Metagenomic Sequencing-Nanopore
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øئەلا سۈپەتلىك قۇراشتۇرۇش - جانلىقلارنى پەرقلەندۈرۈش ۋە فۇنكسىيەلىك گېننىڭ توغرىلىقىنى ئاشۇرۇش
Øيېپىق باكتېرىيە گېنلىرىنى ئايرىۋېتىش
Øكۆپ خىل رايونلاردا تېخىمۇ كۈچلۈك ۋە ئىشەنچلىك قوللىنىش ، مەسىلەن كېسەللىك قوزغاتقۇچى مىكرو ئورگانىزملارنى ياكى ئانتىبىئوتىكلارغا قارشى تۇرۇش گېنىنى بايقاش
Øسېلىشتۇرما مېتاگېنوم ئانالىزى
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| تەرتىپلەشسۇپا | كۈتۈپخانا | تەۋسىيە قىلىنغان سانلىق مەلۇمات | مۆلچەرلەنگەن بۇرۇلۇش ۋاقتى |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K / 100K / 300K خەتكۈچ | 30 كۈن |
Bioinformatics analyses
üخام ماتېرىيال سۈپىتىنى كونترول قىلىش
üMetagenome assembly
üئارتۇقچە گېن گۇرۇپپىسى ۋە ئىزاھاتى
üتۈرلەرنىڭ كۆپ خىللىقىنى تەھلىل قىلىش
üئىرسىيەت ئىقتىدارىنىڭ كۆپ خىللىقىنى تەھلىل قىلىش
üگۇرۇپپىلار ئارا تەھلىل
üتەجرىبە ئامىللىرىغا قارشى جەمئىيەت ئانالىزى
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
ForDNA جەۋھىرى:
| ئۈلگە تىپى | سومما | مەركەزلىشىش | ساپلىق |
| DNA جەۋھىرى | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
مۇھىت ئەۋرىشكىسى ئۈچۈن:
| ئۈلگە تىپى | ئەۋرىشكە ئېلىش تەرتىپىنى تەۋسىيە قىلىمىز |
| تۇپراق | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;قالدۇق ماددىلارنى يەر يۈزىدىن چىقىرىۋېتىش كېرەك.چوڭ پارچىلارنى ئېزىپ 2 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈڭزاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP-tube ياكى cyrotube دىكى Aliquot ئەۋرىشكىسى. |
| چوڭ تەرەت | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كرىستالدىن ئەۋرىشكە يىغىش ۋە تەقلىد قىلىش. |
| ئۈچەيدىكى مەزمۇنلار | ئەۋرىشكەلەرنى ئاسېپتىك ھالەتتە بىر تەرەپ قىلىش كېرەك.يىغىلغان توقۇلمىلارنى PBS بىلەن يۇيۇش.PBS نى مەركەزلەشتۈرۈپ EP تۇرۇبىسىدىكى چۆكمىلەرنى يىغىڭ. |
| Sludge | ئەۋرىشكە ئېلىش مىقدارى: تەخمىنەن.5 g;زاكاس قىلىش ئۈچۈن ستېرېئولۇق EP- تۇرۇبا ياكى كىرئالغۇدا لاي ئەۋرىشكىسىنى يىغىش ۋە يىغىش |
| Waterbody | تۇرۇبا سۈيى ، قۇدۇق سۈيى قاتارلىق چەكلىك مىقداردا مىكروب بار ئەۋرىشكە ئۈچۈن كەم دېگەندە 1 L سۇ يىغىپ ، 0.22 مىللىمېتىر سۈزگۈچتىن ئۆتۈپ ، پەردىدىكى مىكروبلارنى موللاشتۇرۇڭ.پەردىسىنى تۇراقسىز تۇرۇبىدا ساقلاڭ. |
| تېرە | تېرە يۈزىنى ئېھتىياتسىزلىقتىن پاختا پاختا ياكى ئوپېراتسىيىلىك تىغ بىلەن سۈرتۈپ ، ئۇنى تۇراقسىز تۇرۇبىغا قويۇڭ. |
تەۋسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكەلەرنى سۇيۇق ئازوتتىكى 3-4 سائەت توڭلىتىڭ ھەمدە سۇيۇق ئازوت ياكى -80 گرادۇسلۇق ساقلاش كېرەك.قۇرۇق مۇز بىلەن ئەۋرىشكە توشۇش تەلەپ قىلىنىدۇ.
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
1. ئىسسىقلىق خەرىتىسى: بايلارنىڭ توپلىنىشى
2. ئىقتىدار گېنى KEGG مېتابولىزم يولىغا ئىزاھلانغان
3. ئالاھىدە باغلىنىش تورى
4. CARD ئانتىبىئوتىكقا قارشى تۇرۇش گېنىنىڭ سېرىكلىرى
BMK دېلوسى
نانوپور مېتاگېنومىيەسى باكتېرىيەنىڭ تۆۋەن نەپەس يولى يۇقۇملىنىشىنى تېز كلىنىكىلىق دىئاگنوز قويالايدۇ
ئېلان قىلىنغان:تەبىئەت بىئوتېخنىكا ، 2019-يىل
تېخنىكىلىق يارقىن نۇقتىلار
رەت تەرتىپى: Nanopore MinION
كلىنىكىلىق مېتاگېنومىيىلىك بىئولوگىيىلىك ئۇچۇر: ساھىبجامال DNA نىڭ خورىشى ، WIMP ۋە ARMA ئانالىزى
تېز بايقاش: 6 سائەت
يۇقىرى سەزگۈرلۈك:% 96.6
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
2006-يىلى ، تۆۋەن نەپەس يولى يۇقۇملىنىش (LR) دۇنيا مىقياسىدا 3 مىليون ئادەمنىڭ ئۆلۈشىنى كەلتۈرۈپ چىقاردى.LR1 كېسەللىك قوزغاتقۇچنى بايقاشنىڭ تىپىك ئۇسۇلى تېرىقچىلىق بولۇپ ، سەزگۈرلۈكى ناچار ، ئۇزۇن ۋاقىت بۇرۇلۇش ۋە بالدۇر ئانتىبىئوتىك داۋالاشتا يېتەكلەش كەمچىل.تېز ۋە توغرا مىكروبقا دىئاگنوز قويۇش ئۇزۇندىن بۇيان جىددىي ئېھتىياج بولۇپ كەلدى.شەرقىي ئانگلىيا ئۇنۋېرسىتىتىدىكى دوكتور جاستىن ۋە ئۇنىڭ شېرىكلىرى كېسەللىك قوزغاتقۇچنى بايقاشتا نانوپورنى ئاساس قىلغان مېتاگېنومىيىلىك ئۇسۇلنى مۇۋەپپەقىيەتلىك تەتقىق قىلدى.ئۇلارنىڭ خىزمەت تەرتىپىگە ئاساسلانغاندا ،% 99.99 ساھىبجامال DNA نى خورىتىۋېتىدۇ.كېسەللىك قوزغاتقۇچى ۋە ئانتىبىئوتىكقا چىداملىق گېننى بايقاشنى 6 سائەت ئىچىدە تاماملىغىلى بولىدۇ.
پايدىلانما
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).نانوپور مېتاگېنومىيىسى باكتېرىيە تۆۋەن نەپەس يولى يۇقۇملىنىشىنى تېز كلىنىكىلىق دىئاگنوز قويالايدۇ.تەبىئەت بىئوتېخنىكا ، 37 (7) ، 1.
