سېلىشتۇرما گېنولوگىيىسى
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
Øئەتراپلىق ئانالىز بولىقى ، ئەڭ كۆپ تەلەپ قىلىنىدىغان سەككىز ئانالىزنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ
Øنەتىجىنى تەپسىلىي ۋە ئاسان چۈشىنىشكە بولىدىغان ئانالىز بىلەن يۇقىرى ئىشەنچلىك
Øياخشى لايىھىلەنگەن تەييار رەقەملەر
Øيۇقىرى ماھارەتلىك بىيو ئۇچۇر تېخنىكىسى ئەترىتى ئوخشىمىغان خاسلاشتۇرۇلغان تەھلىل تەلىپىنى قاندۇرىدۇ
Øتەھلىلدە تېخىمۇ يۇقىرى ئېنىقلىق بىلەن بۇرۇلۇش ۋاقتى قىسقا.
Ø90 دىن ئارتۇق مۇۋەپپەقىيەت قازانغان مول تەجرىبە توپلانغان تەسىر ئامىللىرى 900 دىن ئاشىدۇ.
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
| مۆلچەرلەنگەن بۇرۇلۇش ۋاقتى | تۈرلەرنىڭ سانى | تەھلىل قىلىدۇ |
| 30 خىزمەت كۈنى | 6 - 12 | گېن جەمەتى توپى گېن ئائىلىسىنىڭ كېڭىيىشى ۋە تارىيىشى فىلوگېنتىك دەرەخ ياساش ئوخشىماسلىق ۋاقتىنى مۆلچەرلەش (تاشقا ئايلانغان ۋاقىتنى تەڭشەش) LTR قىستۇرۇش ۋاقتى (ئۆسۈملۈكلەر ئۈچۈن) پۈتۈن گېن كۆپەيتىش (ئۆسۈملۈكلەر ئۈچۈن) تاللاش بېسىمى Synteny analysis |
Bioinformatics analyses
üگېن ئائىلىسى
üPhylogenetics
üئىختىلاپ ۋاقتى
üتاللاش بېسىمى
üSynteny analysis
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
گېن تەرتىپلەش ۋە قۇراشتۇرۇش ئۈچۈن توقۇلما ياكى DNA
ھايۋانلار ئۈچۈن:
مۇسكۇل (توڭلىتىلغان): ≥ 2 g;
پۈتۈن قان (توڭلىمىغان): ml 2 مىللىمېتىر (3 كۈتۈپخانىغا)
ئۆسۈملۈكلەر ئۈچۈن:
1. مايسا (مەسىلەن ئۇرۇقتىن يېتىشتۈرۈلگەن ياش مايسىلار ، توقۇلما مەدەنىيەت ئۇرۇقى قاتارلىقلار): بارلىق يوپۇرماق ۋە ياش غوللارنى يىغىش.
2. پىشقان ئۆسۈملۈك: غول ئۇچى ۋە غول ئۇچىغا يېقىن بىرىنچى ياكى 2 يېڭى يوپۇرماق يىغىڭ.
* ھەر بىر ئەۋرىشكە ئۈچۈن تەۋسىيە قىلىنغان مىقدار ≥ 4 g.(كۇتۇپخانا قۇرۇلۇشىنىڭ نەزەرىيىۋى ئىشلىتىلىشى ھەر كۇتۇپخانىدا 1 g).
DNA ئۈچۈن:
| سۇپا | سومما | مەركەزلىشىش | ساپلىق |
| Nanopore | ≥10 μg | ≥ 150 ng / μL | OD260 / 280 = 1.6-2.5 سۈزۈك سۈزۈك ھەل قىلىش چارىسى: گېلى: چېكىنىش ۋە بۇلغىنىش چەكلىك بولغان بەلۋاغ |
| PacBio (CCS) | ≥15 μg | ≥ 90 ng / μL |
سانلىق مەلۇمات
زىچ مۇناسىۋەتلىك تۈرلەرنىڭ گېن تەرتىپ ھۆججىتى (.fasta) ۋە ئىزاھ ھۆججىتى (.gff3)
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
تەجرىبە لايىھىسى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
*بۇ يەردە كۆرسىتىلگەن Demo نەتىجىلىرىنىڭ ھەممىسى Biomarker Technologies بىلەن ئېلان قىلىنغان گېنلاردىن كەلگەن
1.LTR قىستۇرما ۋاقىت مۆلچەرى: بۇ رەسىمدە باشقا تۈرلەرگە سېلىشتۇرغاندا ، ۋېينىڭ بۇغداي گېنىدىكى LTR-RTs قىستۇرما ۋاقىتلىرىدا ئۆزگىچە بىمودال تەقسىمات كۆرسىتىلدى.ئەڭ يېڭى چوققا 0.5 مىليون يىل ئىلگىرى پەيدا بولغان.
لى گۇاڭ قاتارلىقلار.تەبىئەت گېنلىرى, 2021
2. فىلوگېن ۋە گېن ئائىلىسىنىڭ چايوت (Sechium edule) ئۈستىدىكى ئانالىزى: چايوت ۋە گېن ئائىلىسىدىكى باشقا 13 خىل جانلىقنى ئانالىز قىلىش ئارقىلىق ، چايوتنىڭ يىلان كاۋىپى (Trichosanthes anguina) بىلەن ئەڭ قويۇق مۇناسىۋىتى بارلىقى بايقالدى.چايوت 27-45 Mya ئەتراپىدىكى يىلان كاۋىپىدىن ھاسىل بولغان بولۇپ ، 25 ± 4 Mya دا چايخانىدا پۈتكۈل گېن كۆپەيتىش (WGD) بايقالغان ، بۇ كۇكۇبىتسايادىكى ئۈچىنچى قېتىملىق WGD پائالىيىتى.
