىز
3. كلىنىكىلىق تەسىرى بار قايتا-قايتا گېن ئۆزگىرىشى
117 كلىنىكىلىق فېنوتىپ COVID-19 ئېغىرلىقى بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولۇپ ، 19 ئېغىرلىق بىلەن مۇناسىۋەتلىك فېنوتىپلار ئېغىر ۋە ئېغىر بولمىغان ئالاھىدىلىكلەرگە ئايرىلغان.بۇ ئالاھىدىلىكلەر بىلەن قايتا-قايتا تەكرارلىنىدىغان 35 خىل گېن ئۆزگىرىشى ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەت قوش گۇرۇپپا ئىسسىقلىق خەرىتىسىدە جانلاندۇرۇلدى.GSEA غا ئوخشاش دەرىجىگە ئايرىپ بېيىتىش ئانالىزىدا كۆرسىتىلىشىچە ، 00500-532 قاندىكى ESR ، قان زەردابى IFN-β ۋە CD3 + CD8 + T ھۈجەيرىلىرى بىلەن سەلبىي باغلىنىشلىق.ئۇندىن باشقا ، qPCR سىنىقىدا ۋىرۇس ساقلانغان 500-532 ۋىرۇس بىلەن يۇقۇملانغان بىمارلارنىڭ Ct قىممىتى ئەڭ يۇقىرى ، يەنى ۋىرۇس مىقدارى ئەڭ تۆۋەن ئىكەنلىكى كۆرسىتىلدى.
رەسىم 3. كلىنىكىلىق فېنوتىپلار بىلەن تەكرارلىنىدىغان 35 خىل گېننىڭ ئۆزگىرىشى
4. ۋىرۇسنىڭ ئۆزگىرىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك كلىنىكىلىق فېنوتىپلارنى دەلىللەش
Sp500-532 نىڭ Nsp1 ئىقتىدارىغا كۆرسىتىدىغان تەسىرىنى چۈشىنىش ئۈچۈن ، HEK239T ھۈجەيرىلىرى پلازما ئارقىلىق تولۇق ئۇزۇنلۇق ، WT Nsp1 ۋە ئۆزگىرىشچان شەكىللەرنى ئىپادىلەيدۇ.ھەر بىر داۋالانغان HEK239T ھۈجەيرىسىنىڭ تىرانسكرىپسىيە ئارخىپى PCA تەھلىلى ئۈچۈن بىر تەرەپ قىلىنغان بولۇپ ، ئۆچۈرۈش ئۆزگەرتكۈچىنىڭ بىر قەدەر يېقىنلاشقانلىقى ۋە WT Nsp1 بىلەن كۆرۈنەرلىك پەرقلىنىدىغانلىقى كۆرسىتىلدى.ئۆزگىرىشچان ماددىلاردا كۆرۈنەرلىك تەڭشەلگەن گېنلار ئاساسلىقى «پېپتىد بىئوسىنتېز / مېتابولىزم جەريانى» ، «رىبونۇكلېئوپروتىن مۇرەككەپ بىئوگېنېز» ، «ئاقسىل پەردىگە / ER نى نىشان قىلغان ئاقسىل» قاتارلىقلاردا بېيىغان.
رەسىم 4. WT Nsp1 ئارقىلىق ئۆچۈرۈلگەن HEK239T ھۈجەيرىسىدىكى ترانسكرىپسىيە ئانالىزى
ئۆچۈرۈشنىڭ IFN-1 ئىنكاسىدىكى تەسىرىمۇ ھەددىدىن زىيادە بېسىم قىلىنغان تەتقىقاتتا سىناق قىلىنغان.بارلىق سىناق قىلىنغان ئۆچۈرۈلۈشلەر خاتىرىلەنگەن HEK239T ۋە A549 ھۈجەيرىسىدىكى IFN-1 نىڭ قايتا قوزغىلىش نىسبىتىنى تۆۋەنلىتىدىغانلىقى كۆرسىتىلدى.قىزىقارلىق يېرى ، ئۆچۈرۈلۈشتە كۆرۈنەرلىك تۆۋەن تەڭشەلگەن گېن «ۋىرۇسقا قارشى مۇداپىئەلىنىش» ، «ۋىرۇسلۇق گېننى كۆپەيتىش» ، «RNA پولىمېرازا II نىڭ ترانسكرىپسىيەسىنى تەڭشەش» ۋە «I تىپلىق ئىنتېرفېروننىڭ ئىنكاسى» قاتارلىقلاردا بېيىغان.
رەسىم 5. -5500-532 ئۆزگىرىشچان ئارىلىقتىكى سىگنال يولىنى تۆۋەنلىتىش
بۇ تەتقىقاتتا ، بۇ ئۆچۈرۈلۈشنىڭ ۋىرۇسقا بولغان تەسىرى ۋىرۇس بىلەن يۇقۇملىنىش تەتقىقاتى ئارقىلىق تېخىمۇ ئىسپاتلاندى.بەزى ئۆزگىرىشچان ۋىرۇسلار كلىنىكىلىق ئەۋرىشكىدىن ئايرىپ ، Calu-3 ھۈجەيرىسىگە يۇقۇملانغان.ۋىرۇس بىلەن يۇقۇملىنىش تەتقىقاتىنىڭ تەپسىلىي نەتىجىسىنى قەغەزدىن ئوقۇشقا بولىدۇ.
doi:10.1016 / j.chom.2021.01.015
پايدىلانما
لىن ج ، تاڭ C ، ۋېي H قاتارلىقلار.SARS-CoV-2 نىڭ گېنتىكىلىق تەكشۈرۈشى I تىپلىق ئىنتېرفېرون ئىنكاسىنى تەڭشەيدىغان Nsp1 ئۆچۈرۈش ئۇسۇلىنى بايقىدى.Cell host & microbe, 2021.
خەۋەر ۋە يارقىن نۇقتىلار ئەڭ يېڭى مۇۋەپپەقىيەت قازانغان ئەھۋاللارنى Biomarker Technologies بىلەن ئورتاقلىشىشنى ، روماندىكى ئىلمىي مۇۋەپپەقىيەتلەرنى شۇنداقلا تەتقىقات جەريانىدا قوللىنىلغان كۆرۈنەرلىك تېخنىكىلارنى ئىگىلەشنى مەقسەت قىلىدۇ.
يوللانغان ۋاقتى: Jan-06-2022