Fu A et al.,باغۋەنچىلىك تەتقىقاتى, 2021
3. سىنتېنىي ئانالىزى: مېۋە تەرەققىياتىدىكى فىتخورمونغا مۇناسىۋەتلىك بەزى گېنلار چايوت ، يىلان كاۋىسى ۋە كاۋاۋىچىندىن تېپىلدى.چايخانا بىلەن كاۋاۋىچىننىڭ مۇناسىۋىتى چايوت بىلەن يىلان كاۋىپىنىڭكىدىن سەل يۇقىرى.
Fu A et al.,باغۋەنچىلىك تەتقىقاتى, 2021
4. گېن ئائىلىسىنىڭ تەھلىلى: G.thurberi ۋە G.davidsonii گېنلىرىدىكى گېن ئائىلىسىنىڭ كېڭىيىشى ۋە تارىيىشىدىكى KEGG نىڭ موللىنىشى شۇنى ئىسپاتلىدىكى ، ستېروئىدلىق بىئوسىنتېز ۋە برونسىنوستېروئىد بىئوسىنتېزغا مۇناسىۋەتلىك گېنلار كېڭەيگەن.
ياڭ Z قاتارلىقلار.BMC Biology, 2021
5. پۈتۈن گېننى كۆپەيتىش ئانالىزى: 4DTV ۋە Ks تەقسىملەش ئانالىزىدا پۈتكۈل گېن كۆپەيتىش ھادىسىسى كۆرسىتىلدى.تەكرارلاش ھادىسىلىرىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.ئارىلىقتىكى چوققىلار ھايانكەشلىك ھادىسىلىرىنى كۆرسەتتى.تەھلىلدە كۆرسىتىلىشىچە ، باشقا ئۈچ خىل زىچ مۇناسىۋەتلىك تۈرلەرگە سېلىشتۇرغاندا ، O. europaea يېقىندا كەڭ كۆلەمدە گېن كۆپەيتىشنى باشتىن كەچۈرگەن.
Rao G et al.,باغۋەنچىلىك تەتقىقاتى, 2021
BMK دېلوسى
ئەتىرگۈل يوق ئەتىرگۈل: نەملىكنىڭ ماسلىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېن چۈشەنچىسى
ئېلان قىلىنغان: National Science Review, 2021
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
'Basye'sتىكەنسىز'(R.Wichurainan) genome:
تەخمىنەن.93 X PacBio + تەخمىنەن.90 X Nanopore + 267 X Illumina
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
1. يۇقىرى سۈپەتلىك R.wichuraiana گېنى ئۇزۇن ئوقۇلغان تەرتىپلەش تېخنىكىسىدىن پايدىلىنىپ ياسالغان بولۇپ ، 530.07 Mb لىق يىغىلىش ھاسىل قىلىدۇ (مۆلچەردىكى گېننىڭ چوڭ-كىچىكلىكى ئاقما سىتومېتىرىيە ئارقىلىق تەخمىنەن 525.9 Mb ، گېننى تەكشۈرۈش ئارقىلىق 525.5)BUSCO نىڭ مۆلچەردىكى نومۇرى% 93.9 بولغان.«كونا قىزارتىش» (haploOB) غا سېلىشتۇرغاندا ، بۇ گېننىڭ سۈپىتى ۋە مۇكەممەللىكى يەككە يەككە توغرىلىق ۋە LTR قۇراشتۇرۇش كۆرسەتكۈچى (LAI = 20.03) تەرىپىدىن ئىسپاتلاندى.R.wichuraiana گېنىدا 32674 ئاقسىل كودلاش گېنى بار.
2. سېلىشتۇرما گېنومىكا ، ترانسكرىپومىكا ، گېن نوپۇسىنى QTL ئانالىزىدىن تەركىب تاپقان مولتى-ئومىس بىرلەشمە ئانالىزى R. wichuraiana بىلەن Rosa chinensis ئوتتۇرىسىدىكى ھالقىلىق ھايانكەشلىكنى ئاشكارىلىدى.ئۇندىن باشقا ، QTL دىكى مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ ئىپادىلىنىشىنىڭ ئۆزگىرىشى غول چاتما شەكىل بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولۇشى مۇمكىن.
Basye s Thornless ۋە Rosa chinensis نىڭ سېلىشتۇرما گېنولوگىيىسى ئانانىزىمنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ ، بىرىكمە ئانالىز ، گېن جەمەتى توپى ، كېڭىيىش ۋە تارىيىش ئانالىزى قاتارلىق نۇرغۇن ئۆزگىرىشلەر ئاشكارىلاندى ، بۇ ئەتىرگۈلدىكى مۇھىم ئالاھىدىلىكلەر بىلەن مۇناسىۋەتلىك.NAC ۋە FAR1 / FRS گېنى ئائىلىسىدىكى ئۆزگىچە كېڭىيىش قارا داغغا قارشى تۇرۇش بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولۇشى مۇمكىن.
BT بىلەن haploOB گېنلىرى ئوتتۇرىسىدىكى سېلىشتۇرما گېنولوگىيە ئانالىزى.
Zhong, M., et al.«ئەتىرگۈل يوق ئەتىرگۈل: نەملىكنىڭ ماسلىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېن چۈشەنچىسى»National Science Review, 2021;, nwab092.
